Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  5  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
422402--422428
2
13.5
2
100
0
54
51
0
48
0
1.00
422899--422944
9
5.3
9
82
10
60
80
2
0
17
0.81
422901--422948
17
2.7
18
83
9
71
77
2
0
20
0.88
434759--434910
42
3.5
44
83
3
186
27
12
11
48
1.75
444121--444164
12
3.5
13
87
6
56
52
0
0
47
1.00
444228--444270
19
2.2
19
84
12
52
27
2
4
65
1.25
456548--456576
3
9.7
3
100
0
58
34
31
0
34
1.58
462079--462134
2
28.0
2
89
7
87
50
0
1
48
1.11
462087--462140
26
2.1
26
100
0
108
50
0
3
46
1.19
467835--467883
2
25.0
2
87
4
73
46
0
4
48
1.20
472225--472249
3
8.3
3
100
0
50
32
0
0
68
0.90
473601--473634
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
474891--474915
4
6.2
4
100
0
50
76
0
24
0
0.80
482152--482181
3
10.0
3
100
0
60
66
0
0
33
0.92
487662--487697
6
6.0
6
90
9
56
33
0
0
66
0.92
489575--489620
2
23.5
2
95
4
85
50
0
0
50
1.00
492030--492067
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
506165--506199
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
509353--509741
192
2.0
192
92
1
663
36
15
16
30
1.91
511714--511741
3
9.3
3
100
0
56
35
0
32
32
1.58
517295--517337
17
2.5
17
96
0
77
51
16
13
18
1.77
518188--518260
22
3.5
22
69
19
66
57
0
0
42
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
518196--518238
22
1.9
23
90
4
70
55
0
0
44
0.99
518555--518591
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
519649--519673
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
522785--523324
266
2.0
267
95
0
983
29
18
19
32
1.96
523355--523390
2
18.0
2
100
0
72
0
50
0
50
1.00
525976--526050
37
2.0
37
97
0
141
29
9
21
40
1.84
527770--527820
24
2.1
25
82
13
63
33
0
3
62
1.13
527796--527861
33
2.1
30
83
8
78
50
0
3
46
1.16
527814--527861
17
3.0
17
79
11
57
52
0
2
45
1.12
530225--530327
22
4.8
21
71
8
64
49
4
9
35
1.57
530280--530363
43
2.0
43
85
4
116
48
8
9
33
1.66
530380--530456
22
3.5
21
70
19
59
61
3
3
31
1.32
530370--530472
44
2.3
44
78
6
111
57
2
4
34
1.35
530686--530727
22
1.9
22
90
9
68
47
11
4
35
1.61
531084--531353
22
12.3
22
71
8
95
46
5
10
38
1.60
531080--531177
44
2.2
45
80
8
121
46
3
10
39
1.53
531157--531310
44
3.5
42
73
21
127
47
5
8
38
1.58
531108--531354
89
2.8
88
72
11
211
46
5
9
38
1.61
531544--531664
22
5.5
21
70
14
84
48
7
8
35
1.61
531536--531769
22
10.5
22
68
13
77
47
5
8
38
1.59
531652--531707
26
2.2
26
83
3
69
44
1
14
39
1.55
532070--532129
22
2.8
22
82
12
79
53
10
3
33
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
532081--532202
21
5.8
20
78
8
93
46
6
9
36
1.63
541632--541719
45
2.0
45
83
0
113
37
12
9
40
1.75
542024--542110
42
2.1
42
95
0
156
39
21
5
33
1.77
544051--544079
4
7.2
4
100
0
58
24
51
0
24
1.48
565836--565900
34
1.9
34
81
6
78
38
7
6
47
1.57
568852--568877
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
569588--569659
35
2.1
35
97
0
135
22
15
30
31
1.94
573903--573930
14
2.0
14
100
0
56
14
7
35
42
1.73
578149--578184
2
18.0
2
94
0
63
47
0
2
50
1.15
579936--579973
2
19.0
2
100
0
76
0
50
0
50
1.00
590047--590086
2
20.5
2
84
5
55
52
2
0
45
1.14
594693--594722
9
3.3
9
90
0
51
60
6
0
33
1.23
597235--597273
17
2.3
17
90
0
60
33
12
7
46
1.71
597059--597559
256
1.9
258
86
6
714
33
20
6
40
1.77
597562--597600
11
3.5
11
92
0
60
48
25
0
25
1.51
597842--597908
30
2.2
31
86
2
91
