genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  284  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27150570--27150602	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
27151180--27151232	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
27151535--27151587	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
27152735--27152787	26	2.0	26	92	0	88	28	30	16	24	1.97
27153071--27153123	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
27154174--27154226	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
27154089--27154787	368	1.9	368	82	4	890	20	27	28	23	1.99
27154885--27154936	26	2.0	26	88	7	79	30	28	17	23	1.97
27155594--27155646	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
27155569--27156410	368	2.3	354	81	5	945	21	24	28	24	1.99
27156318--27156370	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
27156344--27156836	159	3.1	158	74	6	469	19	27	30	22	1.98
27157541--27157593	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27157894--27157945	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
27157791--27158976	184	6.6	183	71	11	572	19	25	30	24	1.98
27157470--27158623	537	2.2	537	83	2	1469	19	26	29	23	1.98
27157976--27159375	353	4.0	352	83	2	1549	19	26	30	23	1.98
27158782--27158833	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
27157984--27159356	704	1.9	709	84	3	1825	19	26	30	23	1.98
27159409--27159629	121	1.8	121	84	0	298	16	27	26	29	1.97
27159605--27159655	26	2.0	26	84	7	68	33	25	15	25	1.95
27166578--27166629	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27166604--27166979	159	2.4	158	73	7	368	20	28	31	19	1.97
27167081--27167132	26	2.0	26	85	7	70	28	26	17	26	1.97
27168330--27168687	159	2.3	159	78	4	364	17	24	32	25	1.97
27169461--27169780	171	1.9	170	86	5	459	18	30	32	19	1.96
27169635--27170079	159	2.8	158	80	7	424	19	28	29	22	1.98
27170766--27170818	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27171100--27171152	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
27172065--27172120	26	2.2	26	83	6	69	32	25	17	25	1.97
27173144--27173195	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
27173170--27173670	158	3.2	157	76	5	490	18	26	31	23	1.97
27179412--27179464	26	2.0	26	88	0	79	26	32	20	20	1.98
27179656--27180112	159	2.9	158	76	6	472	18	26	31	23	1.98
27180592--27180938	159	2.2	158	80	4	385	17	27	30	24	1.97
27179694--27182461	898	3.1	893	90	2	4137	21	24	26	26	2.00
27181493--27181789	159	1.9	159	79	4	339	17	26	29	25	1.98
27182434--27182512	26	3.0	26	96	0	140	29	29	17	24	1.97
27182559--27182987	158	2.7	158	80	5	490	16	29	31	22	1.96
27182959--27183011	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27183701--27183753	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
27184069--27184121	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
27184135--27184597	159	2.9	158	76	7	402	19	26	30	23	1.98
27184565--27184620	26	2.2	26	83	6	69	28	25	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27185300--27185430	26	5.0	26	90	0	208	28	25	17	29	1.97
27186944--27186996	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
27187312--27187364	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
27187338--27187831	158	3.1	155	73	10	446	18	28	30	21	1.97
27188877--27188927	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
27188458--27189476	367	2.8	367	84	3	1276	20	29	28	21	1.98
27189242--27189294	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
27190351--27190403	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
27190719--27190771	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
27191915--27191967	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
27192191--27192269	26	3.0	26	94	0	131	31	27	15	25	1.95
27192314--27192745	159	2.7	159	75	2	438	20	28	28	22	1.98
27192717--27192769	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27193440--27193492	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27193795--27193847	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
27194000--27194303	160	1.9	159	79	6	337	20	27	28	22	1.99
27194283--27194338	26	2.2	26	90	6	87	28	25	19	26	1.99
27195010--27195062	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27195087--27195539	158	2.9	155	73	9	412	18	27	30	23	1.97
27196643--27197105	159	2.9	159	78	4	432	18	27	31	22	1.97
27196599--27197103	158	3.2	158	77	3	521	19	27	30	22	1.98
27197074--27197128	26	2.1	26	86	0	74	29	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27198298--27198350	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
27199020--27199072	26	2.0	26	85	7	72	32	28	16	22	1.96
27199416--27199914	159	3.2	157	73	9	361	21	27	29	22	1.99
27199888--27199940	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
27201013--27201431	159	2.6	157	80	5	477	16	30	29	22	1.96
27203326--27203378	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27202909--27203879	368	2.6	366	83	2	1160	20	27	28	24	1.99
27203694--27203746	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
27203753--27204043	148	2.0	146	80	4	334	15	30	33	20	1.94
27205979--27206031	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27206016--27206347	158	2.1	158	78	5	339	19	29	28	22	1.98
27206218--27206506	159	1.8	159	81	1	364	20	26	29	23	1.99
27208836--27208888	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27211115--27211167	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27211181--27211472	159	1.8	157	81	4	354	19	27	30	22	1.98
27212464--27212516	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27212833--27212885	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
27214415--27214467	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27216007--27216059	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27216692--27216744	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
27215736--27217219	685	2.2	681	82	3	1778	19	27	29	23	1.98
27220663--27220714	21	2.5	21	96	0	95	13	36	15	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27220868--27220920	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27221236--27221288	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
27221192--27221631	184	2.4	183	78	5	474	23	26	25	23	2.00
27220830--27221986	552	2.1	551	83	2	1403	21	27	28	23	1.99
27221820--27222306	159	3.1	157	72	9	448	18	28	30	23	1.97
27222290--27222342	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
27223353--27223405	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
27224037--27224089	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27224196--27224565	159	2.3	159	77	5	372	19	25	29	25	1.99
27222980--27224560	684	2.3	685	80	4	1661	20	26	28	23	1.99
27225315--27225347	15	2.1	16	88	5	50	12	9	54	24	1.66
27225484--27225562	40	2.0	40	100	0	158	35	13	17	32	1.90
27225834--27225886	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
27226568--27226620	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
27226936--27226988	26	2.0	26	89	7	81	24	28	20	26	1.99
27227620--27227672	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
27227278--27228202	369	2.5	366	83	3	1149	20	26	28	23	1.99
27228015--27228516	158	3.2	158	75	6	370	18	26	30	24	1.98
27229205--27229257	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
27230869--27230921	26	2.0	26	85	7	72	28	28	20	22	1.99
27230955--27231555	158	3.8	159	78	5	617	18	29	29	22	1.97
27231528--27231580	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27238529--27238581	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
27239522--27239574	26	2.0	26	88	0	79	24	24	28	22	2.00
27239902--27239954	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
27239927--27240427	158	3.2	157	76	5	499	23	30	27	18	1.98
27240401--27240453	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27240799--27240851	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27241678--27241728	26	2.0	26	88	7	77	31	15	21	31	1.95
27239214--27242223	879	3.4	874	80	4	3271	23	29	26	20	1.99
27241708--27242148	159	2.8	158	79	5	471	24	30	26	18	1.98
27242729--27242800	26	2.8	26	89	4	101	25	18	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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