genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1306--1362	22	2.6	22	91	0	87	40	19	10	29	1.85
1306--1372	22	3.0	22	80	8	82	41	17	11	28	1.85
1355--9339	180	45.0	180	74	9	4761	40	8	9	41	1.69
1355--9339	356	22.5	355	74	9	4965	40	8	9	41	1.69
10351--12338	181	10.8	179	71	12	679	39	8	10	41	1.70
10351--10850	179	2.8	178	85	5	636	40	8	10	40	1.69
10823--10874	16	3.2	17	74	20	65	44	1	11	42	1.51
10821--10896	32	2.3	34	88	9	120	43	5	11	39	1.64
10643--11062	211	2.0	211	80	4	470	41	8	10	40	1.69
10855--12341	181	8.2	177	75	8	1120	39	8	10	41	1.70
10855--13099	362	6.3	360	72	12	1208	40	8	9	41	1.69
12457--13099	179	3.6	178	81	7	655	41	7	9	42	1.65
12532--13099	180	3.2	178	82	7	639	41	7	8	42	1.64
12956--13246	146	2.0	148	84	6	387	41	8	9	40	1.68
12597--13600	506	2.0	500	82	6	1226	41	8	8	41	1.66
13103--17108	181	22.1	181	70	12	1872	40	8	10	41	1.70
13103--17108	353	11.1	356	71	12	1692	40	8	10	41	1.70
13103--14407	542	2.4	532	78	8	1318	41	9	9	39	1.70
15061--15096	17	2.1	17	90	10	56	38	2	5	52	1.39
14747--17108	360	6.6	357	75	8	1624	39	8	10	41	1.69
14747--17107	179	13.2	179	74	9	1445	39	8	10	41	1.69
15916--16044	63	2.0	64	85	7	174	34	8	5	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16228--16263	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
16825--17409	299	2.0	299	82	5	736	39	7	10	42	1.66
17124--26788	181	53.4	180	71	11	4025	40	8	9	41	1.68
18680--18740	16	3.7	16	83	14	79	45	6	13	34	1.69
17211--26788	889	10.6	888	70	14	2809	40	8	9	41	1.68
18754--21500	355	7.7	356	75	10	1248	40	8	9	41	1.68
18787--26772	722	11.0	706	73	11	3563	40	8	9	41	1.68
18779--21364	180	14.5	174	74	10	948	40	8	9	41	1.69
21523--21679	78	2.0	78	93	1	271	41	10	8	39	1.70
24730--25060	169	2.0	169	81	5	393	40	6	11	41	1.67
28507--37241	181	48.4	181	72	9	4168	40	8	9	41	1.68
28891--28934	17	2.5	17	82	10	54	50	6	2	40	1.42
28508--31796	359	9.2	355	74	11	1470	40	8	9	41	1.67
30049--31800	363	4.9	360	75	7	1368	41	7	9	41	1.66
31834--37241	710	7.6	705	73	9	3394	40	8	9	41	1.68
34055--34474	179	2.3	179	79	2	430	39	7	9	43	1.65
35321--35368	16	3.0	16	80	14	55	35	2	8	54	1.42
34758--36835	355	5.8	352	75	8	1200	40	8	9	41	1.68
31822--36922	531	9.5	537	75	8	2726	40	8	9	41	1.69
36860--36988	68	1.9	68	83	3	170	34	10	8	46	1.69
36930--37140	106	2.0	106	85	3	291	36	7	8	48	1.60
37263--37878	180	3.5	176	74	10	486	41	6	10	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38404--38441	20	1.9	20	84	10	51	47	7	10	34	1.67
38055--39933	180	10.5	177	76	9	1337	39	7	9	42	1.66
39122--39160	19	1.9	20	85	15	53	41	12	12	33	1.82
38095--39930	361	5.1	356	76	8	1197	39	7	9	43	1.66
40691--45343	181	25.9	181	76	7	3543	41	10	8	39	1.69
40691--56764	362	45.0	359	72	11	6828	41	10	8	40	1.69
40691--56764	540	30.0	539	73	10	8199	41	10	8	40	1.69
43062--43098	18	2.0	19	89	5	58	45	5	5	43	1.49
45381--45954	181	3.2	176	81	5	645	40	9	8	41	1.69
46065--56231	180	56.7	179	72	11	5351	41	10	8	40	1.68
46040--46976	182	5.2	180	74	8	665	43	10	8	37	1.71
47125--56231	180	51.1	180	74	8	6055	41	9	8	40	1.68
46159--47922	952	1.9	953	80	5	2129	42	10	7	38	1.69
47172--55535	533	15.6	518	73	11	2653	41	9	8	40	1.68
50574--50610	18	2.0	19	89	5	58	48	8	8	35	1.62
51135--51612	181	2.7	178	80	8	449	41	11	7	39	1.70
52538--52574	18	2.0	19	89	5	58	48	8	8	35	1.62
