genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  163  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18306452--18306504	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
18307172--18307224	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
18307514--18307566	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18307724--18307776	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18308204--18308256	26	2.0	26	85	0	70	22	18	28	30	1.98
18308546--18308598	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18308012--18309038	342	3.0	339	84	4	1269	23	29	26	20	1.99
18308404--18308756	183	1.9	183	81	5	426	24	28	26	20	1.99
18308571--18308913	158	2.2	157	80	5	370	24	30	25	18	1.98
18308887--18308939	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
18309087--18309136	26	1.9	26	88	8	75	32	18	24	26	1.97
18309637--18309689	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
18309477--18309845	185	2.0	185	84	5	478	23	27	26	23	2.00
18309663--18310482	159	5.2	159	75	6	646	23	30	27	19	1.98
18309662--18310472	317	2.6	317	83	1	980	23	30	27	19	1.98
18311214--18311753	159	3.3	159	78	7	387	23	31	27	17	1.97
18311445--18311772	169	1.9	170	88	1	498	22	32	28	16	1.96
18312239--18312536	158	1.9	159	85	0	409	22	30	27	18	1.98
18312705--18312755	26	2.0	26	88	0	75	25	11	27	35	1.91
18319329--18319381	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
18321541--18321593	26	2.0	26	82	7	63	30	22	22	24	1.99
18321567--18322310	159	4.6	159	75	7	558	23	29	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18321566--18322349	316	2.4	322	81	5	854	23	30	27	18	1.98
18322383--18322434	26	2.0	26	92	3	88	28	21	21	28	1.98
18322886--18322936	26	2.0	26	88	0	75	27	9	31	31	1.89
18323590--18323642	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
18323615--18324214	318	1.9	318	79	4	692	23	31	27	17	1.97
18323615--18324278	159	4.2	160	78	5	580	23	30	27	18	1.98
18324254--18324304	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
18324630--18324682	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
18325540--18326128	159	3.7	159	77	6	489	23	30	27	18	1.98
18326579--18327020	159	2.8	158	80	5	471	26	31	25	16	1.97
18327058--18327110	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18327655--18327710	26	2.2	26	83	0	67	28	19	23	28	1.98
18327838--18328227	184	2.1	183	82	0	483	24	25	27	22	2.00
18328550--18328602	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
18329626--18329674	25	1.9	26	87	4	73	30	18	20	30	1.96
18331057--18331109	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
18331400--18331452	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
18332142--18332194	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
18333350--18333399	26	1.9	26	95	0	91	32	20	24	24	1.98
18333559--18333611	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18334057--18334108	26	2.0	25	88	3	77	26	21	25	26	1.99
18334227--18334509	157	1.8	157	81	3	354	25	27	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18334390--18334711	158	2.0	158	80	2	360	22	29	27	21	1.99
18334693--18334744	25	2.0	26	85	3	70	25	15	28	30	1.96
18335323--18335366	22	2.0	22	86	0	61	11	31	36	20	1.88
18335323--18335357	11	3.2	11	95	0	61	8	34	37	20	1.83
18335460--18335804	159	2.2	159	82	5	396	23	28	26	21	1.99
18335778--18335830	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18335619--18336089	196	2.5	192	80	8	545	25	26	25	21	1.99
18336475--18336527	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18336855--18336906	26	2.0	25	89	10	79	28	17	23	30	1.97
18337246--18337298	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
18336692--18337392	196	3.6	195	83	1	796	25	28	25	20	1.99
18338989--18339041	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
18339392--18339850	159	2.9	158	74	4	440	23	30	27	18	1.98
18339867--18339919	26	2.0	26	100	0	106	26	16	26	30	1.97
18340931--18340983	26	2.0	26	92	0	88	22	16	30	30	1.96
18341128--18341180	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
18341280--18341730	158	2.7	167	79	7	440	24	30	26	19	1.98
18342247--18342299	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
18342969--18343020	26	2.0	25	85	10	70	28	17	21	32	1.96
18343004--18343395	158	2.5	158	77	4	378	23	29	28	18	1.98
18343557--18343584	13	2.2	13	100	0	56	28	32	39	0	1.57
18344354--18344406	27	2.0	27	88	0	79	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18344563--18344615	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
18344554--18344951	178	2.2	179	87	4	559	24	27	27	20	1.99
18344741--18344793	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18344934--18345551	159	3.9	158	74	6	510	22	29	27	19	1.98
18344766--18345588	158	5.2	156	74	5	601	23	29	26	20	1.99
18345562--18345617	26	2.2	26	93	0	94	25	19	25	30	1.98
18345416--18345763	183	1.9	184	83	2	459	21	28	28	21	1.99
18345239--18346146	498	1.8	500	82	5	1165	22	28	27	21	1.99
18346739--18346790	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
18347370--18347405	11	3.3	11	92	0	54	13	36	27	22	1.92
18347376--18347413	11	3.5	11	92	0	58	13	28	34	23	1.92
18349554--18349604	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
18349579--18350007	159	2.7	156	73	8	375	25	30	26	17	1.97
18350536--18350588	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18351394--18351446	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18351647--18351681	13	2.7	13	95	0	61	20	22	51	5	1.68
18353523--18353575	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
18353276--18354524	627	2.0	625	84	3	1616	22	30	26	20	1.98
18354334--18354798	159	2.9	159	81	5	493	24	32	26	17	1.97
18355556--18356001	159	2.8	158	79	6	427	24	30	26	18	1.98
18356032--18356083	26	2.0	26	92	0	86	30	19	23	26	1.98
18355942--18356292	184	1.9	184	84	2	463	26	27	24	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18356530--18356582	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
18356910--18356962	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18358314--18358366	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18359380--18359431	26	2.0	26	92	0	86	23	19	30	26	1.98
18359589--18360035	159	2.8	157	80	4	486	21	28	29	19	1.98
18360065--18360122	26	2.2	27	90	3	91	25	20	25	27	1.99
18360789--18360841	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18361541--18361590	26	1.9	26	88	8	75	26	22	28	24	1.99
18361380--18361931	183	3.0	183	79	3	592	26	30	24	19	1.98
18361847--18362248	159	2.5	158	79	5	391	20	30	28	20	1.98
18362590--18362642	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18362062--18362734	368	1.8	368	83	3	906	23	27	29	20	1.98
18363300--18363352	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
18363618--18364010	158	2.5	156	75	6	369	22	29	26	22	1.99
18363984--18364036	26	2.0	26	88	0	79	26	13	28	32	1.93
18364610--18364654	11	4.1	11	88	0	72	20	24	24	31	1.98
18364614--18364663	22	2.3	22	86	6	66	26	20	24	30	1.98
18365045--18365116	26	2.8	25	89	8	108	27	19	26	26	1.99
18365280--18365332	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18365305--18365742	158	2.8	157	77	4	416	24	30	26	18	1.98
18366503--18366555	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
18366871--18366923	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18366897--18367399	159	3.2	158	72	13	440	24	29	25	20	1.99
18368006--18368038	11	3.0	11	95	0	57	18	24	27	30	1.98
18368108--18368160	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
18368305--18368357	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18368331--18368837	158	3.2	157	75	5	502	23	29	26	20	1.98
18368990--18369042	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
18369493--18369545	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
18369308--18369958	355	1.8	354	82	3	844	23	29	26	19	1.98
18370530--18370582	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
18370371--18370925	184	3.0	182	85	2	671	25	28	25	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402