genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.356.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  356  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32581867--32582358	158	3.1	157	73	10	399	24	29	25	20	1.99
32582691--32582743	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
32582873--32583282	158	2.6	159	78	4	461	24	30	24	20	1.99
32584103--32584155	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
32584488--32584851	159	2.3	158	79	4	385	23	30	26	18	1.98
32584870--32584930	26	2.3	26	80	8	70	29	19	27	22	1.98
32584877--32584925	26	1.9	26	87	4	73	28	20	28	22	1.98
32585253--32585305	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
32585704--32585754	26	2.0	26	84	0	66	27	15	27	29	1.96
32585854--32585901	24	2.0	24	91	0	78	25	45	8	20	1.79
32586094--32586146	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
32586585--32586637	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
32585882--32587764	880	2.1	871	81	3	2206	24	29	26	19	1.99
32588163--32588215	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32589796--32589847	26	2.0	26	96	3	97	28	21	23	26	1.99
32589820--32590251	159	2.7	159	78	4	422	22	28	28	20	1.98
32590786--32590838	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
32591668--32591720	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
32592036--32592088	26	2.0	26	81	0	61	26	13	26	33	1.93
32593283--32593335	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
32594935--32594987	26	2.0	26	85	0	70	32	24	18	24	1.97
32595403--32595455	26	2.0	26	96	0	97	32	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32595951--32596311	159	2.3	159	79	2	393	19	27	29	24	1.98
32597035--32597536	158	3.2	158	76	4	528	20	25	30	23	1.99
32597510--32597562	26	2.0	26	85	7	72	24	20	22	32	1.98
32607005--32607437	159	2.7	158	77	4	370	20	27	29	22	1.98
32607855--32607907	26	2.0	26	85	7	72	28	30	16	24	1.97
32609800--32609852	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32611009--32611086	26	3.0	26	92	1	131	30	25	16	26	1.97
32611200--32611562	159	2.3	159	79	5	367	21	23	28	26	1.99
32611685--32612208	159	3.3	156	73	8	450	20	27	28	23	1.99
32613413--32613465	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32614008--32614330	171	1.9	169	86	3	461	18	26	30	25	1.98
32614598--32614650	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
32615101--32615170	32	2.2	32	100	0	140	18	17	25	38	1.92
32615312--32615364	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
32615659--32615711	26	2.0	26	92	0	88	32	26	16	24	1.97
32615685--32616069	159	2.4	157	75	6	366	20	27	29	22	1.99
32616539--32616589	26	2.0	26	88	0	75	29	29	15	25	1.96
32618127--32618178	26	2.0	26	85	7	70	30	26	15	26	1.96
32617905--32618269	197	1.9	197	81	2	446	20	26	26	25	1.99
32618592--32618624	11	3.0	11	90	0	57	18	24	36	21	1.95
32619387--32619439	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
32619770--32619819	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32620111--32620163	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
32625246--32625738	158	3.1	157	78	6	562	19	28	29	21	1.98
32626446--32626497	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
32627247--32627705	158	2.9	157	77	5	440	19	28	29	22	1.98
32627735--32628202	158	3.0	155	75	7	440	17	27	31	23	1.97
32628177--32628229	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
32627137--32628228	500	2.2	499	83	3	1347	19	26	29	23	1.98
32629212--32629264	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
32630136--32630187	26	2.0	25	88	3	77	26	26	21	25	1.99
32630194--32630495	159	1.9	158	81	2	363	18	26	30	24	1.98
32632810--32632862	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
32633469--32634043	158	3.6	158	78	4	559	18	27	28	24	1.98
32634015--32634066	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
32634723--32634775	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32635918--32635970	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
32637364--32637413	25	2.0	25	96	0	91	30	20	16	34	1.94
32637794--32638263	159	2.9	158	81	6	565	18	27	31	22	1.97
32638235--32638287	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
32638959--32639011	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32639688--32641253	500	3.1	500	85	1	1994	20	26	29	23	1.99
32641018--32641070	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
32641307--32641359	26	2.0	26	81	0	61	32	24	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32641637--32641671	12	2.9	12	100	0	70	34	31	34	0	1.58
32643502--32643791	158	1.8	158	82	2	368	19	26	31	22	1.98
32644659--32645005	170	2.0	171	85	1	464	19	28	29	22	1.98
32645083--32645135	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
32645582--32645634	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
32645989--32646170	89	2.0	89	81	2	213	26	24	28	20	1.99
32646512--32646933	158	2.7	157	78	4	445	21	28	27	23	1.99
32646906--32646958	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
32646802--32647314	197	2.7	196	82	5	575	22	27	27	22	1.99
32647103--32647155	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32648165--32648242	26	3.0	26	88	3	113	28	30	15	25	1.96
32648693--32648745	26	2.0	26	82	7	63	26	20	18	33	1.96
32649059--32649111	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32649178--32649571	159	2.5	158	78	2	405	18	28	29	23	1.97
32649560--32649610	26	2.0	26	84	0	66	27	19	19	33	1.96
32650111--32650163	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32650278--32650330	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
32651160--32651212	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
32651307--32651684	158	2.4	160	78	4	401	20	27	27	24	1.99
32651662--32651729	26	2.7	26	88	2	93	26	26	14	32	1.95
32652544--32652574	8	3.9	8	91	0	53	6	51	25	16	1.68
32652544--32652575	16	2.0	16	100	0	64	6	50	25	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32652572--32652938	159	2.3	159	78	6	373	20	26	29	23	1.99
32652910--32652962	26	2.0	26	92	7	90	30	20	16	32	1.95
32653302--32653806	158	3.2	156	75	8	412	20	26	29	23	1.99
32654497--32654548	26	2.0	26	88	0	77	26	28	19	25	1.98
32654997--32655047	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
32661443--32661495	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
32661970--32662022	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
32662624--32662676	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
32662650--32663019	159	2.3	158	75	4	366	20	26	29	23	1.99
32663125--32663177	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
32663351--32663386	12	2.9	12	91	4	54	13	30	16	38	1.88
32663872--32663920	25	1.9	26	88	12	75	28	26	20	24	1.99
32664209--32664260	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
32664326--32664366	19	2.2	19	95	0	73	29	26	17	26	1.97
32665544--32666202	158	4.2	157	78	4	590	18	25	31	24	1.98
32665544--32666202	316	2.1	315	78	5	684	18	25	31	24	1.98
32666347--32666399	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
32666841--32666896	26	2.2	26	87	6	78	30	23	19	26	1.98
32666954--32667373	160	2.6	159	83	5	517	18	28	29	23	1.98
32667345--32667397	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32667732--32668080	184	1.9	183	83	1	448	21	23	27	27	1.99
32668218--32668270	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32668244--32668745	158	3.2	158	75	4	512	20	27	28	23	1.99
32668719--32668771	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
32669086--32669138	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
32669112--32669600	159	3.1	155	77	6	511	19	28	29	22	1.98
32669584--32669635	26	2.0	26	85	7	70	30	25	13	30	1.94
32669961--32670013	26	2.0	26	82	7	63	32	24	18	24	1.97
32667641--32670505	863	3.3	850	77	9	2686	20	26	28	24	1.99
32670115--32670461	159	2.2	159	83	2	428	21	25	29	23	1.99
32670451--32670503	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
32671160--32671211	26	2.0	26	85	7	70	32	25	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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