genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  148  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17262359--17262411	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
17262713--17262765	26	2.0	26	88	0	79	35	26	13	24	1.92
17263419--17263471	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17263445--17263944	158	3.2	154	78	7	522	21	28	28	22	1.99
17264664--17265167	158	3.2	158	77	6	534	19	25	30	24	1.98
17265141--17265193	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
17265508--17265560	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
17266254--17267576	158	8.4	155	75	7	1025	19	26	30	22	1.98
17266398--17267523	473	2.4	475	80	5	1177	19	26	30	23	1.98
17267012--17267584	317	1.8	316	86	1	844	20	26	29	23	1.99
17267702--17267754	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17268581--17268633	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
17268614--17269043	159	2.7	158	76	5	398	21	27	28	22	1.99
17270194--17270244	25	2.0	25	88	0	75	29	21	17	31	1.96
17271592--17271642	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
17272092--17272144	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
17272289--17272341	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
17272004--17272540	197	2.7	195	83	4	634	19	27	28	24	1.99
17272485--17272537	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
17279192--17279692	158	3.2	159	76	5	431	18	28	30	21	1.97
17279153--17279823	316	2.1	316	80	4	725	20	27	29	22	1.99
17279797--17279849	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17279823--17280323	159	3.2	157	74	5	481	18	27	30	23	1.98
17280297--17280349	26	2.0	26	92	0	88	24	24	18	32	1.97
17281016--17281069	26	2.1	26	89	0	81	25	25	20	27	1.99
17281124--17281659	158	3.4	154	77	9	470	20	25	29	24	1.99
17281797--17281849	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17281823--17282326	159	3.2	159	76	5	428	19	26	31	22	1.98
17282299--17282351	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17283018--17283070	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17283096--17283387	159	1.8	158	80	3	354	17	25	31	25	1.97
17283044--17283545	158	3.2	156	74	6	449	19	25	30	24	1.98
17284968--17285020	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
17285450--17285812	158	2.3	158	79	7	378	19	24	28	26	1.99
17285785--17285837	26	2.0	26	89	7	81	28	22	16	32	1.96
17285677--17286419	195	3.9	195	76	9	734	21	26	26	24	2.00
17285878--17286571	183	3.7	183	75	10	578	21	26	27	24	1.99
17285635--17286571	378	2.5	377	83	3	1193	21	26	27	24	1.99
17287742--17287793	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
17287767--17288205	159	2.8	156	74	9	412	21	24	29	23	1.99
17288888--17288939	25	2.0	26	92	3	88	36	25	13	25	1.92
17289066--17289416	158	2.2	159	79	5	386	19	27	29	23	1.98
17289388--17289440	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17289597--17289647	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17289943--17289992	26	1.9	26	88	8	75	26	22	18	34	1.96
17290661--17290734	26	2.9	26	87	2	105	28	29	17	24	1.97
17291049--17291101	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17291082--17291576	158	3.1	157	76	5	494	19	27	30	22	1.98
17291550--17291602	26	2.0	26	86	13	74	26	24	20	28	1.99
17292457--17292509	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17293598--17293951	158	2.2	159	80	3	374	21	24	28	26	1.99
17293460--17293951	159	3.1	158	75	4	454	21	25	28	25	1.99
17294313--17294365	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17294470--17294841	157	2.4	158	79	7	407	20	25	29	25	1.99
17294441--17294841	159	2.5	159	78	6	447	19	26	28	25	1.99
17294813--17294865	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17301003--17301072	26	2.7	26	90	0	122	30	21	15	32	1.94
17301411--17301460	26	1.9	26	91	0	82	26	28	18	28	1.98
17301445--17301664	111	2.0	111	84	0	287	18	27	31	23	1.97
17302596--17302648	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
17302622--17303124	159	3.2	154	74	8	438	20	26	29	23	1.99
17302945--17303309	184	2.0	185	86	2	511	19	25	30	24	1.98
17302557--17303654	502	2.2	502	84	1	1416	20	26	29	23	1.99
17303600--17303652	26	2.0	26	82	7	63	24	24	20	30	1.99
17305205--17305257	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17306139--17306191	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17307744--17307795	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
17308437--17308490	27	2.0	26	82	10	65	25	22	22	29	1.99
17309152--17309201	26	1.9	26	91	0	82	30	28	14	28	1.95
17310450--17310502	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
17310952--17311004	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17311148--17311200	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
17311870--17311919	26	1.9	26	91	0	82	30	28	14	28	1.95
17313200--17313250	25	2.0	26	84	3	68	29	29	13	27	1.94
17313697--17313750	26	2.1	26	86	6	74	31	24	18	25	1.97
17314612--17314661	26	1.9	26	95	0	91	32	28	12	28	1.92
17314643--17314980	159	2.1	158	80	6	396	20	27	29	22	1.99
17315278--17315621	158	2.2	157	80	5	397	18	26	31	23	1.98
17316313--17316368	26	2.2	26	96	0	103	30	23	19	26	1.98
17316426--17316844	158	2.6	159	79	4	472	17	29	29	23	1.97
17316816--17316868	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
17316658--17317027	184	2.0	184	85	2	492	20	28	28	22	1.99
17317183--17317234	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
17317269--17317688	159	2.7	158	77	4	375	17	27	31	24	1.97
17317671--17317723	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
17324342--17324838	159	3.1	159	76	9	437	18	27	31	22	1.97
17324439--17324837	159	2.5	158	79	6	459	17	28	31	23	1.97
17324810--17324862	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17325163--17325215	26	2.0	26	88	0	79	35	26	13	24	1.92
17325892--17326394	159	3.2	157	76	8	500	20	28	29	21	1.98
17327116--17327550	161	2.7	159	74	7	400	20	26	30	22	1.98
17327593--17327645	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
17327960--17328012	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17328680--17328732	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17328706--17329524	158	5.2	155	77	6	757	17	27	31	22	1.97
17328706--17329525	317	2.6	313	82	4	993	17	27	31	22	1.97
17329498--17329550	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17329340--17329710	185	2.0	184	85	2	494	19	28	30	22	1.98
17329524--17330026	159	3.2	158	76	5	469	19	28	30	21	1.97
17329996--17330052	26	2.2	26	84	6	80	29	21	17	31	1.96
17329023--17330577	502	3.1	498	86	1	2060	19	27	30	22	1.98
17329842--17330212	185	2.0	184	83	5	464	20	26	29	23	1.99
17330026--17330528	159	3.2	157	77	4	505	19	27	30	22	1.98
17330671--17331402	341	2.1	340	83	2	912	19	27	29	23	1.98
17331161--17331568	159	2.6	159	81	3	480	17	28	29	23	1.97
17331907--17331959	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17332238--17332316	26	3.0	26	90	0	122	27	25	18	27	1.98
17332384--17332795	160	2.6	157	77	5	398	18	27	30	23	1.98
17332767--17332819	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17333556--17334177	159	3.9	157	82	2	672	18	29	31	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17333556--17334177	317	2.0	317	80	3	716	18	29	31	21	1.97
17334150--17334202	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17334271--17334296	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
17334879--17334931	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17335350--17335402	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
17335730--17335782	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17335859--17336402	158	3.4	158	78	8	449	17	27	31	23	1.97
17336375--17336427	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
17336046--17336771	342	2.1	347	80	7	796	19	26	30	23	1.98
17338115--17338167	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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