Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  26  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5830306--5830352
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24
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0
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1.60
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3
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1.51
5830344--5830434
44
2.0
44
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121
53
10
4
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1.55
5830370--5830440
21
3.3
21
71
11
63
54
12
2
29
1.52
5830402--5830449
13
3.8
12
75
8
51
58
8
0
33
1.28
5830427--5830478
13
3.8
13
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7
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3
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1.53
5830422--5830478
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3
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1.53
5834986--5835061
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2.9
27
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3
2
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1.18
5834986--5835054
30
2.3
30
80
7
79
23
4
1
71
1.12
5835115--5835152
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1.9
20
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10
60
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2
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1.03
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21
2.3
21
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0
62
59
10
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5840324--5840396
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2.3
32
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4
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57
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2
31
1.42
5840461--5840548
20
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19
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12
77
59
11
3
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1.48
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41
2.5
40
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1
123
57
10
4
26
1.52
5840437--5840612
93
1.9
95
85
3
248
57
9
6
26
1.54
5840526--5840631
55
1.9
55
90
0
167
55
8
6
29
1.55
5840616--5840756
24
6.1
24
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15
100
53
10
4
31
1.54
5840678--5840748
23
3.2
23
71
11
67
57
11
2
28
1.47
5840662--5840752
44
2.0
44
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121
54
10
3
30
1.51
5840684--5840761
21
3.3
24
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56
11
2
29
1.48
5840720--5840767
13
3.8
12
75
8
51
58
8
0
33
1.28
5840745--5840796
13
3.8
13
82
7
50
51
9
3
34
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5840740--5840796
29
1.9
30
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10
82
52
10
3
33
1.53
5841106--5841164
26
2.3
26
96
0
109
25
25
16
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1.97
5842745--5842773
15
1.9
15
100
0
58
55
0
0
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15
4.0
15
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12
50
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3
5
38
1.40
5842795--5842962
44
3.9
42
80
7
160
51
4
5
37
1.47
5842729--5842988
22
12.0
22
72
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129
52
5
5
36
1.48
5842722--5842996
88
3.2
86
74
9
209
53
5
5
36
1.46
5842794--5842995
66
3.1
66
75
5
160
51
5
5
36
1.51
5842882--5843039
44
3.6
44
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10
135
53
5
4
36
1.43
5842976--5843039
22
2.9
22
76
0
74
51
3
6
39
1.43
5843063--5843209
21
6.9
22
70
13
69
52
4
4
38
1.44
5843152--5843216
21
3.0
21
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2
85
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3
0
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1.15
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19
2.1
19
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32
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10
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1.83
5849039--5849076
2
19.0
2
94
0
67
47
0
0
52
1.00
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25
2.1
23
85
7
64
56
0
2
42
1.11
5850127--5850164
20
1.9
20
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0
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34
0
0
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2.3
26
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2
88
30
0
0
69
0.89
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20
2.0
20
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5
69
36
5
13
44
1.66
5855484--5855535
3
17.3
3
100
0
104
32
0
0
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25
2.1
24
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3
59
17
5
5
71
1.26
5859724--5859942
115
1.9
115
81
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264
22
21
13
41
1.89
5860493--5860710
119
1.8
119
80
2
258
25
22
8
43
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5861728--5861756
6
4.8
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100
0
58
31
0
0
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7
3.6
7
100
0
50
0
24
0
76
0.80
5863325--5863400
13
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18
54
73
1
3
21
1.06
5863341--5863388
19
2.5
18
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18
53
75
0
4
20
0.97
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17
2.4
17
86
0
53
12
0
35
52
1.39
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10
4.5
10
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54
29
2
2
65
1.16
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1
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1
88
0
54
0
5
0
94
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1.9
18
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63
0
5
0
94
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2.1
33
91
2
111
27
20
26
26
1.99
5881649--5881723
21
3.3
21
70
22
62
34
5
16
44
1.70
5883328--5883480
56
2.6
58
82
10
170
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6
4
50
1.49
5885270--5885318
15
3.1
15
85
5
62
38
14
14
32
1.86
5885311--5885384
35
2.1
35
90
5
114
33
16
12
37
1.85
5885311--5885384
18
4.2
18
87
5
107
33
16
12
37
1.85
5885671--5885709
18
2.2
18
90
0
60
48
5
7
38
1.54
5885654--5885706
17
3.1
17
78
5
52
43
7
7
41
1.61
5885747--5885799
17
3.2
17
81
5
63
49
9
15
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1.74
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26
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12
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0
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0
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16
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6
0
29
1.18
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21
1.9
21
90
10
64
85
2
5
7
0.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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24
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0
0
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2.0
34
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1
1
43
1.18
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18
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5
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0
0
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15
2.6
15
88
4
53
80
0
0
20
0.72
5894782--5894992
104
2.0
104
95
0
377
39
19
13
27
1.89
5901637--5901695
26
2.4
24
86
10
91
47
0
3
49
1.18
5901781--5901844
13
4.8
13
75
12
51
34
4
0
60
1.17
5901823--5901912
41
2.1
42
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121
45
2
0
52
1.13
5901816--5901888
13
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13
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23
62
42
4
0
53
1.20
5901797--5901905
18
5.9
18
69
20
73
44
3
0
52
1.19
5914055--5914081
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
5915527--5915556
13
2.3
13
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0
51
23
30
0
46
1.52
5916375--5916427
17
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17
71
15
56
58
13
0
28
1.35
5916360--5916427
33
2.1
33
94
0
118
60
11
0
27
1.32
5916370--5916443
33
2.2
33
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2
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59
13
2
24
1.47
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2
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2
100
0
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0
51
0
1.00
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73
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1.70
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0
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84
2.1
86
78
7
195
30
9
29
31
1.89
5957229--5957291
27
2.5
25
78
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46
0
1
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1.10
5964574--5964620
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2.0
24
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0
58
27
10
31
29
1.90
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20
2.2
19
86
4
57
19
2
4
73
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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25
2.0
25
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7
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78
8
4
10
1.09
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32
1.9
32
90
0
97
37
19
12
30
1.89
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22
4.8
22
70
9
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34
21
14
29
1.93
5975358--5975419
23
2.7
22
77
5
61
38
25
9
25
1.86
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23
2.5
24
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5
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24
18
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1.92
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5.7
47
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13
20
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1.90
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1.9
144
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0
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28
13
20
37
1.90
5987559--5987830
96
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278
28
13
20
37
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4.4
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11
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7
0
7
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15
2.1
16
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12
0
6
0.85
5988116--5988166
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2.3
22
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12
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7
0
7
0.78
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0
0
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3.0
25
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15
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73
1
0
25
0.91
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17
2.8
17
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3
60
72
0
0
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0.85
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2.1
16
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0
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2
0
17
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13
100
0
50
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0
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0
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0
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0
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0
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0
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0
0
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0
0
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2.0
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36
0
0
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37
2.0
37
86
5
103
38
4
12
45
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6003586--6003630
21
2.0
21
83
8
54
44
0
2
53
1.13
6003650--6003718
33
2.1
33
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10
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0
0
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1.00
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2
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0
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0
0
50
1.00
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2.0
28
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0
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0
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0
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0
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0.40
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13
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0
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3
0
12
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0
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21
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0
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0
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12
18
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1.76
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17
3.2
17
66
23
51
16
14
16
51
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402