genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.354.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  354  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32435337--32435831	158	3.1	158	78	4	385	19	26	28	25	1.99
32436471--32436523	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
32438978--32439030	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32439701--32439753	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32440069--32440121	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32440342--32440393	22	2.4	22	83	0	68	5	38	21	34	1.77
32440617--32440669	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
32439867--32440914	548	1.9	548	83	3	1347	20	27	29	22	1.99
32441117--32441169	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
32442710--32442762	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
32444745--32444797	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
32445246--32445298	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
32446426--32446478	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32446922--32447407	159	3.1	158	75	8	405	19	27	29	24	1.98
32448375--32448427	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
32448465--32448904	159	2.8	157	78	5	465	19	28	29	22	1.98
32448408--32448902	158	3.1	155	74	11	448	20	27	29	22	1.99
32449598--32449650	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
32450356--32450408	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32451554--32451606	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
32452054--32452106	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32452284--32452333	26	1.9	26	87	0	73	20	24	46	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32452596--32452958	185	2.0	185	85	2	498	20	25	30	24	1.99
32453062--32453446	159	2.4	158	77	7	359	20	25	30	23	1.98
32453419--32453472	26	2.1	26	93	6	92	31	24	16	27	1.96
32457065--32457117	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32457566--32457618	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32457688--32457713	11	2.4	11	100	0	52	26	38	23	11	1.89
32458390--32458825	159	2.8	157	73	7	407	18	26	30	24	1.98
32458800--32458850	26	2.0	26	84	7	68	31	21	17	29	1.96
32459533--32460034	159	3.2	157	74	6	458	21	27	28	22	1.99
32460008--32460060	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
32460888--32460940	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32461602--32461673	26	2.8	26	80	4	83	30	29	13	26	1.94
32462404--32462733	146	2.3	144	79	8	346	20	24	28	26	1.99
32463504--32463556	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
32463538--32463899	170	2.1	170	77	5	372	24	25	26	22	2.00
32464370--32464421	25	2.0	26	89	10	81	30	23	17	28	1.97
32466279--32466332	26	2.1	26	89	0	81	22	18	27	31	1.97
32466999--32467457	159	2.9	158	75	6	462	22	30	28	19	1.98
32466999--32467498	158	3.2	157	75	7	463	22	29	27	20	1.98
32468202--32468252	26	2.0	26	84	0	66	31	19	25	23	1.98
32469515--32469567	26	2.0	26	92	7	90	24	20	30	24	1.99
32470238--32470288	26	2.0	25	88	3	75	29	17	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32471118--32471170	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
32471617--32471669	26	2.0	26	89	7	81	28	13	24	33	1.93
32471999--32472050	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
32472026--32472470	160	2.8	158	76	7	443	24	30	26	18	1.98
32470236--32472579	879	2.7	875	82	3	2832	24	28	26	21	1.99
32472501--32472552	25	2.0	26	88	3	79	25	19	25	30	1.98
32473220--32473272	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
32473245--32473711	158	2.9	158	81	4	532	22	30	27	18	1.98
32474490--32474542	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
32476224--32476276	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32476380--32476771	158	2.5	158	78	6	402	20	27	29	22	1.99
32476620--32477096	173	2.8	169	80	7	500	19	27	30	22	1.98
32477068--32477120	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32476793--32477437	343	1.8	345	80	6	776	19	29	29	21	1.98
32477093--32477599	158	3.2	156	75	9	488	19	28	28	22	1.98
32477573--32477623	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
32478447--32478499	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
32477340--32479206	892	2.1	877	86	4	2610	25	24	23	27	2.00
32479180--32479232	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
32479363--32479415	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32479162--32479574	183	2.2	185	84	3	514	22	26	26	24	2.00
32480462--32480514	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32481701--32481750	26	1.9	26	88	8	75	28	20	20	32	1.97
32482414--32482466	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32482756--32482808	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
32483120--32483173	26	2.1	26	96	0	99	27	27	18	25	1.98
32483243--32483967	159	4.6	158	74	6	590	18	26	30	24	1.98
32483146--32483967	318	2.6	316	81	2	966	20	26	29	23	1.99
32483943--32483993	26	2.0	26	88	7	77	29	27	13	29	1.94
32484309--32484361	26	2.0	26	85	7	72	32	20	15	32	1.93
32483840--32484544	367	2.0	355	84	4	928	21	27	28	23	1.99
32485720--32485772	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
32486379--32486431	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
32486988--32487447	159	2.9	159	77	5	423	18	25	30	25	1.98
32488325--32488375	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
32489507--32489559	26	2.0	26	82	13	65	26	20	22	30	1.98
32489717--32490063	158	2.2	159	83	1	419	23	30	25	19	1.98
32490034--32490085	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
32489716--32490339	343	1.8	343	86	0	908	23	30	26	18	1.98
32491591--32491643	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32491617--32492119	159	3.2	159	77	6	511	23	28	26	22	1.99
32492093--32492145	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
32492451--32492503	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
32493289--32493450	80	2.0	80	80	0	180	20	34	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32493136--32493602	239	2.0	239	82	0	576	23	31	25	19	1.98
32495207--32495259	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
32494732--32496886	671	3.2	667	81	3	2313	23	30	26	19	1.98
32496561--32496613	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
32496599--32496946	170	2.0	170	82	4	425	22	31	25	20	1.98
32496927--32496979	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
32497428--32497480	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
32497250--32497936	355	1.9	354	83	2	894	22	28	27	20	1.99
32497783--32497838	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98
32497624--32497993	184	2.0	184	85	3	503	23	27	26	21	1.99
32496087--32498211	856	2.5	862	82	3	2625	23	29	26	20	1.99
32497808--32498214	159	2.6	158	78	5	444	24	28	27	19	1.98
32498723--32498763	22	1.9	22	85	5	57	2	34	21	41	1.67
32499431--32499482	25	2.0	26	88	3	79	26	15	25	32	1.95
32500322--32500374	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
32500347--32500774	159	2.7	155	75	6	389	23	28	28	19	1.99
32501242--32501288	21	2.2	21	92	0	76	2	40	27	29	1.68
32501453--32501505	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32501880--32502456	159	3.5	156	76	10	530	22	30	27	18	1.98
32502530--32502582	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
32503252--32503304	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
32503275--32503676	158	2.5	159	76	7	388	24	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32503970--32504462	158	3.1	158	75	5	492	23	29	27	19	1.98
32504436--32504488	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
32505183--32505581	158	2.5	158	76	7	380	24	29	27	19	1.98
32505826--32506277	158	2.9	157	75	8	425	21	29	29	18	1.97
32506517--32506914	158	2.5	158	76	6	365	25	29	24	20	1.99
32507012--32507064	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
32505183--32507832	672	3.9	671	86	2	3115	23	29	26	20	1.99
32507182--32507586	158	2.6	158	76	5	413	24	30	24	20	1.99
32507684--32507736	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
32510232--32510700	159	3.0	158	77	5	381	24	27	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402