genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  97  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13462118--13462620	158	3.2	159	78	6	538	20	26	29	23	1.99
13462972--13463024	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
13463593--13463671	26	3.0	26	90	3	115	29	24	18	27	1.98
13463681--13464144	158	2.9	156	79	5	502	17	27	31	23	1.97
13464119--13464171	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13465192--13465243	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
13465218--13465584	159	2.3	157	76	6	378	20	27	28	23	1.99
13466072--13466124	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
13466572--13466625	26	2.0	27	89	10	85	25	25	20	27	1.99
13466414--13466784	185	2.0	184	87	2	530	21	26	27	24	1.99
13465179--13468123	868	3.4	863	81	5	3152	20	26	28	24	1.99
13467437--13467492	26	2.2	26	87	6	78	30	19	19	30	1.97
13467616--13468277	355	1.8	355	81	7	821	21	26	28	23	1.99
13468673--13468725	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
13468869--13468921	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
13468616--13469092	196	2.4	196	82	4	527	21	26	27	24	1.99
13468971--13469399	159	2.7	157	78	4	450	18	28	30	23	1.97
13470511--13470563	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
13470982--13471032	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
13471049--13471510	159	2.9	157	79	5	502	20	26	29	23	1.99
13471483--13471534	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
13471692--13471769	26	3.0	26	92	1	131	26	28	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13472060--13472112	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
13472793--13472845	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13472819--13473226	159	2.6	158	77	6	419	21	26	29	22	1.99
13473294--13473346	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
13473773--13474191	159	2.6	158	77	5	459	17	28	29	24	1.97
13475398--13475450	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
13475249--13475596	184	1.9	185	82	7	449	20	27	28	23	1.99
13475435--13476242	316	2.6	317	84	1	976	18	27	29	23	1.98
13476215--13476267	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13476057--13478145	184	11.0	183	73	12	1295	20	27	28	24	1.99
13476399--13476451	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
13476608--13476660	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13476790--13476844	26	2.1	27	90	10	87	27	25	18	29	1.98
13476177--13477622	393	3.7	388	82	4	1589	20	27	27	24	1.99
13477001--13477053	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13477186--13477238	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13477567--13477619	26	2.0	26	85	7	72	32	26	15	26	1.95
13476177--13477698	775	2.0	781	83	4	1926	20	27	28	23	1.99
13477629--13477945	171	1.9	170	81	2	384	18	26	32	23	1.97
13477934--13477986	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13478438--13478487	26	2.0	26	88	11	77	28	26	16	30	1.96
13479168--13479220	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13480146--13480613	159	2.9	157	74	3	454	21	28	28	21	1.98
13481902--13481954	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
13488403--13488479	24	3.1	25	78	14	95	27	25	18	28	1.98
13488402--13488477	26	3.0	26	81	11	95	26	27	18	27	1.98
13488451--13488952	158	3.2	157	75	9	459	19	27	28	23	1.98
13488926--13488978	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
13489647--13489699	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
13490464--13490504	13	3.2	13	82	0	55	2	46	29	21	1.64
13490826--13491203	158	2.4	158	80	5	399	18	26	30	24	1.97
13491898--13491950	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
13492048--13492423	158	2.4	158	78	3	405	19	27	29	24	1.98
13492396--13492448	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13492687--13493099	159	2.6	158	79	7	435	19	27	28	24	1.98
13493073--13493125	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
13491985--13494002	677	2.9	680	80	5	2092	20	27	29	23	1.99
13493269--13493321	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
13492965--13493347	196	2.0	196	84	3	502	21	25	27	24	1.99
13493303--13493795	159	3.1	158	75	7	430	20	27	29	22	1.99
13493771--13493821	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
13494124--13494176	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13495484--13495535	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
13495667--13495719	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13495464--13495878	184	2.3	183	83	3	514	21	26	27	24	1.99
13495833--13496197	159	2.3	159	78	6	380	22	26	26	24	2.00
13496169--13496221	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13495517--13496710	515	2.4	496	80	7	1285	21	26	27	24	1.99
13496258--13497511	158	7.8	157	73	7	751	20	26	29	24	1.99
13496264--13497025	316	2.4	317	82	2	886	20	26	28	24	1.99
13496598--13497511	486	1.9	485	82	3	1142	19	27	29	23	1.98
13497680--13497734	26	2.1	26	96	0	101	29	23	20	27	1.99
13497453--13497946	197	2.5	196	82	4	563	22	27	24	24	2.00
13498373--13498425	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
13499034--13499059	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
13499648--13499700	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
13501198--13501248	26	2.0	26	88	0	75	31	25	17	25	1.97
13501273--13501714	159	2.8	158	80	5	405	18	27	29	24	1.98
13501893--13501945	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
13501627--13502117	196	2.5	197	85	1	628	21	26	26	24	2.00
13502274--13502326	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
13502621--13502670	26	1.9	26	92	8	84	28	26	18	28	1.98
13502803--13502855	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13503524--13503576	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
13504025--13504075	26	2.0	26	88	0	75	27	25	15	31	1.96
13504382--13504434	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13503975--13505475	355	4.3	339	77	10	1209	19	26	29	24	1.99
13504724--13504776	26	2.0	26	88	0	79	28	24	22	24	2.00
13505423--13505474	26	2.0	26	92	0	86	25	25	19	30	1.98
13505938--13505990	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
13506439--13506491	26	2.0	26	85	0	70	28	20	16	33	1.95
13506988--13507043	26	2.2	26	87	6	78	32	23	16	28	1.96
13507796--13508243	159	2.8	157	79	5	463	18	28	29	23	1.98
13507741--13508241	159	3.2	157	77	7	397	19	27	29	23	1.98
13508215--13508267	26	2.0	26	88	0	79	26	18	22	32	1.97
13508058--13508611	185	3.0	184	81	6	631	20	25	27	25	1.99
13508466--13508928	158	2.9	157	76	4	500	20	27	30	22	1.98
13508901--13508953	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
13508798--13509516	196	3.7	195	83	2	769	21	25	28	25	1.99
13507686--13509170	685	2.2	676	81	4	1632	20	26	28	23	1.99
13509673--13509725	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13510174--13510252	26	3.0	26	94	3	133	29	22	17	30	1.97
13510743--13510792	26	1.9	26	92	8	84	26	22	20	32	1.98
13510870--13510904	11	3.2	11	91	0	61	22	34	34	8	1.85
13511484--13511535	25	2.0	26	92	3	88	28	28	17	25	1.97
13512044--13512096	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13513244--13513656	184	2.2	186	82	5	466	21	26	27	24	1.99
13513768--13513820	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13515147--13515204	26	2.2	25	85	8	80	27	24	22	25	2.00
13515303--13515838	160	3.4	160	80	3	501	18	27	30	23	1.98
13515228--13515836	159	3.8	159	79	4	595	17	27	31	23	1.97
13515178--13515837	158	4.2	159	76	7	538	18	27	31	23	1.97
13515933--13515958	11	2.4	11	100	0	52	26	38	23	11	1.89
13518416--13518883	158	2.9	159	79	7	457	19	27	29	23	1.98
13519228--13519280	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
13519261--13519756	158	3.1	158	78	8	483	18	28	31	22	1.97
13520475--13520977	158	3.2	157	79	5	555	20	27	29	22	1.99
13521376--13521853	157	3.0	156	72	6	415	20	26	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402