genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  210  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21780861--21780913	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21781240--21781291	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
21788600--21789066	158	3.0	159	76	6	464	21	28	29	19	1.98
21789040--21789092	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21788881--21789436	185	3.0	183	82	4	663	22	27	28	21	1.99
21789225--21789277	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
21789250--21789682	159	2.7	156	75	9	401	24	30	26	18	1.98
21789727--21789779	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21790448--21790791	158	2.2	158	80	5	374	23	31	26	18	1.98
21790765--21790815	26	2.0	26	88	0	75	27	19	23	29	1.98
21790962--21791014	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
21790988--21791488	158	3.2	158	73	6	449	22	29	27	20	1.98
21791462--21791514	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
21792341--21792393	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
21793569--21793621	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
21793595--21794095	159	3.2	155	72	8	411	23	29	26	20	1.99
21794069--21794119	26	2.0	26	84	7	68	25	19	25	29	1.99
21794431--21794482	25	2.0	26	89	10	81	30	19	23	26	1.98
21794956--21795323	171	2.2	171	79	6	390	22	29	27	20	1.98
21793472--21797102	867	4.2	865	79	6	3365	23	28	26	21	1.99
21795797--21795849	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21796140--21796192	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796665--21796722	26	2.2	27	87	3	82	25	18	25	29	1.98
21797660--21797712	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21797701--21798052	170	2.1	170	79	7	367	23	29	25	21	1.99
21798368--21798420	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
21798563--21798614	26	2.0	25	89	10	79	28	17	25	28	1.97
21799601--21799655	26	2.1	27	82	3	67	32	18	25	23	1.97
21800320--21800372	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
21800345--21801158	317	2.6	316	84	2	1024	24	28	26	20	1.99
21800346--21801165	159	5.2	158	72	7	584	24	29	26	20	1.99
21801139--21801191	26	2.0	26	92	0	88	30	22	20	26	1.98
21800980--21801470	183	2.7	184	84	1	599	25	29	26	19	1.98
21801677--21801729	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21801520--21801887	184	2.0	184	80	2	416	25	27	25	22	2.00
21801671--21802315	355	1.8	355	84	2	884	24	26	26	21	1.99
21802057--21802459	159	2.5	158	76	9	401	23	27	27	20	1.99
21802530--21802582	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21803896--21803948	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21804239--21804291	26	2.0	26	85	0	70	33	20	20	24	1.97
21804910--21804965	26	2.2	26	87	6	78	28	17	23	30	1.97
21805362--21805414	26	2.0	26	85	0	70	26	18	22	32	1.97
21807574--21807626	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
21808812--21808864	26	2.0	26	89	7	81	32	20	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21808838--21809338	159	3.2	158	75	7	424	23	30	26	19	1.98
21809308--21809363	25	2.3	25	93	3	96	25	21	25	28	1.99
21808995--21809794	342	2.3	342	83	3	939	24	29	26	19	1.98
21809656--21809708	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21810258--21810751	159	3.1	157	76	7	489	22	30	27	19	1.98
21810727--21810777	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
21811447--21811499	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
21811790--21811842	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
21811985--21812037	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
21812011--21812491	158	3.0	156	75	6	477	22	30	26	19	1.98
21813736--21813788	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
21814493--21815645	159	7.1	157	71	11	573	24	30	25	20	1.99
21815623--21815670	25	1.9	25	91	0	78	25	20	29	25	1.99
21816074--21816126	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21816099--21816481	159	2.4	158	76	5	353	26	29	25	18	1.98
21816941--21816993	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21817296--21817348	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
21816377--21817432	355	2.9	351	82	6	1190	22	29	28	19	1.98
21817322--21817818	158	3.1	155	74	6	437	23	30	26	18	1.98
21821156--21821209	26	2.1	26	89	0	81	27	27	20	24	1.99
21822471--21822875	170	2.4	170	77	5	379	21	26	30	20	1.98
21824567--21824619	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21825894--21826310	158	2.6	158	75	4	419	18	25	28	26	1.98
21826282--21826334	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
21826661--21826713	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
21826816--21827191	159	2.4	159	79	4	409	20	26	29	24	1.99
21827161--21827216	26	2.2	26	87	6	78	30	21	17	30	1.96
21827361--21827413	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
21828929--21828979	26	2.0	26	84	7	68	27	23	21	27	1.99
21829303--21829358	26	2.2	26	93	6	96	32	25	16	26	1.96
21831457--21831509	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
21832177--21832229	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
21832899--21832951	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
21833625--21833968	159	2.2	157	79	5	352	20	25	30	23	1.98
21833682--21834156	159	3.0	153	75	7	412	19	26	30	23	1.98
21834272--21834324	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21835404--21835456	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
21835912--21835964	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
21836108--21836160	26	2.0	26	86	13	74	26	26	18	28	1.98
21835817--21836331	196	2.6	196	84	2	649	20	26	28	23	1.99
21836488--21836540	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21836893--21837258	196	1.9	196	82	4	470	20	26	28	24	1.99
21838260--21838312	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
21838286--21838618	158	2.1	158	85	1	436	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21838601--21838670	26	2.7	26	97	0	131	25	25	20	28	1.99
21838443--21838838	210	1.9	210	85	1	542	21	26	27	24	1.99
21838983--21839494	158	3.2	156	74	6	433	18	27	30	23	1.98
21839468--21839520	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21839738--21840205	159	2.9	159	81	4	491	17	25	32	25	1.97
21840341--21840393	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
21840271--21840749	197	2.5	184	78	7	478	20	27	27	24	1.99
21839050--21840895	861	2.1	862	83	4	2308	19	26	30	24	1.98
21840879--21840933	26	2.1	26	86	0	74	34	25	16	23	1.95
21840502--21841250	343	2.2	343	81	2	898	19	26	29	24	1.98
21840907--21841566	158	4.2	157	79	5	666	19	26	30	24	1.98
21841542--21841592	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
21841921--21841973	26	2.0	26	85	7	72	28	28	16	26	1.97
21842104--21842156	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
21841903--21842319	189	2.2	183	85	5	543	19	27	29	24	1.98
21842634--21842685	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
21843641--21843693	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21843262--21844022	356	2.2	341	81	5	862	19	25	29	25	1.98
21844155--21844207	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21844695--21844745	26	2.0	26	92	7	86	27	25	15	31	1.96
21845411--21845463	26	2.0	26	85	7	72	26	26	16	30	1.97
21845480--21845973	157	3.1	154	72	8	420	21	27	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21846082--21846134	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
21846370--21846661	158	1.9	157	81	3	354	19	27	28	24	1.98
21846634--21846686	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21846527--21847591	184	5.7	183	71	12	569	22	27	27	22	1.99
21846989--21847041	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21846255--21847199	342	2.7	340	83	5	1128	20	26	29	23	1.99
21848545--21848597	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
21849693--21849744	26	2.0	26	85	7	70	28	23	19	28	1.98
21850902--21850954	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21851282--21851706	159	2.7	157	73	6	401	19	28	30	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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