genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  131  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15993787--15993837	26	2.0	26	96	0	93	27	25	21	25	1.99
15994450--15994501	25	2.0	26	89	10	81	26	26	19	26	1.99
15993575--15994971	675	2.1	667	82	6	1621	19	27	29	23	1.99
15995484--15995534	26	2.0	25	92	3	84	31	17	21	29	1.96
15996357--15996409	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15996419--15996736	171	1.9	168	86	2	456	19	27	31	21	1.97
15996383--15996750	171	2.2	168	82	4	452	21	28	29	20	1.98
15997223--15997275	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15998074--15998442	159	2.3	162	79	6	410	19	27	29	23	1.98
15998414--15998466	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
15998889--15999635	158	4.7	159	75	7	626	18	28	30	23	1.97
15998954--15999634	314	2.2	317	86	1	947	18	27	30	23	1.98
15999708--16000008	159	1.9	158	89	0	467	17	29	28	23	1.97
15999198--16000650	513	2.8	505	78	8	1395	19	27	30	23	1.98
16000213--16000702	159	3.1	158	73	7	445	18	28	31	22	1.97
16000890--16001349	159	2.9	160	78	6	452	18	27	30	23	1.98
15999718--16001348	686	2.4	672	80	5	1640	19	27	29	23	1.98
16001321--16001373	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16002057--16002550	158	3.1	157	75	9	355	21	27	28	22	1.99
16008697--16008749	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16009145--16009198	26	2.1	26	89	6	83	27	22	20	29	1.98
16009739--16010143	158	2.6	159	82	4	460	17	29	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16010252--16010666	158	2.6	159	77	7	389	18	26	28	26	1.98
16010641--16010692	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
16011465--16011896	160	2.7	159	83	3	521	18	27	30	24	1.98
16013933--16013985	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
16013959--16015286	158	8.2	159	69	9	579	20	26	29	23	1.99
16014036--16014642	314	1.9	316	81	2	718	19	26	29	24	1.99
16015152--16015510	195	1.8	196	83	1	479	19	27	29	23	1.99
16016142--16016194	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
16016634--16016686	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16016843--16016895	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
16017283--16017308	11	2.4	11	100	0	52	19	26	34	19	1.95
16018393--16018445	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16018234--16018771	183	2.9	182	82	2	623	20	26	28	23	1.99
16019098--16019150	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
16019150--16019610	158	2.9	157	77	6	378	18	28	31	21	1.97
16019583--16019635	26	2.0	26	85	7	72	28	16	22	32	1.96
16019694--16020003	171	1.8	171	81	4	392	16	25	33	24	1.95
16019183--16020197	524	2.0	511	82	4	1239	19	27	30	23	1.98
16020107--16020159	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16020423--16020474	26	2.0	26	88	0	77	25	23	19	32	1.97
16020669--16020721	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
16021894--16021946	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16021920--16022308	159	2.5	158	76	5	390	21	27	29	21	1.98
16023744--16023796	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
16024467--16024519	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
16025722--16026130	159	2.6	159	78	4	407	18	26	29	25	1.98
16026826--16026878	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
16026852--16027838	158	6.2	157	75	8	776	19	26	30	24	1.98
16026948--16027838	329	2.8	329	80	4	911	19	26	29	25	1.98
16028461--16028513	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16028487--16029659	158	7.2	157	73	10	627	19	26	30	24	1.98
16028963--16029014	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
16028389--16029489	501	2.2	499	82	1	1290	18	27	29	24	1.98
16029360--16029736	170	2.2	170	80	3	400	18	25	33	22	1.97
16029804--16029856	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
16029989--16030038	26	2.0	25	96	4	91	28	22	20	30	1.98
16030921--16031264	185	1.9	184	79	3	395	19	26	30	23	1.98
16031192--16031610	159	2.6	159	77	5	398	18	28	28	24	1.98
16031950--16032002	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16031976--16032477	158	3.2	158	76	5	503	19	28	29	22	1.98
16032451--16032503	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16033201--16034203	159	6.2	160	73	10	649	19	28	30	22	1.98
16033677--16033729	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16033518--16033888	184	2.0	185	88	1	548	19	28	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16033123--16034231	502	2.2	501	85	2	1460	19	27	29	23	1.98
16034178--16034229	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
16034900--16034952	26	2.0	26	82	7	63	28	26	18	26	1.98
16035009--16035454	171	2.6	171	79	4	436	18	26	30	24	1.98
16035515--16035754	119	2.0	119	81	4	279	17	29	28	24	1.97
16035887--16035939	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
16036570--16036622	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16043178--16043230	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
16043350--16043727	158	2.4	158	73	5	350	20	26	28	24	1.99
16043204--16043706	159	3.2	157	71	7	431	20	27	28	23	1.99
16043864--16043916	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
16044178--16044230	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16043846--16044432	325	1.8	314	82	7	752	20	25	29	23	1.99
16044204--16044571	171	2.2	168	80	6	411	21	27	28	21	1.99
16044544--16044596	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
16044567--16045071	158	3.2	157	78	4	512	20	27	29	22	1.99
16045045--16045097	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
16045758--16046264	159	3.2	157	76	5	496	19	27	30	22	1.98
16046238--16046290	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
16046779--16047461	316	2.2	317	87	1	967	18	27	30	23	1.97
16046742--16047460	158	4.5	157	77	6	635	17	28	30	23	1.97
16047522--16048524	159	6.1	159	69	12	558	19	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16047960--16048012	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16047023--16048489	514	2.9	506	79	8	1468	19	27	29	22	1.98
16048652--16048705	26	2.2	24	90	6	81	25	22	22	29	1.99
16046326--16049174	685	4.2	672	74	10	2035	19	27	30	22	1.98
16048671--16049173	159	3.2	157	75	6	386	19	26	31	23	1.98
16049147--16049199	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
16049849--16049901	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
16050723--16050775	26	2.0	26	88	0	79	32	28	13	26	1.93
16050921--16051213	158	1.8	159	81	5	360	21	26	27	24	1.99
16054412--16055064	158	4.1	158	78	4	557	20	26	29	23	1.99
16054412--16055062	316	2.1	316	80	2	727	20	26	29	23	1.98
16055404--16055456	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
16055516--16055928	158	2.6	157	75	7	347	19	27	28	23	1.98
16055902--16055955	26	2.1	26	86	6	74	27	24	22	25	2.00
16056039--16057347	159	8.2	160	74	8	872	20	26	29	23	1.99
16056039--16056856	317	2.6	318	84	2	1002	20	26	29	23	1.99
16056410--16057345	487	1.9	488	82	2	1184	20	26	29	23	1.99
16057319--16057371	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
16057700--16057752	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16058524--16059367	318	2.7	317	79	6	830	20	26	29	23	1.99
16058567--16059385	159	5.2	158	73	7	449	20	26	29	23	1.99
16059845--16059894	26	1.9	26	88	8	75	26	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16061501--16061788	159	1.8	158	81	3	364	15	28	31	23	1.95
16061761--16061813	26	2.0	26	85	7	72	26	26	16	30	1.97
16060967--16061815	354	2.4	350	77	7	869	19	26	29	24	1.98
16062382--16062435	26	2.1	26	86	6	74	29	27	16	25	1.97
16062508--16062563	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
16062892--16062944	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16062918--16063727	158	5.1	157	75	5	615	19	27	29	23	1.98
16062918--16063734	317	2.6	314	82	3	949	19	27	29	23	1.98
16062991--16063734	159	4.7	159	75	6	614	18	27	29	24	1.98
16063710--16063760	26	2.0	26	88	7	77	23	29	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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