31
20
13
34
1.92
600280--600317
15
2.5
15
80
16
51
55
2
0
42
1.14
600280--600339
32
1.9
30
86
6
84
51
3
0
45
1.17
600734--600781
22
2.1
23
85
14
64
50
6
4
39
1.47
600804--600828
11
2.3
11
100
0
50
76
0
0
24
0.80
601274--601317
12
3.5
12
81
6
52
45
0
2
52
1.13
601431--601474
12
3.8
12
82
14
56
50
4
0
45
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
606871--607102
114
2.0
114
97
0
437
33
18
12
36
1.88
607250--607284
17
2.1
17
100
0
70
17
11
5
65
1.43
609342--609474
63
2.1
63
97
0
248
36
20
8
35
1.83
609503--609549
23
2.0
23
100
0
94
27
12
17
42
1.85
611842--611886
23
2.0
23
100
0
90
42
8
17
31
1.80
617558--617585
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
618783--618814
2
16.0
2
100
0
64
0
50
0
50
1.00
622104--622144
11
3.5
11
86
6
55
43
0
2
53
1.13
626056--626100
22
2.0
22
100
0
90
40
8
17
33
1.81
626376--626420
22
2.0
22
100
0
90
40
8
17
33
1.81
625926--626567
320
2.0
320
100
0
1284
29
12
15
42
1.83
638704--638744
21
1.9
22
85
5
57
19
2
12
65
1.36
639106--639172
27
2.5
27
92
0
116
50
8
0
40
1.34
640005--640031
2
13.5
2
100
0
54
0
48
0
51
1.00
641429--641464
17
2.1
17
100
0
72
27
11
13
47
1.77
643515--643540
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
649072--649101
2
15.0
2
100
0
60
50
0
50
0
1.00
652838--652870
3
11.0
3
100
0
66
33
0
33
33
1.58
663223--663253
2
15.5
2
100
0
62
51
0
48
0
1.00
673692--673741
20
2.6
19
87
12
75
52
0
0
48
1.00
673699--673755
20
3.3
18
73
24
59
50
0
0
49
1.00
673726--673766
8
5.2
8
85
2
57
58
0
0
41
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
673699--673766
16
4.0
18
75
21
58
52
0
0
47
1.00
673730--673780
26
2.0
24
85
7
66
60
0
0
39
0.97
680632--680676
18
2.6
18
82
3
56
20
0
2
77
0.87
680642--680694
27
2.0
26
81
3
61
26
3
5
64
1.33
688649--688683
16
2.2
16
89
0
52
2
25
0
71
1.00
694609--694648
12
3.3
12
89
0
53
62
0
0
37
0.95
698580--698612
15
2.1
16
88
5
50
42
0
0
57
0.98
698658--698708
26
2.0
26
84
7
68
54
0
1
43
1.11
698739--698789
11
4.7
11
78
4
59
52
1
0
45
1.12
698800--698836
19
1.9
19
89
10
58
51
0
0
48
1.00
700832--700860
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
711933--711957
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
719133--719190
22
2.6
22
83
0
71
37
0
1
60
1.07
719150--719184
16
2.1
17
89
5
54
37
0
2
60
1.12
719180--719219
21
1.9
21
94
0
71
50
0
0
50
1.00
727099--727178
42
1.9
42
97
0
151
47
16
10
26
1.77
727099--727188
42
2.1
42
91
4
146
48
16
8
25
1.75
733486--733594
54
2.0
54
94
0
191
55
9
12
22
1.65
737241--737289
24
2.0
25
84
11
66
42
4
6
46
1.47
737176--737638
173
2.7
172
86
3
612
41
9
5
43
1.61
737768--737827
26
2.4
24
78
8
66
48
10
1
40
1.47
737786--737846
25
2.3
26
86
13
90
44
4
3
47
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
738915--738983
11
6.3
11
74
17
63
68
0
1
30
0.99
738937--738981
7
6.6
7
87
5
65
68
0
2
28
1.01
738913--738981
21
3.3
20
78
11
68
69
0
1
28
0.97
739181--739668
44
11.3
43
78
8
429
46
16
11
26
1.80
739201--739668
87
5.4
87
80
6
470
45
16
11
26
1.81
739197--739642
131
3.4
131
81
7
435
45
17
11
26
1.82
749615--749952
184
1.8
185
81
7
427
42
7
4
46
1.52
749987--750018
9
3.6
9
95
0
55
84
0
0
15
0.63
749987--750026
13
2.9
14
85
11
55
82
0
0
17
0.67
750257--750293
19
2.0
18
89
5
56
0
40
0
59
0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402