genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  141  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16701075--16701127	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
16700916--16701286	184	2.0	185	88	1	548	18	26	30	23	1.98
16703546--16703598	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
16703743--16703795	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16703449--16703961	197	2.6	196	88	4	752	19	26	29	24	1.99
16704094--16704146	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
16704795--16704847	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16704491--16705016	196	2.7	196	88	0	768	19	26	29	23	1.98
16705147--16705199	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16706245--16706297	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16706271--16706770	158	3.2	155	73	8	463	20	27	29	23	1.99
16706744--16706796	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
16707097--16707619	159	3.3	156	77	7	396	17	27	30	24	1.97
16707596--16707648	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16708318--16708370	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
16708489--16708850	159	2.3	160	78	8	369	19	28	29	22	1.98
16708823--16708875	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16709165--16709215	26	2.0	26	88	0	75	25	27	17	29	1.98
16708796--16709533	342	2.2	342	82	3	889	20	24	29	25	1.99
16709255--16710191	159	5.8	159	71	12	476	20	25	29	24	1.99
16709666--16709718	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
16709507--16709862	182	1.9	184	81	5	434	22	25	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16709140--16710238	500	2.2	500	82	3	1302	21	25	28	24	1.99
16710165--16710217	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
16710542--16710597	26	2.2	26	90	0	85	33	25	17	23	1.96
16718292--16718341	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
16718845--16718897	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
16719187--16719239	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16719894--16719949	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
16720371--16720423	26	2.0	26	85	0	70	28	18	22	30	1.98
16720752--16720804	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
16721253--16721305	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16721635--16721687	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16722259--16722311	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16722470--16722521	26	2.0	26	92	0	86	32	21	17	28	1.96
16724862--16724914	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16725047--16725099	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16725428--16725480	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16725454--16725830	159	2.4	157	76	9	381	21	26	29	22	1.99
16725219--16726319	525	2.1	525	81	3	1268	21	26	28	23	1.99
16726708--16726760	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
16726892--16726944	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
16726798--16727311	196	2.6	196	87	2	746	18	26	31	24	1.98
16727455--16727502	25	1.9	25	95	0	87	25	31	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16729650--16729700	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
16730357--16730539	26	7.0	26	76	10	169	28	28	19	23	1.98
16730345--16730561	104	2.1	105	95	1	391	27	27	21	23	1.99
16731003--16731052	26	1.9	26	88	8	75	26	20	18	36	1.95
16732616--16732668	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
16732837--16733134	159	1.9	158	80	4	350	17	26	32	23	1.97
16733471--16733523	26	2.0	28	85	7	74	22	26	26	24	2.00
16734329--16734379	26	2.0	26	88	7	77	25	27	17	29	1.98
16735210--16735262	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16735457--16735496	21	1.9	21	89	0	62	25	27	45	2	1.66
16736522--16736573	22	2.4	22	93	3	88	26	17	46	9	1.79
16736648--16736700	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
16736895--16736934	21	1.9	21	89	0	62	25	27	45	2	1.66
16737492--16737958	170	2.7	168	76	9	424	18	26	30	23	1.98
16737939--16737991	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16737966--16738467	159	3.2	157	75	7	420	20	26	29	23	1.99
16738441--16738493	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
16745396--16745448	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16745618--16746445	159	5.1	159	81	4	736	18	29	29	21	1.97
16745618--16746319	317	2.2	317	79	5	765	18	28	31	21	1.97
16746630--16746682	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16747616--16747668	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16748117--16748169	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16746819--16749042	870	2.5	872	82	3	2594	20	27	28	23	1.99
16748575--16749015	159	2.8	158	81	4	485	19	28	28	23	1.98
16748512--16749004	158	3.1	157	77	5	508	20	26	29	23	1.99
16748987--16749039	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
16749131--16749170	16	2.6	16	88	4	55	15	15	40	30	1.87
16749698--16749750	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
16749779--16750078	157	1.9	158	80	4	345	18	27	31	23	1.97
16750061--16750121	26	2.4	26	86	10	83	29	24	18	27	1.98
16750258--16750310	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16749959--16750333	197	1.9	195	82	3	475	20	27	28	23	1.99
16750760--16750811	26	2.0	26	85	7	70	30	23	17	28	1.97
16751227--16751279	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16751253--16751754	158	3.2	156	78	3	513	19	27	30	22	1.98
16751728--16751780	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
16753658--16753710	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16754157--16754208	25	2.0	26	89	10	81	25	25	21	28	1.99
16754877--16754929	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16755366--16755418	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16755745--16755797	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16755771--16756270	157	3.2	156	73	8	456	19	26	30	23	1.98
16756244--16756296	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16756830--16756882	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16757564--16757864	159	1.9	157	82	4	381	17	27	31	23	1.97
16759048--16759100	26	2.0	26	96	0	97	26	16	20	35	1.94
16759261--16759313	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16760340--16760392	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16761206--16761258	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16761675--16761726	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
16760311--16763270	849	3.4	842	78	10	2699	20	26	28	23	1.99
16762055--16762107	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16762590--16762641	26	2.0	25	89	10	79	30	23	17	28	1.97
16762375--16762801	184	2.3	183	81	4	468	21	26	27	24	1.99
16762958--16763010	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16763559--16763610	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
16763938--16763990	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16763964--16764463	159	3.2	158	74	9	378	19	25	31	23	1.98
16764437--16764489	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16764634--16764686	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
16764423--16764885	196	2.4	196	82	6	512	22	24	26	25	2.00
16764381--16764885	197	2.6	194	80	6	545	22	25	25	26	2.00
16764830--16764882	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
16771558--16771610	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16771922--16771974	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16771402--16772131	182	4.0	182	72	16	614	19	27	30	22	1.98
16771948--16772445	157	3.2	156	75	7	519	19	28	29	22	1.98
16772419--16772471	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16778865--16778915	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
16779314--16779366	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
16780017--16780508	158	3.1	155	76	9	476	18	28	30	22	1.97
16780103--16781054	513	1.9	512	81	3	1180	20	27	28	24	1.99
16781694--16781746	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16781727--16782150	159	2.7	159	82	3	451	19	28	29	22	1.98
16781855--16782224	159	2.3	159	81	3	415	18	29	28	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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