genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.351.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  351  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32172040--32172091	26	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
32172745--32172794	26	1.9	26	91	0	82	28	16	28	28	1.97
32173844--32174272	159	2.7	157	76	6	409	24	30	26	18	1.98
32174596--32174647	26	2.0	26	85	7	70	28	15	25	30	1.96
32174888--32174939	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
32175085--32175137	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32175110--32175563	159	2.9	157	76	4	432	20	31	27	20	1.98
32175599--32175650	26	2.0	26	88	0	77	32	19	23	25	1.97
32176099--32176152	26	2.1	26	92	0	90	24	20	27	27	1.99
32176309--32176671	158	2.3	159	78	4	392	25	28	23	21	1.99
32176309--32176726	159	2.6	158	75	4	394	26	28	25	20	1.99
32176783--32176835	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
32177164--32177216	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
32177623--32177656	12	2.8	12	90	0	59	8	35	32	23	1.86
32179662--32179712	26	1.9	27	88	4	77	37	19	19	23	1.94
32179994--32180046	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
32180413--32180465	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
32179677--32180466	419	1.9	419	82	1	1001	23	28	26	21	1.99
32180875--32180921	21	2.2	21	84	0	58	4	40	23	31	1.74
32180949--32181309	182	2.0	183	82	2	449	24	28	25	21	1.99
32181604--32181659	26	2.2	26	86	0	76	26	21	23	28	1.99
32182646--32182697	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32182841--32182893	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32182867--32183369	159	3.2	158	79	4	548	23	30	26	19	1.98
32183343--32183395	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
32184381--32184433	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32184364--32184724	196	1.8	196	81	5	444	24	26	27	21	1.99
32184603--32185104	158	3.2	158	79	5	496	22	29	27	20	1.98
32185078--32185130	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
32185564--32185614	26	2.0	25	96	3	93	29	19	23	27	1.98
32186110--32186519	159	2.6	159	79	3	443	23	29	28	18	1.98
32186623--32186675	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
32187370--32187781	159	2.6	158	78	8	417	25	29	27	17	1.97
32187847--32187902	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
32187530--32188313	343	2.3	343	81	3	893	24	29	26	19	1.98
32187885--32188170	159	1.8	159	82	2	378	24	31	26	18	1.97
32188688--32188740	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
32188998--32189346	183	1.9	182	81	4	425	24	26	26	22	2.00
32190092--32190435	159	2.2	158	80	5	381	23	30	26	18	1.98
32190409--32190461	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
32190246--32190900	367	1.8	361	82	5	849	24	29	27	18	1.98
32190776--32190828	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
32190925--32191305	159	2.4	159	75	4	376	23	31	25	20	1.98
32191276--32191328	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32191118--32191672	195	3.0	182	76	8	511	24	28	25	20	1.99
32191471--32191523	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
32190605--32192108	694	2.2	696	81	3	1731	24	29	25	20	1.99
32191497--32191996	158	3.2	155	73	7	450	24	29	25	20	1.99
32192323--32192375	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
32191783--32192425	353	1.8	354	82	2	842	24	30	25	19	1.98
32192581--32192637	26	2.2	26	93	0	96	22	3	19	54	1.59
32193084--32193587	158	3.2	157	78	6	507	22	30	27	19	1.98
32193561--32193613	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
32193940--32194232	154	1.9	156	80	6	353	21	32	27	18	1.97
32193877--32194266	153	2.5	153	74	8	351	20	31	26	21	1.98
32194240--32194292	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32195914--32196397	159	3.1	159	77	4	521	21	31	28	18	1.97
32197068--32197567	158	3.2	156	75	4	466	23	28	27	20	1.99
32197541--32197595	26	2.2	26	90	3	85	25	14	27	32	1.95
32204084--32204134	26	2.0	26	88	0	75	29	19	23	27	1.98
32204508--32205010	159	3.2	158	74	4	411	23	29	27	19	1.99
32204984--32205036	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
32206363--32206860	159	3.1	155	78	5	496	23	29	27	20	1.99
32206844--32206894	26	2.0	26	88	0	75	27	15	29	27	1.96
32207736--32207788	26	2.0	26	85	7	72	30	22	22	24	1.99
32207761--32208528	159	4.8	159	73	5	561	24	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32207763--32208441	158	4.3	155	73	6	434	25	28	25	20	1.99
32207761--32208580	317	2.6	317	80	1	811	24	29	25	20	1.99
32208554--32208632	26	3.0	26	86	0	113	24	13	30	31	1.94
32216895--32216947	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
32217276--32217326	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
32218688--32218739	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
32218372--32218713	157	2.2	157	82	3	393	26	28	23	21	1.99
32220013--32220065	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
32219412--32220413	355	2.8	352	76	11	857	24	27	26	21	1.99
32220481--32220883	163	2.5	156	74	11	339	23	33	25	17	1.96
32221393--32221445	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
32221894--32221946	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
32222966--32223018	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32222807--32223175	183	2.0	184	82	1	454	22	27	27	22	1.99
32223467--32223519	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32224332--32224384	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
32224531--32224581	26	2.0	26	88	7	77	29	19	23	27	1.98
32225748--32226242	159	3.1	158	77	6	482	23	30	25	20	1.98
32226224--32226276	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
32225974--32226681	357	2.0	355	81	5	829	24	30	25	19	1.98
32226438--32226791	184	1.9	183	81	5	419	26	28	24	20	1.99
32227080--32227130	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32227799--32227851	26	2.0	26	85	7	72	26	24	24	24	2.00
32227825--32229274	158	9.2	158	73	7	1022	23	29	27	19	1.99
32227824--32229274	317	4.6	316	82	3	1490	23	29	27	19	1.99
32227824--32229245	159	9.0	160	73	7	818	23	29	27	19	1.98
32229653--32230155	158	3.2	158	76	5	451	21	28	28	20	1.98
32236819--32237227	159	2.6	158	76	5	364	25	26	27	20	1.99
32237665--32238103	159	2.8	157	78	2	450	22	28	28	20	1.98
32238680--32238710	12	2.6	12	100	0	62	38	19	29	12	1.89
32239130--32239564	159	2.7	159	75	4	412	24	30	26	17	1.97
32241321--32241373	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32242980--32243032	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
32244371--32244423	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
32245239--32245291	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32244812--32245473	368	1.8	355	81	6	826	20	27	29	22	1.98
32245739--32245791	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32245581--32245950	184	2.0	184	85	0	497	21	27	28	22	1.99
32246061--32246113	26	2.0	26	82	7	63	28	24	16	30	1.97
32246783--32246835	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
32248651--32248703	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32248633--32249310	354	1.9	354	82	5	843	21	26	28	24	1.99
32249974--32250024	25	2.0	26	92	3	86	29	27	17	25	1.98
32250311--32250363	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32250520--32250571	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
32250857--32250909	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32250883--32251379	158	3.2	157	78	8	544	21	27	28	22	1.99
32251353--32251405	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32251727--32251778	25	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
32252248--32252300	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
32252446--32252496	26	2.0	26	84	7	68	27	19	19	33	1.96
32259345--32259396	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
32260049--32260117	26	2.7	26	88	4	95	31	27	14	26	1.95
32260101--32260911	316	2.6	314	83	4	968	19	26	29	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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