genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  281  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26937589--26937640	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
26938965--26939023	26	2.3	26	85	5	86	27	25	20	27	1.99
26940556--26940608	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26940924--26940976	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
26941618--26941670	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
26942680--26942732	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
26943048--26943100	26	2.0	26	85	0	70	28	22	16	32	1.96
26942630--26943556	367	2.5	367	80	3	981	20	25	28	25	1.99
26943410--26943464	26	2.1	27	89	3	85	21	25	21	30	1.98
26944613--26944663	25	2.0	26	88	7	79	25	25	23	25	2.00
26944979--26945031	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26944929--26945356	184	2.3	183	79	5	495	18	25	30	25	1.98
26945163--26945215	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
26944593--26945719	539	2.1	548	81	6	1299	18	26	30	24	1.98
26945142--26945812	356	1.9	355	78	4	744	18	26	30	24	1.98
26946264--26946856	184	3.2	184	90	2	897	20	26	29	24	1.99
26946668--26946719	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
26946958--26947505	281	2.0	281	83	1	704	20	26	25	27	1.99
26947686--26947736	26	2.0	26	88	7	77	29	25	19	25	1.99
26949254--26949306	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
26948835--26949859	367	2.8	366	81	2	1175	20	26	29	23	1.98
26949621--26949673	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26950856--26950907	25	2.0	26	88	3	79	26	26	21	25	1.99
26951222--26951274	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26951406--26951458	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
26950793--26951913	539	2.1	546	81	4	1300	18	27	30	23	1.98
26951383--26952067	356	1.9	355	79	4	754	18	26	30	24	1.98
26952493--26953106	184	3.3	184	86	2	815	19	26	28	25	1.99
26952912--26952964	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26953916--26953967	26	2.0	26	92	0	86	28	28	19	23	1.98
26955773--26955798	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
26955862--26956257	159	2.5	158	75	6	386	20	24	30	23	1.99
26955869--26956352	158	3.1	158	74	6	451	19	25	30	25	1.98
26957066--26957118	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
26957016--26958017	367	2.7	364	81	3	1150	21	27	27	23	1.99
26957811--26957860	26	2.0	26	84	7	68	34	32	8	26	1.85
26959025--26959077	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
26959757--26959809	26	2.0	26	85	0	70	30	26	15	28	1.96
26958971--26959988	366	2.8	367	80	5	1121	20	26	29	23	1.99
26960719--26960770	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
26961074--26961126	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26961444--26961494	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
26961798--26961850	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26960696--26962104	356	3.9	355	80	6	1485	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26963370--26963422	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
26963725--26963777	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26964967--26965019	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26965335--26965387	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26964930--26965720	358	2.2	363	80	6	854	21	27	26	23	1.99
26965874--26965927	26	2.1	26	89	0	81	31	27	16	24	1.96
26967838--26967890	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
26969466--26969966	158	3.2	158	77	5	526	17	26	31	24	1.97
26969782--26970151	184	2.0	184	82	3	449	19	27	29	23	1.98
26969390--26970495	500	2.2	500	84	2	1418	18	27	29	24	1.98
26969966--26970467	158	3.2	157	74	4	391	18	27	29	24	1.98
26971880--26971932	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
26971465--26972482	352	2.9	352	80	3	1026	20	27	28	22	1.99
26972269--26972764	159	3.1	160	78	7	503	20	27	29	23	1.99
26973202--26973257	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
26973533--26973948	159	2.6	158	76	6	455	20	29	29	19	1.97
26974433--26974485	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26974787--26974839	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26974970--26975022	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
26974676--26975536	184	4.7	184	72	12	629	21	27	28	22	1.99
26975338--26975390	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26976560--26976612	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26976586--26977088	158	3.2	158	75	6	406	18	27	30	23	1.98
26977062--26977111	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
26976904--26977260	184	1.9	184	81	4	434	19	27	30	22	1.98
26976507--26977617	502	2.2	501	85	2	1455	19	28	28	23	1.98
26978246--26980292	367	5.7	363	75	8	1563	21	26	27	24	1.99
26979020--26979072	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
26980080--26980132	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26980472--26980524	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26981687--26982672	367	2.7	366	80	2	1055	20	26	29	24	1.99
26982668--26982961	158	1.9	158	80	0	354	18	27	29	24	1.98
26982936--26982987	26	2.0	26	88	0	77	34	25	15	25	1.95
26982778--26983128	184	1.9	184	85	2	481	19	25	31	23	1.98
26983017--26983542	288	1.8	288	82	0	685	19	29	29	21	1.98
26983590--26983642	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
26983616--26984011	159	2.5	159	77	4	442	20	26	31	21	1.98
26983616--26984105	158	3.1	158	75	4	493	19	26	30	24	1.98
26984343--26984395	26	2.0	26	89	7	81	30	26	16	26	1.97
26984465--26984497	11	3.0	11	90	0	57	18	30	36	15	1.91
26985077--26985129	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
26985443--26985494	25	2.0	26	88	3	79	32	23	15	28	1.95
26985036--26986040	368	2.7	363	83	3	1205	20	26	28	23	1.99
26986311--26986363	26	2.0	26	82	7	63	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26987412--26987464	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
26987438--26987929	158	3.1	158	75	5	501	19	27	29	22	1.98
26987912--26987964	26	2.0	26	82	7	63	28	24	20	26	1.99
26988644--26988696	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26988828--26988880	26	2.0	26	82	7	63	30	26	18	24	1.98
26988948--26989000	11	5.0	11	88	9	74	18	30	37	13	1.89
26988948--26989000	20	2.5	21	87	6	81	18	30	37	13	1.89
26989506--26990535	355	2.9	351	82	4	1082	19	27	29	23	1.98
26990236--26990260	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
26992533--26992585	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
26992515--26993456	356	2.6	350	80	5	1018	21	27	27	23	1.99
26993962--26994014	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
26994685--26994737	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
26994871--26994921	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
26995593--26995642	26	1.9	26	88	8	75	32	28	14	26	1.94
26993804--26995801	906	2.2	905	87	2	2929	25	24	24	26	2.00
26995649--26996117	158	3.0	157	77	4	442	18	28	30	22	1.97
26997190--26997239	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
26997261--26997706	162	2.8	157	77	7	459	18	28	30	22	1.97
26997682--26997732	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
26998403--26998455	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26998784--26999284	159	3.2	159	76	4	469	18	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26999258--26999310	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
27006299--27006809	159	3.2	156	75	8	494	19	27	31	21	1.97
27006773--27006825	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
27007556--27007864	171	1.8	170	80	4	372	18	29	31	21	1.97
27007839--27007889	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
27007863--27008513	159	4.1	158	78	3	599	19	27	29	23	1.98
27007863--27008513	317	2.1	317	79	2	691	19	27	29	23	1.98
27008813--27008865	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27009071--27009478	148	2.7	151	81	7	457	18	29	29	22	1.97
27010581--27010632	25	2.0	26	88	3	79	34	26	17	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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