Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  23  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5312020--5312111
34
2.8
33
85
8
116
39
11
15
33
1.84
5312289--5312364
28
2.7
28
87
4
100
38
10
23
27
1.88
5312749--5312797
22
2.2
22
92
0
80
22
22
22
32
1.98
5314689--5314777
42
2.1
42
93
0
151
51
12
14
21
1.75
5324703--5324763
17
3.3
18
71
15
54
50
9
4
34
1.57
5324707--5324788
37
2.2
37
81
16
100
52
9
2
35
1.48
5324820--5324903
19
4.4
19
67
16
57
52
11
7
28
1.64
5324989--5325312
21
15.9
20
69
17
179
52
11
5
29
1.60
5324988--5325300
41
7.6
41
83
2
358
52
12
5
30
1.62
5325375--5325516
24
6.1
23
77
16
141
54
9
3
32
1.51
5325375--5325516
47
3.0
45
85
10
171
54
9
3
32
1.51
5325460--5325505
20
2.2
20
88
3
65
56
10
2
30
1.46
5325447--5325518
21
3.3
21
69
17
65
55
11
1
31
1.43
5325480--5325527
13
3.8
12
75
8
51
58
8
0
33
1.28
5325567--5325601
17
2.1
17
89
10
54
57
11
5
25
1.56
5330536--5330662
63
2.0
63
92
0
209
22
20
16
40
1.91
5340583--5341198
302
2.0
304
86
3
859
34
12
15
37
1.85
5344607--5344810
80
2.6
79
84
5
275
43
25
6
24
1.77
5347833--5347868
18
1.9
19
94
5
65
13
0
2
83
0.76
5347833--5347868
19
1.9
18
88
5
54
13
0
2
83
0.76
5347835--5347887
18
2.9
18
83
5
54
22
1
1
73
1.03
5347860--5347903
18
2.4
18
88
7
63
34
2
0
63
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5355573--5355631
22
2.7
21
86
5
73
35
8
16
38
1.80
5355653--5355703
22
2.4
21
84
9
68
37
11
15
35
1.84
5356250--5356739
44
11.2
44
75
9
353
24
13
18
43
1.87
5356252--5356425
86
2.0
88
87
5
255
22
11
17
47
1.80
5356259--5356646
171
2.3
166
79
11
376
24
13
18
43
1.86
5356937--5357014
20
3.8
20
80
11
86
23
1
2
73
1.03
5356934--5357021
18
4.8
18
75
14
74
23
1
2
72
1.02
5357673--5357700
14
2.0
14
100
0
56
78
0
0
21
0.75
5365473--5365809
136
2.5
136
81
4
360
40
19
11
29
1.86
5371738--5371805
33
2.0
33
81
13
77
57
4
1
36
1.28
5372932--5373008
29
2.5
31
82
16
99
49
0
0
50
1.00
5373078--5373145
29
2.3
29
84
0
82
44
1
1
52
1.19
5373180--5373205
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
5381586--5381633
16
2.9
16
84
12
53
29
0
0
70
0.87
5381586--5381629
23
2.0
22
82
13
54
27
0
0
72
0.85
5381610--5381691
34
2.4
34
86
9
107
29
2
2
65
1.18
5382415--5382503
3
29.0
3
81
8
99
28
4
2
65
1.24
5382526--5382559
5
6.4
5
93
6
50
17
0
0
82
0.67
5382529--5382560
6
5.7
6
92
7
50
15
0
0
84
0.63
5382526--5382560
11
3.2
11
84
15
54
17
0
0
82
0.66
5382526--5382560
16
2.1
17
94
5
63
17
0
0
82
0.66
5382626--5382684
17
3.8
16
76
17
61
42
6
6
44
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5382626--5382664
17
2.4
17
91
4
62
33
7
7
51
1.59
5382637--5382818
58
3.2
57
90
3
267
44
4
9
40
1.59
5382651--5382883
57
4.1
55
81
11
215
45
6
11
37
1.66
5382631--5382885
115
2.2
115
80
8
281
44
6
10
38
1.65
5382839--5382936
47
2.1
47
84
3
126
48
8
13
29
1.71
5388128--5388160
17
1.9
17
88
11
50
24
18
12
45
1.83
5388313--5388343
2
15.5
2
93
0
53
54
0
0
45
0.99
5394845--5394878
13
2.5
13
95
4
59
17
0
0
82
0.67
5394864--5395034
50
3.3
50
80
11
195
30
5
0
63
1.20
5394944--5395036
7
13.3
7
67
18
52
27
4
1
66
1.17
5395313--5395353
21
2.0
20
85
4
55
26
0
17
56
1.41
5395910--5396186
58
4.7
58
78
12
280
42
5
14
36
1.70
5400531--5400566
12
3.0
12
95
0
63
25
22
16
36
1.94
5400531--5400576
24
1.9
24
81
0
56
28
23
13
34
1.92
5400816--5401081
129
2.1
128
81
5
306
34
18
13
34
1.89
5401138--5401863
109
6.7
109
82
