genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  288  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27457587--27457639	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
27458240--27458292	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27458741--27458792	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
27459609--27459687	26	3.0	25	81	7	86	31	26	16	25	1.96
27459830--27459882	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
27460256--27460751	158	3.1	156	75	8	491	19	26	30	23	1.98
27460725--27460777	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
27461039--27461063	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
27461103--27461155	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27461501--27461553	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27461901--27462235	170	2.0	168	84	3	440	19	28	30	22	1.98
27462353--27462405	26	2.0	26	88	0	79	22	28	22	26	1.99
27462696--27462748	26	2.0	26	85	7	72	26	20	16	35	1.94
27463417--27463469	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
27463443--27463962	159	3.3	159	73	4	494	19	26	29	23	1.98
27464104--27464153	26	1.9	26	87	0	73	26	26	14	34	1.94
27465336--27465738	159	2.5	160	78	7	444	21	27	29	21	1.99
27466243--27466295	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27466427--27466479	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27467076--27467690	159	3.9	157	74	4	482	19	26	30	24	1.98
27468151--27468200	26	1.9	26	83	0	64	22	22	24	32	1.98
27468246--27468571	170	1.9	170	86	1	465	18	28	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27468832--27468884	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
27468916--27469199	157	1.8	158	85	0	399	20	28	28	22	1.98
27469176--27469225	26	1.9	26	87	0	73	24	28	20	28	1.99
27468581--27469542	341	2.8	341	83	3	1071	20	27	28	23	1.99
27469202--27469632	159	2.7	157	75	7	422	20	27	30	22	1.98
27470745--27471286	158	3.4	157	76	4	577	19	26	30	23	1.98
27471966--27472018	26	2.0	26	88	0	79	24	28	18	28	1.98
27471992--27473000	159	6.4	159	74	5	695	20	25	29	23	1.99
27471992--27472697	316	2.2	316	83	1	885	20	25	30	23	1.99
27473187--27473687	159	3.2	158	78	7	507	19	25	30	24	1.98
27472694--27474338	684	2.4	683	87	2	2325	20	26	28	24	1.99
27474311--27474363	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27475032--27475083	26	2.0	26	88	0	77	25	25	19	30	1.98
27475623--27476736	159	6.9	158	72	9	668	19	28	30	22	1.98
27475623--27476736	317	3.4	317	78	7	1115	19	28	30	22	1.98
27476208--27476260	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27475860--27476764	501	1.8	501	82	3	1169	19	27	29	23	1.98
27475891--27476577	343	2.0	343	84	1	901	19	27	30	22	1.98
27475359--27476736	660	2.1	668	82	5	1646	19	27	30	23	1.98
27476709--27476761	26	2.0	26	85	7	72	30	24	15	30	1.95
27477389--27477466	26	3.0	26	92	1	131	29	29	16	24	1.97
27477595--27477650	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27477693--27477756	30	2.1	30	97	0	119	25	26	37	10	1.89
27477996--27478048	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
27478116--27478590	159	3.0	159	73	7	408	19	26	30	22	1.98
27478072--27478544	158	3.0	157	71	10	397	20	26	29	23	1.99
27478140--27478590	158	2.8	158	73	10	434	20	26	31	22	1.98
27480501--27480553	26	2.0	26	85	0	70	30	28	18	22	1.98
27480526--27481030	159	3.2	158	77	6	495	19	27	29	23	1.98
27481003--27481055	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
27480097--27481078	514	1.9	509	80	5	1146	19	27	28	24	1.99
27482491--27482542	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
27482858--27482910	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
27484099--27484149	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
27483940--27484308	184	2.0	183	82	3	447	21	26	27	24	1.99
27484452--27484504	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
27484371--27484834	184	2.5	183	82	2	525	20	26	29	23	1.99
27484737--27485095	159	2.3	159	81	1	407	18	27	30	23	1.97
27486394--27486446	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
27486874--27486925	26	2.1	26	92	7	90	34	23	11	30	1.90
27487233--27487285	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
27487723--27487775	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
27489026--27489681	159	4.1	155	74	9	471	20	26	29	23	1.99
27489431--27489792	170	2.1	171	80	7	389	18	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27489848--27489900	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27490096--27490364	147	1.8	147	83	3	353	20	27	28	23	1.99
27490338--27490390	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27490829--27490881	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
27491301--27491681	158	2.4	158	79	7	407	20	27	27	24	1.99
27491180--27491680	159	3.2	157	74	8	451	21	26	27	23	1.99
27492155--27492207	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27492220--27492525	159	1.9	158	85	4	420	16	27	30	24	1.97
27493220--27493272	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27493562--27493614	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
27494284--27494668	159	2.4	157	73	8	357	20	26	30	22	1.98
27494760--27494812	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
27494786--27495970	159	7.4	157	73	9	486	20	27	29	22	1.98
27494252--27495161	502	1.8	502	84	4	1255	20	26	28	24	1.99
27496062--27496114	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
27496088--27497633	159	9.7	159	72	8	766	20	26	29	23	1.98
27497693--27497745	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
27498158--27498183	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
27498770--27498820	26	2.0	26	88	0	75	27	31	15	25	1.96
27498923--27499614	159	4.4	159	74	6	544	20	26	29	23	1.99
27498929--27499614	317	2.2	316	81	2	770	20	26	29	24	1.99
27499587--27499637	26	2.0	25	92	3	84	29	23	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27500652--27500704	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
27501020--27501071	25	2.0	26	92	3	88	32	28	13	25	1.93
27501081--27501548	158	2.9	157	78	5	487	19	26	30	23	1.98
27501636--27501675	11	3.6	11	89	0	62	17	30	32	20	1.95
27502601--27502653	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
27506929--27507047	59	2.0	59	98	0	229	21	21	33	24	1.97
27509002--27509516	158	3.2	158	73	9	420	20	25	29	23	1.99
27509645--27509697	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27510342--27510394	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27511357--27511743	159	2.4	160	78	9	394	20	26	28	24	1.99
27511715--27511767	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27512168--27512646	158	3.0	158	75	7	459	19	28	29	22	1.98
27512804--27513298	158	3.1	158	76	9	488	20	28	29	22	1.98
27511834--27513299	684	2.2	678	83	3	1793	19	28	29	23	1.98
27513968--27514020	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27514469--27514521	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
27514798--27515345	158	3.5	156	74	8	480	19	26	28	25	1.99
27521976--27522028	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27522002--27523507	158	9.1	157	73	11	776	19	28	30	21	1.98
27522476--27522528	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27522326--27523046	184	4.0	184	72	11	534	21	28	28	21	1.99
27522835--27522887	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27523491--27523542	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
27524244--27524738	158	3.1	159	79	5	545	19	28	30	22	1.98
27524921--27524973	26	2.0	26	92	0	88	30	28	15	26	1.96
27525996--27526045	26	1.9	26	87	0	73	30	28	16	26	1.96
27526835--27526887	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27526981--27527334	159	2.2	160	82	3	437	19	25	30	24	1.98
27528372--27528426	26	2.1	26	86	0	74	27	27	18	27	1.98
27528379--27528431	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
27529424--27529925	158	3.2	157	78	7	541	19	26	30	23	1.98
27530621--27530673	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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