genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  266  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25821930--25821982	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
25821955--25822393	159	2.8	157	78	5	452	24	31	27	16	1.96
25825684--25825932	136	1.8	136	83	0	327	24	25	29	19	1.98
25827054--25828205	159	7.1	156	72	10	738	23	29	26	19	1.98
25828556--25828608	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25828899--25828951	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
25829249--25829301	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
25828854--25829695	337	2.4	343	80	7	858	24	29	25	21	1.99
25829604--25829656	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25827871--25829692	711	2.6	698	80	5	1661	23	29	26	20	1.99
25830237--25830275	11	3.5	11	92	0	69	10	20	38	30	1.86
25830302--25830341	17	2.4	17	100	0	80	25	47	22	5	1.71
25830546--25830598	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25830913--25830964	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
25832173--25832225	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25832528--25832578	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
25831976--25832629	353	1.9	354	83	2	857	22	30	27	19	1.98
25833212--25833264	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25833026--25833659	344	1.8	344	84	3	873	24	27	27	20	1.99
25833556--25833608	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
25835864--25835916	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
25837719--25837771	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25838627--25838678	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
25840045--25840097	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
25840525--25840577	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25840893--25840945	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25841642--25842144	159	3.2	159	75	5	372	25	29	26	18	1.98
25842118--25842170	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25842487--25842537	26	2.0	26	88	0	75	27	15	27	29	1.96
25842840--25842892	26	2.0	26	85	7	72	22	16	28	32	1.96
25842068--25842995	354	2.6	354	78	4	939	22	28	26	22	1.99
25842866--25843417	159	3.5	155	79	5	561	23	28	27	20	1.99
25844074--25844523	157	2.8	158	80	4	498	23	30	28	17	1.97
25844904--25844956	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25844234--25845075	355	2.4	343	79	9	981	23	28	27	20	1.99
25844767--25845114	184	1.9	184	82	3	432	22	28	27	21	1.99
25845224--25846197	353	2.7	355	78	6	971	22	28	27	21	1.99
25847377--25847742	159	2.3	159	79	5	364	23	31	27	17	1.97
25847844--25847896	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25848555--25848604	26	1.9	26	84	8	66	26	22	26	26	2.00
25849412--25849464	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25850161--25850609	159	2.8	157	79	6	458	24	29	26	18	1.98
25850999--25851051	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
25851748--25852178	159	2.7	157	82	3	560	22	31	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25852211--25852270	26	2.3	27	85	2	86	23	23	25	28	2.00
25852577--25852629	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
25853325--25853756	159	2.7	157	80	3	492	23	31	27	17	1.97
25854154--25854206	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
25855378--25855427	26	1.9	26	91	0	82	30	18	26	26	1.98
25855730--25855785	26	2.2	26	93	6	96	26	19	25	28	1.99
25855754--25856738	491	2.0	492	90	1	1544	28	17	21	33	1.96
25856943--25856995	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
25856978--25857276	159	1.9	159	81	5	372	24	30	26	19	1.98
25856978--25857327	159	2.2	159	79	7	363	24	29	26	19	1.98
25857445--25857497	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
25857800--25857852	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25857641--25858010	184	2.0	184	84	3	476	22	27	28	21	1.99
25857825--25858327	158	3.2	158	78	3	431	23	29	27	20	1.99
25858301--25858353	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25858652--25858704	26	2.0	26	88	0	79	28	13	28	30	1.94
25858103--25859465	355	3.8	353	77	7	1210	23	29	26	20	1.99
25859375--25859427	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25859874--25859926	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
25860240--25860292	26	2.0	26	88	0	79	22	15	30	32	1.94
25859686--25860708	366	2.8	364	81	2	1124	22	28	26	21	1.99
25862040--25862092	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25862038--25862387	184	1.9	185	82	5	440	24	28	27	20	1.99
25862579--25862631	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25862066--25862735	355	1.9	354	84	4	895	23	30	27	18	1.98
25863075--25863127	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25864115--25864167	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25865326--25865378	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25865694--25865744	26	2.0	26	88	0	75	29	17	23	29	1.97
25865552--25865902	184	1.9	184	84	2	472	23	28	25	21	1.99
25866195--25866247	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25865878--25867035	368	3.3	352	78	7	1108	23	29	27	20	1.99
25866552--25866602	26	2.0	26	96	0	93	29	17	27	25	1.98
25864944--25866652	856	2.0	863	85	2	2299	23	30	26	20	1.98
25865997--25867021	368	2.8	361	80	6	1110	23	29	26	20	1.99
25866918--25866970	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25867823--25867875	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
25868178--25868230	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
25867642--25868302	355	1.9	354	84	3	900	23	30	26	19	1.98
25868926--25869424	159	3.2	155	76	6	391	23	30	25	19	1.98
25869398--25869450	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25869754--25869804	26	2.0	26	92	0	84	25	13	33	27	1.94
25869081--25870246	367	3.3	353	79	8	1138	23	29	26	19	1.98
25870120--25870172	26	2.0	26	85	0	70	26	15	26	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25870830--25870882	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25870855--25871682	316	2.6	320	78	6	782	23	30	26	19	1.98
25871145--25871597	157	2.9	154	73	7	401	22	30	27	18	1.97
25871656--25871708	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25872967--25872992	12	2.2	12	100	0	52	15	34	34	15	1.89
25873046--25873098	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
25873374--25873429	26	2.2	26	84	12	71	28	16	23	32	1.96
25873025--25873667	328	1.9	334	80	3	735	25	27	26	20	1.99
25873742--25873794	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
25873605--25873949	184	1.9	184	82	2	433	23	27	27	21	1.99
25875487--25875539	26	2.0	26	96	0	97	24	13	28	33	1.93
25875866--25875918	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
25875891--25876226	159	2.1	159	78	4	349	20	31	29	19	1.97
25883362--25883699	158	2.1	158	76	6	344	25	30	25	18	1.98
25883680--25883732	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25883488--25884149	353	1.9	354	83	4	879	24	30	25	19	1.98
25885191--25885243	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
25885559--25885611	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
25886216--25886258	21	2.0	21	95	0	77	18	46	9	25	1.79
25886247--25886287	12	3.4	12	96	0	73	17	34	17	31	1.93
25886470--25886522	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
25887154--25887206	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25887524--25887577	26	2.1	26	85	0	72	29	16	24	29	1.97
25886972--25888280	368	3.6	364	79	4	1224	23	28	25	21	1.99
25888060--25888476	159	2.7	155	74	7	394	22	29	28	19	1.98
25888758--25888811	26	2.1	26	82	0	63	25	20	25	27	1.99
25888416--25888844	184	2.3	183	78	2	412	24	27	25	22	1.99
25889124--25889176	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25890428--25890480	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
25890586--25890615	12	2.5	12	100	0	60	6	56	26	10	1.57
25891193--25891682	158	3.1	157	77	4	493	22	30	27	19	1.98
25891656--25891708	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402