54510--54546	18	2.0	19	89	5	58	48	8	8	35	1.62
55752--55787	18	1.9	19	88	5	56	41	5	8	44	1.58
56288--56764	168	2.7	173	78	7	470	41	10	7	40	1.68
56288--56600	167	1.9	167	81	5	382	42	9	6	40	1.64
57740--57796	20	2.8	20	84	7	71	29	28	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57977--58034	21	2.7	21	97	2	107	24	25	34	15	1.95
65658--65705	24	2.0	24	100	0	96	37	0	20	41	1.53
65766--65816	26	2.0	26	88	3	77	27	9	27	35	1.88
67207--67950	181	4.2	179	80	5	703	41	11	7	39	1.70
68283--70505	180	12.2	180	70	13	1191	41	9	8	40	1.68
68559--68625	34	2.0	34	100	0	134	38	11	7	41	1.70
68571--68625	17	3.2	17	68	27	53	38	10	7	43	1.68
68554--68633	34	2.3	34	89	2	133	38	10	6	45	1.63
68632--68921	161	1.8	157	81	3	364	40	11	9	38	1.74
69464--69501	18	2.1	18	90	0	58	39	2	13	44	1.57
69482--70518	181	5.8	178	74	9	648	40	8	8	42	1.67
70851--79371	181	47.5	180	75	7	5818	39	7	10	41	1.69
70897--85124	362	39.6	359	73	9	8442	39	8	10	41	1.69
72251--72298	17	2.7	18	78	15	55	41	6	12	39	1.68
72675--72985	163	1.9	163	81	5	378	40	7	9	43	1.65
75551--76571	538	1.9	537	80	5	1215	38	8	11	41	1.70
72836--95913	539	42.3	536	69	12	6662	39	8	10	41	1.70
77631--77676	18	2.6	18	80	13	51	52	4	6	36	1.47
79216--79527	158	2.0	160	84	6	411	38	7	9	45	1.64
79372--80024	180	3.6	180	76	4	577	41	7	10	41	1.66
79997--80050	26	2.1	26	100	0	108	38	11	3	46	1.57
80051--80565	177	2.9	177	77	7	422	40	7	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80565--81434	461	1.9	454	82	5	1088	39	8	11	40	1.72
81005--82956	180	10.8	179	76	6	1428	39	8	10	41	1.70
81790--81844	16	3.1	19	69	26	57	43	9	10	36	1.72
82948--85136	181	12.3	180	75	7	1575	40	9	9	41	1.69
83845--83885	17	2.5	17	80	11	50	34	7	7	51	1.58
85996--86068	30	2.4	30	100	0	146	23	32	8	35	1.84
86977--87006	15	2.0	15	93	0	51	23	0	6	70	1.11
86993--93184	358	17.1	358	74	8	3198	39	8	9	42	1.68
86906--95916	540	16.4	533	71	11	3300	39	8	9	41	1.68
86893--93184	181	34.8	181	73	9	3260	39	8	9	42	1.68
89169--89250	40	2.0	40	100	0	164	37	7	12	42	1.70
86893--95913	898	9.9	892	72	11	4277	39	8	9	41	1.68
93089--93289	105	1.9	105	87	2	296	33	9	8	48	1.66
94132--94256	65	1.9	65	93	0	214	44	8	14	32	1.74
94197--95916	181	9.6	180	76	5	1345	40	8	9	41	1.68
94311--95910	722	2.2	722	80	6	1719	39	8	9	42	1.67
94214--95915	541	3.2	533	75	6	1482	40	8	9	41	1.68
95566--95900	175	1.9	178	83	7	439	41	8	7	42	1.65
96049--96664	181	3.4	178	75	7	492	42	9	7	40	1.65
96676--97349	181	3.7	178	75	7	579	40	10	8	40	1.71
97106--97686	312	1.9	313	83	2	774	40	9	8	41	1.68
97408--101902	181	25.1	180	76	6	3374	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99007--99042	18	1.9	19	88	5	56	44	8	5	41	1.58
100090--100122	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
102018--103018	181	5.5	180	76	7	800	43	10	8	37	1.70
103073--103827	179	4.3	175	76	9	530	41	9	8	41	1.67
103073--103827	353	2.1	355	79	6	807	41	9	8	41	1.67
103878--107519	181	20.1	181	73	10	2275	41	10	7	40	1.68
104085--105977	522	3.5	539	79	7	1399	42	10	8	39	1.69
106278--107272	528	1.9	527	81	5	1220	42	10	7	40	1.67
106843--107519	178	3.8	176	78	6	675	41	10	8	40	1.68
103878--107527	359	10.1	356	71	12	1651	41	10	7	40	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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