genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  177  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19343273--19343642	184	2.0	184	88	1	544	22	28	27	20	1.99
19343457--19343959	158	3.2	156	78	5	492	23	30	27	18	1.98
19343103--19344064	501	1.9	507	83	6	1272	23	30	27	18	1.98
19344655--19344733	26	3.0	26	94	3	133	31	20	21	26	1.98
19345151--19345201	26	2.0	26	92	7	86	27	15	29	27	1.96
19345558--19346002	159	2.8	157	74	7	369	24	29	26	18	1.98
19346031--19346083	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19346651--19346702	26	2.0	26	100	0	104	30	19	23	26	1.98
19347177--19347228	26	2.0	26	88	0	77	28	17	23	30	1.97
19347899--19347951	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19348401--19348452	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
19348781--19348833	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19349282--19349332	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
19349661--19349713	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
19348965--19349787	367	2.3	343	78	12	875	22	29	27	19	1.98
19350420--19350923	159	3.2	156	73	5	431	24	30	26	19	1.98
19350897--19350949	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19350391--19352018	487	3.3	483	81	7	1635	23	29	27	19	1.98
19351396--19351448	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19351422--19351922	159	3.2	157	75	8	462	22	29	27	20	1.98
19352105--19352550	220	2.0	220	90	0	696	28	14	19	37	1.91
19358864--19358916	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19359724--19359776	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
19360469--19360914	159	2.8	158	77	6	420	21	30	28	19	1.98
19360956--19361008	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19360982--19361280	159	1.9	159	82	4	379	22	29	29	18	1.97
19362522--19362574	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19363583--19363635	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19364492--19364543	26	2.0	26	92	0	86	25	17	25	32	1.97
19364676--19364728	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
19364702--19365203	158	3.2	158	75	6	530	23	30	25	20	1.99
19365177--19365229	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
19366045--19366093	25	1.9	26	83	4	64	28	14	28	28	1.95
19366941--19366993	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
19368350--19368931	159	3.6	157	75	9	453	22	29	27	20	1.98
19368355--19369270	158	5.7	156	73	9	628	23	29	26	19	1.98
19369524--19369984	159	2.9	157	74	9	396	24	29	28	18	1.98
19370024--19370076	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
19370219--19370271	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
19370244--19370660	159	2.6	157	79	5	448	23	28	28	18	1.98
19370719--19370770	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
19371112--19371164	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19372334--19372386	26	2.0	26	82	13	65	28	18	22	30	1.98
19372359--19372956	159	3.8	159	73	8	513	22	28	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19372360--19373016	316	2.1	316	82	5	792	22	28	27	21	1.99
19372992--19373042	26	2.0	26	88	0	75	27	15	25	31	1.96
19373714--19373766	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
19374407--19374459	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19374602--19374992	197	2.0	197	82	5	477	26	30	24	18	1.98
19374800--19375095	158	1.9	157	80	4	344	22	31	27	18	1.97
19375098--19375155	25	2.4	24	83	11	66	27	18	24	29	1.98
19375588--19375978	158	2.5	157	73	9	373	24	31	23	20	1.98
19376832--19376884	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19377842--19377894	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19377647--19378013	184	2.0	183	80	3	405	24	26	25	23	2.00
19379011--19379063	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19379392--19379444	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19378830--19380184	355	3.8	357	73	11	907	23	28	26	21	1.99
19379734--19379786	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19380101--19380151	26	2.0	26	92	7	86	29	21	21	27	1.99
19379931--19380315	196	2.0	196	86	1	538	23	28	25	21	1.99
19380774--19380826	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19381532--19381584	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
19381347--19383169	513	3.5	523	73	12	1159	24	28	26	20	1.99
19382412--19382464	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19383086--19383138	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19383112--19383732	168	3.7	170	80	8	582	22	30	27	19	1.98
19383419--19383719	158	1.9	158	85	2	417	23	28	26	20	1.99
19383443--19383951	158	3.2	158	76	4	409	23	29	27	19	1.98
19383925--19383977	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
19384706--19384755	26	1.9	26	83	0	64	28	16	28	28	1.97
19385230--19385306	26	3.0	26	98	0	145	24	19	28	27	1.99
19385636--19385688	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19385662--19386322	159	4.2	157	78	4	621	24	30	26	19	1.98
19386296--19386348	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19386662--19386714	26	2.0	26	89	7	81	28	18	20	32	1.97
19386289--19386978	366	1.9	366	81	5	849	23	28	26	21	1.99
19386491--19386884	196	2.0	196	87	2	569	22	28	26	22	1.99
19386838--19387359	158	3.3	158	78	3	582	22	30	27	19	1.98
19386699--19387359	317	2.0	323	81	6	759	22	30	27	19	1.98
19387333--19387384	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
19387358--19387965	159	3.8	155	74	10	475	22	29	29	19	1.98
19387604--19387921	171	1.9	169	82	3	406	21	29	29	19	1.98
19387847--19388111	146	1.8	146	79	6	313	22	28	29	19	1.98
19388161--19388213	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19388346--19388398	26	2.0	26	85	7	72	30	22	22	24	1.99
19388139--19388480	185	1.8	185	86	2	499	24	29	26	19	1.98
19388382--19388636	137	1.9	137	86	4	372	24	29	29	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19388495--19388851	158	2.3	157	79	5	414	22	30	27	19	1.98
19388825--19388877	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19389290--19389341	26	2.0	26	92	0	86	26	17	25	30	1.97
19389999--19390051	26	2.0	26	92	7	90	28	20	26	24	1.99
19390380--19390432	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19391258--19391310	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19391732--19391784	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
19392455--19392507	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
19392480--19392823	157	2.2	159	81	6	387	22	31	27	19	1.98
19392797--19392849	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19393732--19393782	26	2.0	26	92	7	86	33	19	19	27	1.96
19394236--19394288	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
19394921--19394972	24	2.2	24	100	0	104	21	40	25	13	1.89
19395635--19395686	26	2.0	26	92	0	86	28	19	17	34	1.94
19395661--19396079	159	2.6	157	79	5	387	22	28	30	18	1.97
19396889--19397545	158	4.2	157	79	6	571	21	31	27	18	1.97
19397519--19397574	26	2.2	26	87	6	78	26	16	25	32	1.96
19398060--19398418	157	2.3	156	76	7	352	22	28	27	22	1.99
19397970--19398411	157	2.8	154	74	9	346	20	28	29	21	1.98
19398392--19398444	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
19404959--19405011	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19405300--19405355	26	2.2	26	86	0	76	26	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19405706--19406525	159	5.2	157	70	7	445	25	28	25	20	1.99
19405705--19406525	317	2.6	314	81	3	885	25	28	25	20	1.99
19405971--19406385	158	2.6	158	74	3	404	25	30	23	20	1.98
19406524--19406818	159	1.9	158	83	5	389	24	27	26	21	1.99
19406192--19406933	343	2.1	349	80	7	803	24	27	25	22	2.00
19411080--19411132	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
19411423--19411476	26	2.0	27	89	3	83	24	18	29	27	1.98
19413529--19413584	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
19414028--19414080	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19414407--19414458	26	2.0	26	88	0	77	28	17	17	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402