genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.363.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  363  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33172318--33173956	867	1.9	875	80	3	1957	24	28	25	21	1.99
33173384--33173758	158	2.4	158	78	4	396	25	29	24	20	1.99
33174589--33174641	26	2.0	26	92	7	90	33	18	20	26	1.96
33175090--33175144	26	2.1	26	90	6	85	25	14	27	32	1.95
33175598--33175649	26	2.0	25	85	3	68	25	21	25	28	1.99
33176087--33176139	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33176783--33176832	26	1.9	26	92	8	84	38	12	18	32	1.87
33176782--33176840	26	2.3	26	82	5	75	33	16	18	30	1.94
33176813--33177568	159	4.8	157	73	6	513	25	29	26	18	1.98
33176813--33177631	318	2.6	315	82	4	959	24	29	26	19	1.99
33177607--33177657	26	2.0	26	92	0	84	25	13	31	29	1.94
33179913--33179965	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33180213--33180262	26	1.9	26	87	0	73	28	14	28	30	1.95
33180577--33180628	26	2.0	26	85	7	70	30	21	23	25	1.99
33181881--33181933	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
33182440--33182780	158	2.2	158	76	5	332	23	29	26	20	1.99
33183983--33184033	26	2.0	26	92	0	84	29	17	23	29	1.97
33185514--33185566	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
33186656--33186708	26	2.0	26	85	0	70	26	22	28	22	1.99
33186460--33187418	368	2.6	366	82	3	1106	24	28	26	20	1.99
33187596--33188063	184	2.5	183	84	4	568	22	28	28	20	1.98
33190964--33191464	157	3.2	157	75	9	408	24	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33191252--33191810	309	1.8	309	82	4	734	24	28	27	19	1.99
33191747--33191798	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
33192469--33192524	26	2.2	26	90	6	87	26	17	25	30	1.97
33192495--33192997	159	3.2	158	77	6	480	23	29	27	20	1.98
33192971--33193023	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
33193338--33193390	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
33199913--33200406	159	3.1	157	76	5	420	23	30	26	19	1.98
33200380--33200432	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
33201601--33201653	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33201970--33202020	26	2.0	26	92	7	86	27	19	27	25	1.99
33202636--33202705	26	2.7	26	100	0	140	32	20	24	22	1.97
33203036--33203087	25	2.0	26	85	3	70	26	17	25	30	1.97
33204439--33204491	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33204637--33204689	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
33205906--33206306	157	2.5	158	76	2	428	21	27	29	21	1.98
33206363--33206418	26	2.2	26	93	0	94	26	19	26	26	1.99
33207175--33207206	12	2.7	12	100	0	64	15	40	18	25	1.90
33207228--33207279	25	2.0	26	85	3	70	25	19	26	28	1.98
33207274--33207585	172	1.8	171	80	3	376	22	28	26	22	1.99
33207596--33207648	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33208098--33208150	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
33208890--33209247	159	2.3	158	80	4	373	23	31	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33209285--33209336	26	2.0	26	88	3	79	25	21	25	28	1.99
33209677--33209729	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33210178--33210230	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
33211413--33211465	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33211439--33211938	158	3.2	155	70	10	408	24	28	27	20	1.99
33212476--33212527	25	2.0	26	88	3	79	30	19	21	28	1.97
33212817--33212869	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33213196--33213266	26	2.7	25	93	4	106	32	15	23	28	1.95
33212999--33213532	284	1.9	284	82	1	685	22	27	27	22	1.99
33213515--33213936	159	2.7	158	80	2	463	22	29	28	18	1.98
33215025--33215077	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
33215528--33215577	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
33217007--33217271	132	2.0	132	94	1	460	25	22	30	21	1.99
33222224--33222821	158	3.8	160	74	8	490	23	29	27	18	1.98
33223797--33223849	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33224298--33224350	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
33225358--33225410	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
33225493--33225545	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33225484--33225886	182	2.2	182	80	6	404	22	29	26	21	1.99
33226742--33226794	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
33227084--33227136	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
33227464--33227516	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33227965--33228017	26	2.0	26	85	0	70	28	22	22	26	1.99
33228596--33228628	11	3.0	11	95	0	57	15	36	30	18	1.91
33228698--33228750	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
33229040--33229084	21	2.1	21	100	0	90	15	17	20	46	1.84
33232993--33233281	159	1.8	159	79	3	339	22	23	27	26	2.00
33233188--33233581	171	2.3	171	78	8	383	19	25	29	25	1.98
33233555--33233606	26	2.0	26	92	7	88	26	28	19	25	1.98
33234057--33234109	26	2.0	26	85	0	70	24	26	18	30	1.98
33233898--33234268	184	2.0	184	82	1	456	20	26	29	23	1.99
33234411--33234463	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33234561--33234867	159	1.9	159	79	1	346	20	27	28	23	1.99
33235742--33236113	158	2.4	159	80	5	405	19	28	27	23	1.99
33236454--33236506	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33237538--33237590	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33239083--33239135	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
33237221--33239446	497	4.3	518	73	11	1487	23	29	26	20	1.99
33239651--33239703	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33245452--33245820	159	2.3	159	83	2	440	22	32	25	19	1.97
33245833--33245884	26	2.0	26	84	0	68	28	15	26	28	1.96
33246536--33247036	158	3.2	158	80	4	499	23	29	26	20	1.99
33247879--33248566	196	3.6	184	73	9	506	26	26	24	21	2.00
33248234--33248284	26	2.0	26	84	7	68	35	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33248430--33248482	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
33248589--33249335	159	4.9	146	76	7	566	23	27	28	19	1.98
33248528--33249347	304	2.7	303	81	3	966	23	27	28	20	1.99
33250020--33250046	11	2.5	11	100	0	54	11	33	37	18	1.86
33250142--33250632	158	3.1	157	71	8	422	25	28	25	20	1.99
33250983--33251035	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33250824--33251390	196	3.0	182	76	9	551	23	28	25	22	1.99
33251179--33251231	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
33251344--33251699	150	2.3	150	75	9	340	23	29	26	20	1.99
33251314--33251699	159	2.5	154	74	10	383	23	30	25	20	1.99
33251673--33251725	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
33252586--33252638	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
33252954--33253006	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33252811--33253422	184	3.3	183	79	8	636	23	28	26	21	1.99
33253150--33253202	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33252811--33253422	196	3.3	185	80	6	602	23	28	26	21	1.99
33253861--33253913	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
33253175--33254189	527	1.9	526	81	3	1209	25	28	26	19	1.99
33254902--33254954	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
33255086--33255138	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
33255788--33255838	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
33257575--33257627	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33257418--33257784	184	2.0	183	85	1	493	23	28	26	21	1.99
33257600--33258202	316	1.9	316	79	4	669	24	29	26	19	1.98
33258418--33258470	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
33259089--33259141	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
33259822--33259874	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
33260432--33260735	159	1.9	158	84	4	393	22	30	28	18	1.97
33261480--33261532	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33262176--33262228	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
33263504--33263556	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
33263527--33264024	158	3.2	159	74	7	393	24	28	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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