Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  27  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6030126--6030168
13
3.4
13
80
3
52
9
6
2
81
0.95
6030724--6030781
19
3.0
19
82
10
73
8
15
3
72
1.23
6030861--6030927
28
2.5
27
83
9
75
49
2
0
47
1.16
6031919--6031978
30
2.1
30
84
6
79
8
13
1
76
1.08
6034181--6034226
22
2.1
21
84
11
58
30
8
2
58
1.40
6038334--6038374
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
6038414--6038461
23
2.1
23
100
0
96
33
8
33
25
1.86
6040853--6040931
32
2.5
32
81
2
79
43
10
6
40
1.64
6046124--6046189
32
2.1
32
85
5
89
54
15
3
27
1.55
6046156--6046236
24
3.7
20
80
14
81
59
8
3
28
1.44
6046224--6046281
12
4.8
12
72
4
53
53
13
8
24
1.68
6046198--6046281
37
2.3
37
89
4
127
55
10
7
26
1.59
6046448--6046486
17
2.2
19
86
9
55
76
12
0
10
1.01
6046448--6046487
18
2.2
19
86
4
55
77
12
0
10
0.99
6047400--6047526
6
20.8
6
76
7
87
66
6
3
23
1.29
6047413--6047461
7
7.4
7
79
9
50
73
4
2
20
1.10
6047407--6047473
13
5.2
13
74
5
55
70
7
1
20
1.20
6047413--6047476
32
2.0
32
85
11
87
70
6
1
21
1.18
6047407--6047528
24
4.9
24
79
6
111
67
6
3
22
1.29
6051353--6051514
60
2.7
60
85
4
218
40
10
15
33
1.81
6053062--6053132
34
2.1
34
84
10
92
32
14
7
46
1.71
6055202--6055285
38
2.2
38
89
4
125
8
27
40
23
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6056080--6056122
9
4.8
9
88
11
70
0
0
18
81
0.69
6056249--6057340
47
23.0
47
83
12
1307
34
26
11
27
1.91
6058123--6058149
7
3.9
7
100
0
54
0
11
0
88
0.50
6069110--6069390
139
2.0
137
91
4
400
32
15
12
39
1.84
6069519--6069575
16
3.5
15
76
9
51
19
7
28
45
1.76
6069940--6069990
9
5.6
9
75
11
50
72
1
0
25
0.95
6070051--6070149
38
2.6
38
85
0
135
10
27
40
22
1.86
6070088--6070149
18
3.3
18
70
16
54
11
29
37
22
1.89
6070951--6070984
8
3.8
9
88
11
52
0
0
17
82
0.67
6070950--6070981
10
3.4
10
83
16
50
0
0
15
84
0.63
6073765--6073865
30
3.4
30
83
4
116
38
5
2
52
1.41
6081789--6081837
4
12.2
4
86
0
62
42
0
8
48
1.32
6081789--6081837
6
8.2
6
86
0
62
42
0
8
48
1.32
6081792--6081844
10
5.4
10
90
2
81
41
0
9
49
1.35
6082407--6082432
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
6083654--6083694
19
2.2
19
90
0
64
43
39
0
17
1.49
6085417--6085441
12
2.1
12
100
0
50
76
0
0
24
0.80
6085778--6085882
13
8.2
13
72
3
61
49
19
11
20
1.78
6085889--6085928
19
2.1
19
86
9
55
47
15
10
27
1.77
6088591--6088682
21
4.3
20
71
22
71
16
0
31
52
1.44
6088592--6088709
14
8.1
14
67
12
69
17
0
32
50
1.47
6088614--6088709
44
2.2
46
83
11
128
17
0
33
48
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6089393--6089451
20
3.0
20
94
0
100
18
30
28
22
1.97
6089492--6089521
16
1.9
15
93
6
51
13
0
0
86
0.57
6089492--6089557
22
3.1
21
75
14
64
18
3
4
74
1.12
6089742--6089775
11
2.9
12
86
8
52
20
0
0
79
0.73
6090077--6090149
31
2.4
31
90
4
112
21
26
24
27
2.00
6090211--6090255
19
2.4
19
88
0
63
22
31
22
24
1.99
6090475--6090502
5
5.6
5
100
0
56
17
42
39
0
1.50
6090525--6090561
11
3.6
11
79
20
53
10
0
5
83
0.79
6090522--6090566
19
2.4
19
96
0
81
11
0
4
84
0.76
6090597--6091037
156
2.8
156
97
0
846
28
14
18
38
1.90
6095303--6095348
21
2.2
21
88
7
67
82
8
6
2
0.91
6095311--6095349
11
3.5
11
82
10
53
82
10
5
2
0.93
6096949--6096992
21
2.1
21
87
4
63
68
2
22
6
1.25
6097799--6097864
3
21.3
3
93
6
114
66
0
0
33
0.92
6098403--6098440
17
2.2
18
90
4
60
73
0
0
26
0.83
6100394--6100439
22
2.1
21
84
4
