genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  211  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21851640--21851896	134	1.9	134	81	3	311	18	27	32	22	1.97
21852940--21852995	26	2.2	26	83	0	67	33	25	19	21	1.97
21852925--21853545	196	3.2	187	78	7	536	23	26	26	23	2.00
21853021--21853545	196	2.7	193	83	4	651	23	27	26	22	2.00
21853323--21853375	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21853619--21853670	26	2.0	26	92	0	86	26	28	21	23	1.99
21854144--21854196	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
21854170--21854586	184	2.3	184	83	3	500	20	25	28	25	1.99
21854697--21854749	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21855199--21855268	26	2.7	26	93	0	122	27	25	14	32	1.94
21855435--21855487	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21855674--21855960	159	1.8	159	79	3	335	21	27	27	24	1.99
21855937--21855989	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21856501--21856862	158	2.3	157	76	8	347	19	25	29	26	1.98
21857033--21857083	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
21858000--21858052	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21858368--21858420	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
21859036--21859088	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21858086--21859565	668	2.2	669	80	3	1643	20	26	28	23	1.99
21860300--21860793	158	3.1	158	75	8	358	19	27	30	23	1.98
21860767--21860819	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21861083--21861117	13	2.7	13	90	0	52	11	45	17	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21861160--21861212	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21861991--21862041	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
21861552--21863071	343	4.3	342	79	8	1415	19	27	29	23	1.98
21862702--21862754	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
21862735--21863270	158	3.4	154	73	11	431	20	27	29	22	1.98
21864174--21864226	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21864675--21864727	26	2.0	26	85	7	72	30	22	15	32	1.94
21865054--21865106	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21865176--21865551	158	2.4	158	82	5	463	18	27	30	23	1.97
21866246--21866298	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
21866588--21866640	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21867166--21867218	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21867192--21867685	159	3.1	158	76	3	492	21	27	28	23	1.99
21868469--21869129	159	4.2	157	75	6	541	20	26	30	22	1.98
21868469--21869129	316	2.1	317	83	2	828	20	26	30	22	1.98
21869734--21869786	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
21870477--21870982	158	3.2	158	76	6	490	19	28	29	22	1.98
21870956--21871008	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21872432--21872826	197	2.0	197	81	2	463	20	26	28	24	1.99
21873660--21874027	159	2.3	158	74	6	348	22	24	29	23	1.99
21873781--21874197	159	2.6	159	75	4	419	19	25	29	24	1.99
21874298--21874821	158	3.3	156	77	6	516	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21874795--21874846	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
21875519--21875571	26	2.0	26	85	0	70	24	24	24	26	2.00
21876794--21877287	159	3.1	156	76	6	456	18	27	31	22	1.97
21877794--21877845	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
21878514--21878564	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
21878540--21879033	159	3.1	155	77	6	476	19	27	29	23	1.98
21879216--21879268	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
21878907--21879439	200	2.7	196	80	5	588	21	28	26	23	1.99
21879583--21879635	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21879928--21879979	25	2.1	25	96	0	95	32	25	15	26	1.95
21879190--21880296	342	3.2	339	80	5	1002	20	26	29	23	1.99
21881133--21881185	26	2.0	26	85	0	70	28	22	20	28	1.99
21881634--21881738	26	4.0	26	93	2	176	27	21	19	31	1.97
21882530--21882582	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21883398--21883450	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
21883003--21883767	354	2.2	343	80	7	800	20	26	28	24	1.99
21883897--21883949	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
21884601--21884653	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21884627--21885118	159	3.1	155	77	6	481	20	27	29	22	1.98
21885467--21885519	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
21885954--21886006	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21886164--21886216	26	2.0	26	85	0	70	26	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21886505--21886557	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21887165--21887910	158	4.6	157	74	8	504	19	26	29	24	1.98
21887884--21887936	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21888382--21888433	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
21888737--21888789	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21888151--21888811	355	1.9	355	84	1	894	21	26	27	24	1.99
21888132--21889300	354	3.3	340	78	6	1015	20	26	28	23	1.99
21889274--21889326	26	2.0	26	92	0	88	26	20	22	30	1.98
21888988--21889485	183	2.7	181	85	3	629	19	25	29	25	1.98
21889431--21889960	159	3.3	159	74	8	484	19	24	29	25	1.99
21889300--21889962	159	4.2	157	72	7	419	19	25	29	25	1.99
21889307--21889962	317	2.1	317	84	0	846	19	25	29	25	1.99
21889438--21890095	317	2.1	317	79	4	720	20	25	29	24	1.99
21892202--21892252	26	2.0	25	88	11	77	33	21	15	29	1.94
21892383--21892435	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21892131--21892593	183	2.5	182	77	5	459	20	27	26	25	1.99
21892725--21892777	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21893091--21893143	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21893705--21893757	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
21894111--21894487	158	2.4	157	76	6	366	20	24	31	24	1.98
21894610--21894661	25	2.0	25	81	3	59	26	26	23	23	2.00
21896013--21896065	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21896039--21896539	159	3.2	157	76	8	505	20	26	29	24	1.99
21896868--21896920	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21897369--21897420	25	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
21897738--21897788	26	2.0	26	84	7	68	29	25	19	25	1.99
21898202--21898254	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
21899485--21899537	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
21901058--21901113	26	2.2	26	90	0	85	28	21	21	28	1.99
21900834--21901201	197	1.9	197	82	2	461	21	27	27	23	1.99
21901087--21901431	159	2.2	158	83	3	435	19	28	29	22	1.98
21901404--21901456	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
21902102--21902151	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
21902161--21902628	159	2.9	159	75	4	419	19	26	29	24	1.99
21902601--21902653	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
21902535--21902996	184	2.5	184	80	8	519	20	28	27	24	1.99
21902785--21902837	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21909610--21909662	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21909782--21909812	12	2.6	12	94	0	53	25	29	41	3	1.71
21909794--21910127	158	2.1	158	91	2	537	17	29	31	21	1.97
21910936--21910988	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21910962--21911463	158	3.2	157	74	9	473	20	27	29	22	1.98
21911437--21911487	26	2.0	26	88	0	75	23	23	21	31	1.98
21912515--21912566	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21912481--21913203	343	2.1	331	80	5	770	20	27	28	23	1.99
21912908--21913533	159	3.9	159	79	3	618	19	28	29	21	1.98
21914239--21914291	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
21914265--21914768	158	3.2	158	78	5	473	18	28	30	22	1.98
21914740--21914791	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
21915444--21915493	26	1.9	26	91	0	82	26	28	20	26	1.99
21916381--21916760	158	2.4	158	76	8	396	18	26	30	25	1.98
21916274--21917223	316	3.0	316	75	9	896	18	26	30	24	1.98
21917934--21917984	26	2.0	26	88	7	77	33	27	9	29	1.89
21917351--21918667	680	1.9	679	91	1	2149	28	22	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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