genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  57  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10469733--10469843	26	4.0	26	76	15	98	30	24	19	25	1.98
10468323--10469785	711	2.0	718	80	4	1662	24	26	26	22	2.00
10469770--10469861	32	3.1	32	71	18	106	34	30	15	19	1.93
10469744--10469861	58	2.0	58	95	0	209	33	27	16	22	1.95
10469574--10470045	242	2.0	242	82	2	590	25	27	24	22	2.00
10471112--10471164	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
10472290--10472342	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10472632--10472684	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
10472829--10472880	26	2.0	26	85	3	70	32	21	21	25	1.98
10472853--10473284	159	2.7	159	77	2	357	24	31	26	17	1.97
10473330--10473380	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
10473498--10473884	157	2.4	156	76	6	377	25	28	24	20	1.99
10473998--10474050	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
10474719--10474771	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10474718--10475071	197	1.8	196	85	3	496	26	28	24	20	1.99
10475392--10475469	26	3.0	26	92	0	120	28	19	25	26	1.99
10475418--10475911	184	2.7	182	82	4	580	24	28	28	18	1.98
10476507--10476559	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10476532--10476950	159	2.7	157	77	4	405	24	27	28	19	1.99
10477007--10477056	26	1.9	26	87	0	73	28	22	26	24	1.99
10477190--10477456	138	1.9	138	81	1	320	27	29	27	16	1.97
10477551--10478051	158	3.2	156	75	7	384	23	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10479218--10479270	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
10481628--10481680	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10482326--10482378	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10481972--10482859	381	2.3	381	84	0	1134	25	28	25	20	1.99
10482707--10482759	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
10482953--10483276	158	2.1	159	81	3	368	25	31	25	18	1.98
10483258--10483310	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
10483455--10483507	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10483226--10483581	197	1.8	197	82	2	464	23	26	26	23	2.00
10483484--10483898	159	2.6	159	81	3	431	25	30	26	17	1.97
10483957--10484033	26	3.0	26	96	0	136	25	16	27	29	1.97
10485239--10485291	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
10485041--10485544	197	2.6	195	83	4	579	25	27	25	21	1.99
10485436--10485488	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
10485433--10486508	480	2.2	491	80	7	1213	24	28	26	20	1.99
10485954--10486369	159	2.6	159	80	0	465	22	30	28	18	1.97
10486786--10486838	26	2.0	26	85	7	72	30	20	24	24	1.99
10486627--10486989	184	2.0	184	82	1	440	24	28	25	20	1.99
10487288--10487338	26	2.0	26	92	0	84	31	17	25	25	1.97
10485732--10488088	868	2.7	869	81	4	2625	23	29	26	19	1.98
10487443--10487478	12	3.0	12	95	0	63	8	47	25	19	1.77
10487703--10488083	158	2.4	157	78	5	392	23	30	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10488112--10488190	26	3.0	26	96	0	140	31	20	24	24	1.98
10487678--10488569	460	1.9	460	85	1	1214	26	27	26	19	1.99
10488163--10488564	158	2.5	157	79	7	429	25	27	27	19	1.99
10488639--10488691	26	2.0	26	89	7	81	24	16	30	28	1.97
10489270--10489302	11	3.0	11	90	0	57	15	36	30	18	1.91
10489372--10489424	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10489715--10489767	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
10489398--10491849	713	3.5	702	77	6	2369	23	29	26	20	1.99
10490663--10491261	159	3.7	165	75	11	431	23	29	26	19	1.98
10490957--10491278	171	1.9	171	81	5	373	22	30	27	19	1.98
10491313--10491373	26	2.4	26	86	5	81	31	18	24	26	1.97
10491347--10492020	159	4.2	158	77	7	563	24	29	27	18	1.98
10491887--10491913	13	2.1	13	100	0	54	22	25	44	7	1.79
10491994--10492045	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
10492716--10492768	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10492742--10493318	159	3.6	156	79	5	595	22	29	29	19	1.98
10493912--10493964	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
10494280--10494649	184	2.0	184	85	3	494	23	28	27	20	1.99
10494439--10494491	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10494952--10494980	14	2.1	14	100	0	58	27	37	27	6	1.82
10502497--10502529	11	3.0	11	95	0	57	18	33	27	21	1.96
10502916--10502968	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10503126--10503178	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
10503154--10503565	159	2.6	158	73	6	359	24	28	27	19	1.98
10503628--10503679	26	2.0	26	85	7	70	28	21	25	25	1.99
10503768--10503804	19	1.9	19	100	0	74	10	37	24	27	1.88
10503768--10503812	19	2.4	19	92	0	72	13	37	22	26	1.91
10503842--10503894	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10504594--10504646	26	2.0	26	82	7	63	30	16	22	30	1.96
10504776--10504828	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10505524--10505962	159	2.8	158	78	5	420	24	30	27	17	1.97
10505968--10506020	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10506848--10506899	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
10507891--10507943	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
10507732--10508101	184	2.0	184	89	0	560	24	30	25	19	1.98
10507916--10508280	158	2.3	158	80	4	403	25	31	25	17	1.97
10514979--10515029	26	2.0	26	84	7	68	31	17	19	31	1.95
10515004--10515503	158	3.2	158	73	6	451	23	29	26	19	1.98
10515477--10515529	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10516031--10516083	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
10516500--10516552	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10517024--10517076	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10517736--10517787	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
10519889--10519941	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10519541--10520893	343	3.9	341	82	3	1394	21	29	28	20	1.98
10520232--10520284	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10520073--10520406	184	1.8	184	82	5	433	21	30	28	18	1.97
10520213--10520893	354	1.9	355	81	3	834	22	29	28	20	1.98
10520614--10521050	159	2.8	156	78	8	395	24	29	28	18	1.98
10521075--10521127	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
10520770--10521381	331	1.8	330	81	4	766	23	28	29	19	1.98
10521627--10521998	185	2.0	185	82	5	457	25	29	25	20	1.99
10522290--10522342	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
10522130--10522493	184	2.0	185	81	4	432	25	28	26	19	1.99
10521604--10522918	502	2.6	499	79	5	1382	24	29	27	19	1.98
10522316--10522818	158	3.2	157	76	6	462	24	30	26	19	1.98
10522792--10522844	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10523469--10524070	158	3.8	154	75	5	418	23	30	28	17	1.97
10524102--10524154	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10524458--10524508	26	2.0	26	84	0	66	27	11	27	33	1.92
10525194--10525851	158	4.2	157	81	3	624	22	30	28	19	1.98
10526219--10526576	158	2.3	158	78	4	371	24	29	25	20	1.99
10526219--10526687	158	3.0	158	78	5	356	24	29	26	20	1.99
10530741--10531223	157	3.1	154	72	11	390	24	28	28	19	1.98
10531204--10531256	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
10531771--10532077	159	1.9	158	80	3	348	22	31	28	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10532812--10532864	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10532910--10533339	158	2.7	157	75	8	370	23	30	26	20	1.98
10533313--10533365	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10533472--10533501	12	2.5	12	94	0	51	13	36	20	30	1.90
10540076--10540128	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
10540969--10541021	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10541380--10541948	155	3.6	156	76	5	585	23	30	27	18	1.98
10542396--10542477	18	4.5	19	74	21	68	28	2	1	68	1.10
10542410--10542485	12	6.1	12	68	23	50	23	2	1	72	1.05
10542459--10542515	22	2.6	21	78	10	60	24	7	1	66	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402