56
34
8
0
56
1.30
6100403--6100449
19
2.3
19
85
10
58
38
6
0
55
1.26
6100405--6100450
20
2.2
22
84
7
60
41
6
0
52
1.27
6105308--6105869
200
2.8
201
78
5
501
28
17
13
41
1.87
6111717--6111774
26
2.2
26
84
0
71
17
6
20
55
1.65
6111717--6111780
13
4.9
13
79
7
58
15
6
23
54
1.64
6112015--6112072
27
2.3
25
77
13
64
29
1
1
67
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6114014--6114045
7
4.6
7
92
0
55
59
0
28
12
1.34
6114275--6114304
15
2.0
15
93
0
51
83
3
0
13
0.77
6114823--6114907
43
2.0
44
84
11
113
20
43
4
31
1.72
6116810--6116843
17
2.0
17
88
0
50
70
5
2
20
1.21
6121418--6121459
20
2.0
22
86
9
61
64
0
0
35
0.94
6121410--6121471
26
2.3
26
86
8
81
61
3
0
35
1.12
6121415--6121471
24
2.2
25
81
15
71
63
1
0
35
1.05
6122983--6123010
5
5.6
5
100
0
56
39
0
0
60
0.97
6124145--6124696
132
4.2
129
78
7
444
40
13
4
41
1.64
6127730--6127771
22
2.0
21
86
9
59
66
26
0
7
1.17
6128482--6128525
14
3.1
14
76
0
52
38
0
13
47
1.43
6129894--6129936
15
2.9
14
86
6
50
25
0
11
62
1.29
6129898--6129936
14
2.7
14
84
4
51
25
0
12
61
1.31
6137400--6137429
13
2.3
13
94
0
51
23
6
0
70
1.11
6137864--6137893
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
6141971--6142044
32
2.3
32
83
4
96
56
17
1
24
1.48
6141971--6142044
16
4.6
16
71
17
64
56
17
1
24
1.48
6142134--6142207
34
2.2
34
97
0
139
50
2
4
43
1.35
6142918--6142964
25
1.9
24
82
4
58
34
0
0
65
0.93
6143134--6143174
16
2.6
16
88
0
55
58
12
0
29
1.34
6144247--6144285
10
3.8
10
86
3
51
48
0
0
51
1.00
6144245--6144285
20
2.0
21
90
4
66
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6144920--6144960
21
1.9
21
85
5
55
60
2
0
36
1.10
6144888--6145141
10
26.1
9
68
17
75
58
5
2
33
1.35
6144907--6145017
30
3.6
30
72
3
87
59
6
0
33
1.29
6145309--6145369
18
3.2
19
78
17
65
60
0
3
36
1.13
6145309--6145375
21
3.4
21
78
14
72
56
1
2
38
1.24
6145276--6145375
20
5.1
19
73
14
87
53
3
3
41
1.32
6145240--6145410
39
4.4
37
75
16
109
55
2
5
36
1.37
6145437--6145476
18
2.2
18
86
0
53
77
0
0
22
0.77
6145665--6145740
32
2.4
31
82
8
100
28
3
9
57
1.48
6145770--6145860
21
4.4
20
76
6
92
37
1
7
53
1.37
6145758--6145863
41
2.5
40
79
8
104
38
0
8
51
1.39
6146632--6146671
21
1.9
21
89
0
62
42
17
5
35
1.71
6147098--6147328
84
2.8
84
78
5
218
40
14
13
30
1.85
6147582--6147625
3
14.7
3
100
0
88
31
0
0
68
0.90
6148593--6148634
12
3.5
12
81
9
50
21
0
2
76
0.90
6148593--6148638
13
3.5
13
82
11
51
21
0
2
76
0.90
6155816--6156090
83
3.3
83
81
9
204
28
13
16
42
1.85
6155865--6156123
40
6.3
40
74
10
209
27
13
17
41
1.87
6155882--6156239
124
2.9
122
82
6
395
27
12
18
41
1.87
6155864--6156235
40
9.0
39
74
9
174
28
12
18
40
1.87
6156468--6156505
3
12.7
3
100
0
76
31
0
0
68
0.90
6157476--6157512
18
2.1
18
90
10
58
32
0
0
67
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6157817--6157857
20
2.2
19
87
12
59
78
4
2
14
1.03
6159654--6159721
23
3.0
23
70
8
66
36
16
19
27
1.93
6159626--6159854
78
3.0
78
80
4
232
34
14
17
33
1.90
6159743--6159807
23
2.8
23
80
2
76
33
15
15
35
1.89
6159815--6159860
22
2.0
23
87
4
67
34
19
17
28
1.94
6159874--6159919
23
2.0
23
86
0
65
34
15
19
30
1.93
6164818--6164886
34
2.0
34
82
0
84
30
5
5
57
1.45
6164924--6164991
10
6.2
10
73
18
55
72
0
1
26
0.94
6164924--6164993
17
3.9
17
73
21
54
72
0
1
25
0.92
6164946--6164991
22
2.1
21
96
4
83
71
0
0
28
0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402