genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  190  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20300470--20300522	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
20300850--20300899	26	1.9	26	88	8	75	30	20	26	24	1.98
20300876--20301379	159	3.2	160	76	6	524	23	29	27	20	1.99
20301353--20301405	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
20300660--20301830	514	2.3	505	81	6	1309	23	30	27	19	1.98
20302101--20302154	26	2.1	26	92	0	90	27	20	40	11	1.86
20302748--20302800	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
20303090--20303142	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20303446--20303498	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
20303947--20303999	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
20304373--20304425	26	2.0	26	82	7	63	28	18	26	26	1.98
20304583--20305082	157	3.2	156	74	7	418	26	28	24	20	1.99
20306077--20306129	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
20307129--20307655	157	3.3	157	77	4	486	23	30	26	19	1.98
20307979--20308028	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
20308540--20308591	26	2.0	26	85	7	70	28	17	23	30	1.97
20308564--20309063	159	3.2	159	76	5	492	23	30	26	19	1.98
20315290--20315345	26	2.2	26	83	6	69	25	19	26	28	1.99
20315464--20315964	158	3.2	157	74	8	501	22	30	26	19	1.98
20317199--20317251	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
20317357--20317409	21	2.5	21	96	0	97	18	43	16	20	1.88
20317917--20317972	26	2.2	26	87	6	78	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20317943--20318445	159	3.2	158	77	8	536	23	29	26	20	1.99
20318419--20318471	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
20318774--20318826	26	2.0	26	92	7	90	30	20	18	30	1.97
20317390--20319366	857	2.3	842	83	4	2377	23	28	26	20	1.99
20318800--20319241	158	2.8	157	74	6	392	23	30	26	19	1.98
20319272--20319322	26	2.0	26	92	0	84	25	13	27	33	1.94
20321340--20321392	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
20321366--20321863	159	3.1	158	76	6	416	19	26	29	23	1.98
20322212--20322261	26	1.9	26	87	0	73	30	22	16	32	1.95
20322271--20322737	159	2.9	158	79	5	512	18	27	30	23	1.98
20322709--20322761	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20323432--20323484	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20323458--20323961	158	3.2	158	74	7	376	19	26	29	25	1.99
20323933--20323985	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20324615--20325153	159	3.4	159	76	6	533	19	27	29	23	1.98
20325471--20325520	26	1.9	26	91	0	82	24	26	22	28	1.99
20326138--20326188	26	2.0	26	88	7	77	25	25	19	29	1.99
20326481--20326533	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
20327356--20327703	159	2.2	159	79	7	366	20	26	27	24	1.99
20327677--20327728	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
20327885--20327937	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
20328592--20328644	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20327184--20328646	708	2.1	709	82	3	1753	20	26	28	24	1.99
20329312--20329364	26	2.0	26	85	7	72	28	18	18	33	1.95
20329590--20329640	22	2.3	22	93	0	84	7	31	27	33	1.85
20329598--20329643	22	2.1	22	100	0	92	10	32	21	34	1.88
20330215--20330267	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
20330907--20330959	26	2.0	26	82	13	65	32	26	13	28	1.93
20331371--20331403	11	3.0	11	90	0	57	21	27	33	18	1.96
20332525--20332577	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
20333082--20333134	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
20333151--20333442	159	1.8	158	82	5	374	17	28	31	22	1.96
20334638--20334688	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
20334699--20335159	158	2.9	157	76	5	428	19	26	30	23	1.98
20335137--20335189	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
20335518--20335570	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20335638--20336014	158	2.4	159	78	7	390	16	26	32	24	1.97
20337717--20337773	26	2.2	26	90	6	89	31	21	19	28	1.97
20338415--20338467	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
20338569--20338944	158	2.4	159	78	5	393	17	25	31	25	1.97
20338916--20338968	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
20338663--20339490	353	2.3	353	82	3	984	19	26	30	23	1.98
20340592--20340644	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20341313--20341365	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20341668--20341719	26	2.0	26	85	7	70	28	25	21	25	1.99
20341853--20341904	25	2.1	25	89	7	79	30	21	17	30	1.96
20342543--20343036	158	3.1	158	74	6	444	20	26	29	23	1.99
20343102--20344104	331	2.9	334	79	8	887	19	26	30	23	1.98
20344051--20344103	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20344763--20344815	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20345083--20345460	170	2.3	165	82	5	437	20	27	29	22	1.98
20345619--20345671	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
20346899--20346951	26	2.0	26	88	0	79	28	24	18	28	1.98
20346925--20347291	159	2.3	157	77	8	382	20	26	29	23	1.99
20348206--20348258	26	2.0	26	85	7	72	28	28	15	28	1.96
20349383--20349435	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20349881--20349936	26	2.2	26	87	6	78	30	21	19	28	1.98
20351359--20351863	159	3.2	154	74	8	424	20	25	30	23	1.98
20351832--20351889	26	2.2	26	87	9	82	27	22	20	29	1.99
20352233--20352720	159	3.1	158	76	5	480	20	26	29	23	1.99
20353062--20353114	26	2.0	26	82	13	65	32	22	16	28	1.96
20354029--20354445	159	2.6	157	78	8	430	17	28	30	23	1.97
20354389--20354780	210	1.9	210	82	3	493	22	25	27	25	2.00
20354826--20354878	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
20354888--20355195	159	1.9	157	85	6	426	16	28	32	22	1.96
20356099--20356397	159	1.9	159	80	1	348	19	25	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20356243--20356630	185	2.1	184	82	2	474	21	25	27	25	1.99
20356945--20357023	26	3.0	26	88	3	115	29	27	17	25	1.98
20358250--20358302	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20358981--20359033	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20359007--20359998	159	6.2	158	75	7	748	20	27	29	23	1.98
20359459--20359771	172	1.8	171	86	3	459	21	26	28	23	1.99
20359004--20359998	330	3.1	314	75	8	908	20	26	29	23	1.98
20360692--20361105	159	2.6	156	75	4	409	21	27	30	20	1.98
20361540--20361588	26	1.9	26	95	4	91	26	26	20	26	1.99
20361562--20362063	158	3.2	155	78	6	499	21	26	29	23	1.99
20362139--20362603	171	2.7	170	82	5	519	20	27	28	23	1.99
20361270--20362873	526	3.1	508	74	11	1423	20	26	29	23	1.99
20362602--20363103	158	3.2	156	76	5	517	19	25	29	24	1.98
20363077--20363129	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
20364079--20364914	196	4.3	196	78	6	826	22	25	27	24	1.99
20364509--20364561	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20364693--20364745	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20365070--20365122	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
20365513--20365565	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20368520--20369067	184	3.0	180	79	6	572	22	26	27	24	2.00
20368862--20368914	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
20369022--20369384	158	2.3	159	78	7	389	20	25	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20368167--20369934	678	2.5	693	82	6	1999	20	25	28	24	1.99
20369356--20369408	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20369565--20369617	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
20369908--20369960	26	2.0	26	82	13	65	28	24	18	28	1.98
20370994--20371043	26	1.9	26	87	0	73	24	32	18	26	1.97
20371092--20371524	159	2.7	160	81	6	468	20	27	28	22	1.99
20371569--20371606	15	2.5	15	91	4	58	31	21	34	13	1.91
20370956--20372036	513	2.1	501	80	6	1162	21	27	28	22	1.99
20371618--20372195	159	3.6	158	75	6	560	18	28	28	23	1.98
20373252--20373304	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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