3
757
22
19
18
39
1.93
5401197--5401839
214
3.0
214
83
2
804
23
19
18
38
1.93
5401971--5402238
110
2.4
109
80
4
270
22
20
17
38
1.93
5402247--5402453
110
1.9
110
86
2
299
20
20
13
45
1.85
5402244--5402557
110
2.8
109
79
3
288
19
20
14
45
1.85
5402685--5402770
36
2.4
35
82
7
100
19
18
12
48
1.80
5404581--5404654
30
2.5
30
90
0
121
41
35
1
21
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5408029--5408076
23
2.0
23
84
4
60
35
0
0
64
0.94
5408899--5408933
18
2.0
17
94
5
61
22
5
20
51
1.68
5414548--5414581
12
2.8
13
91
8
54
0
8
0
91
0.43
5414546--5414580
17
2.1
17
89
10
54
0
11
0
88
0.51
5415604--5415653
24
2.1
23
85
10
66
72
2
2
24
1.06
5417284--5417327
23
1.9
23
85
0
61
45
15
6
31
1.73
5417583--5417659
17
4.6
17
81
1
84
35
12
18
33
1.89
5417634--5417687
17
3.1
17
81
2
63
35
7
18
38
1.79
5421903--5421931
12
2.3
13
94
5
51
62
6
0
31
1.22
5423191--5423247
16
3.8
16
79
6
57
68
0
1
29
1.00
5424693--5424795
35
2.9
35
85
5
136
45
15
14
24
1.83
5425125--5425162
20
1.9
20
84
10
51
44
10
2
42
1.52
5431562--5432119
279
2.0
281
91
2
919
30
20
14
34
1.92
5436287--5436322
2
18.0
2
94
0
63
47
0
0
52
1.00
5436718--5436843
50
2.4
54
80
10
163
41
11
0
46
1.46
5436890--5436922
14
2.3
15
94
5
59
42
6
9
42
1.61
5436890--5436929
14
2.7
15
84
7
55
47
5
10
37
1.59
5437075--5437134
18
3.6
18
72
14
58
56
0
0
43
0.99
5437198--5437346
74
2.0
75
85
12
204
42
1
1
54
1.17
5437203--5437567
18
21.8
17
68
23
165
43
0
2
53
1.18
5437186--5437555
13
28.0
13
68
23
145
43
0
2
53
1.18
5438709--5438768
29
2.0
30
81
9
70
40
8
6
45
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5439111--5439143
14
2.3
15
94
5
59
42
6
9
42
1.61
5439111--5439150
14
2.7
15
84
7
55
47
5
10
37
1.59
5439293--5439352
18
3.6
18
72
14
58
56
0
0
43
0.99
5439416--5439564
74
2.0
75
85
12
204
42
1
1
54
1.17
5439421--5439785
18
21.8
17
68
23
165
43
0
2
53
1.18
5439404--5439773
13
28.0
13
68
23
145
43
0
2
53
1.18
5441442--5441471
14
2.1
14
93
0
51
53
3
0
43
1.17
5448887--5448956
33
2.1
33
97
0
131
44
22
5
27
1.75
5451971--5452042
21
3.4
21
76
0
63
33
18
13
34
1.90
5459670--5459713
22
2.0
22
86
0
61
43
9
11
36
1.72
5463376--5463429
24
2.3
23
78
12
56
53
1
42
1
1.22
5463629--5463747
48
2.5
49
74
15
113
42
0
2
54
1.19
5463715--5463756
10
3.8
11
81
9
50
42
0
0
57
0.99
5463912--5463959
6
7.8
6
79
4
51
54
6
0
39
1.26
5469069--5469106
20
1.9
20
88
0
58
26
28
5
39
1.78
5469297--5469322
3
8.7
3
100
0
52
69
0
0
30
0.89
5480726--5480759
13
2.5
14
90
9
61
91
8
0
0
0.43
5480729--5480765
18
2.0
19
89
5
58
89
8
0
2
0.58
5484629--5484703
37
2.0
38
87
5
109
37
10
10
41
1.75
5484717--5484776
12
5.2
12
81
15
65
66
0
0
33
0.92
5484716--5484776
24
2.6
24
84
5
81
67
0
0
32
0.91
5498113--5498172
30
2.0
30
100
0
120
50
23
0
26
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5503389--5503553
44
3.8
41
76
15
129
18
0
29
52
1.45
5503418--5503524
14
7.4
14
75
14
101
15
0
28
56
1.40
5503419--5503572
72
2.2
72
82
10
183
17
0
26
55
1.47
5503840--5503873
16
2.1
16
88
5
50
20
0
2
76
0.92
5503901--5503939
16
2.5
16
87
4
53
25
2
0
71
0.98
5503905--5503948
22
2.0
21
86
4
61
27
6
0
65
1.17
5505116--5505176
30
2.1
28
85
8
79
6
11
4
77
1.12
5505115--5505183
28
2.5
29
78
21
85
8
11
5
73
1.23
5506541--5506581
15
2.6
16
78
17
50
48
0
4
46
1.23
5506698--5506768
26
2.8
25
81
8
90
47
0
2
49
1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402