genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  178  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19414434--19414860	159	2.7	156	76	7	396	23	28	28	19	1.98
19415653--19416278	159	3.9	156	78	7	561	23	32	26	17	1.97
19416288--19416340	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
19416668--19416720	26	2.0	26	96	0	97	32	24	20	22	1.98
19416694--19417194	158	3.2	159	78	4	564	21	28	28	20	1.98
19423735--19423787	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19424073--19424125	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
19424454--19424505	26	2.0	26	92	7	88	30	17	23	28	1.97
19424478--19424923	159	2.8	158	77	8	456	24	30	26	18	1.98
19424487--19424980	158	3.1	157	76	7	521	24	29	26	19	1.98
19424433--19425691	499	2.5	499	83	3	1487	24	28	26	20	1.99
19424637--19426437	860	2.1	842	80	4	1972	24	28	26	20	1.99
19426946--19426978	11	3.0	11	95	0	57	18	33	27	21	1.96
19427074--19427295	120	1.9	120	82	1	284	28	24	27	18	1.98
19427892--19427944	26	2.0	26	92	7	90	28	18	24	28	1.98
19428392--19428444	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
19428734--19428786	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
19430133--19430963	159	5.2	157	74	6	429	23	29	26	20	1.98
19430144--19430970	326	2.6	324	80	5	843	22	29	27	20	1.98
19430944--19430996	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
19431620--19432070	159	2.8	158	78	5	471	24	29	27	17	1.97
19432106--19432158	26	2.0	26	82	7	63	32	20	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19432131--19432555	156	2.7	156	76	7	403	24	31	26	17	1.97
19432604--19432656	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
19433326--19433378	26	2.0	26	85	7	72	32	22	22	22	1.98
19433352--19433854	159	3.2	156	80	6	566	23	32	27	17	1.96
19433828--19433880	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
19435783--19435835	26	2.0	26	86	13	74	30	18	24	26	1.98
19435624--19435994	184	2.0	185	86	3	525	23	29	27	19	1.98
19435808--19436253	159	2.8	158	76	4	445	23	28	27	19	1.98
19442913--19442965	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
19442942--19443375	156	2.8	156	81	6	486	24	29	27	17	1.98
19443414--19443463	26	1.9	26	87	0	73	30	12	28	30	1.92
19444137--19444189	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
19444860--19444912	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19444886--19445388	159	3.2	158	78	6	518	24	30	26	19	1.98
19445362--19445414	26	2.0	26	82	13	65	26	20	24	28	1.99
19446110--19446572	158	2.9	157	80	4	536	22	30	27	19	1.98
19446586--19446638	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19446942--19446994	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
19447498--19447550	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19448685--19448717	11	3.0	11	95	0	57	18	30	27	24	1.98
19449129--19449180	26	2.0	26	92	0	86	26	19	28	25	1.98
19449918--19449970	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19450155--19450575	157	2.7	158	78	4	443	24	28	28	18	1.98
19450155--19450654	159	3.2	158	76	4	504	23	29	28	19	1.98
19451281--19451331	26	2.0	26	84	0	66	25	13	29	31	1.94
19452001--19452053	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19452024--19452367	159	2.2	157	81	10	375	24	29	26	19	1.98
19452341--19452393	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
19452537--19452589	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19452321--19452692	196	1.9	196	85	3	516	22	27	27	22	1.99
19453457--19453954	155	3.2	159	78	8	536	22	28	27	21	1.99
19453456--19453919	158	3.0	155	78	7	404	22	29	28	20	1.98
19453928--19453980	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19452447--19454910	888	2.8	885	85	2	3194	22	29	26	21	1.99
19454817--19454869	26	2.0	26	82	13	65	26	16	24	32	1.97
19455556--19455957	159	2.5	158	78	5	409	24	29	27	18	1.98
19456032--19456084	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
19456749--19456804	26	2.2	26	87	6	78	30	17	19	32	1.95
19456772--19457240	158	3.0	159	79	5	509	22	30	27	19	1.98
19457242--19457292	26	2.0	26	85	7	70	35	13	23	27	1.93
19457944--19457996	26	2.0	26	82	7	63	26	20	28	24	1.99
19458128--19458177	26	1.9	26	87	0	73	26	16	28	30	1.96
19460418--19460470	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
19461151--19461729	156	3.8	155	80	5	622	22	31	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19461142--19461787	153	4.2	154	79	6	587	21	30	28	19	1.97
19461761--19461813	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19461607--19461963	176	2.0	178	89	4	544	22	30	27	19	1.98
19461787--19462262	150	3.2	149	80	11	530	21	31	27	19	1.97
19462236--19462288	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19461300--19462325	475	2.1	481	83	7	1284	21	31	28	18	1.97
19464211--19464264	26	2.1	26	92	0	90	25	20	24	29	1.99
19464011--19464477	249	1.9	249	82	5	586	20	29	28	21	1.98
19464303--19464669	185	2.0	184	82	2	450	24	28	25	21	1.99
19464487--19464988	159	3.2	159	76	5	426	24	29	26	19	1.99
19464962--19465014	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
19465462--19465514	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19472009--19472033	11	2.3	11	100	0	50	8	32	32	28	1.86
19472610--19472662	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19474068--19474120	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19474252--19474303	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
19474457--19474926	159	3.0	158	78	6	436	21	28	29	21	1.98
19474937--19474989	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
19475657--19475709	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19476757--19477259	159	3.2	156	81	5	580	22	31	28	18	1.97
19477956--19478008	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19477982--19478485	159	3.2	158	78	6	527	22	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19478864--19479206	158	2.2	158	80	6	376	24	30	26	18	1.98
19478153--19479471	341	3.7	341	74	12	1025	23	30	27	19	1.98
19479022--19479390	183	2.0	183	82	2	445	24	28	25	20	1.99
19480266--19480318	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
19480903--19481348	158	2.8	157	76	3	446	22	29	29	18	1.97
19483816--19483868	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19488759--19488811	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
19488603--19488969	183	2.0	182	83	3	461	21	26	27	24	1.99
19489126--19489178	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19489152--19489572	159	2.7	157	78	6	433	19	27	31	21	1.97
19489592--19489642	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
19490242--19490819	162	3.6	158	78	6	585	19	28	29	23	1.98
19491513--19491565	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
19491539--19492063	158	3.3	158	78	3	590	18	26	31	23	1.97
19492134--19492161	13	2.2	13	100	0	56	17	53	14	14	1.73
19492198--19492250	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
19492355--19492607	133	1.9	133	80	3	294	20	27	32	20	1.97
19492674--19492726	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19493354--19493406	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19493506--19493763	133	1.9	133	80	3	295	20	28	31	19	1.97
19493830--19493882	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19496056--19496108	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19496117--19496413	159	1.9	158	82	2	380	16	27	33	21	1.95
19498338--19498390	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19498415--19498899	160	3.1	158	74	8	432	21	29	28	21	1.98
19499024--19499075	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
19499928--19499980	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
19499954--19500446	159	3.1	158	74	3	472	20	26	29	24	1.99
19500808--19500860	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19500833--19501324	158	3.1	155	73	8	465	19	27	29	23	1.98
19501306--19501358	26	2.0	26	85	7	72	24	20	20	33	1.97
19507958--19508008	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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