genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.323.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  323  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30039124--30040048	513	1.8	500	81	6	1144	19	26	30	23	1.98
30040023--30040072	26	2.0	25	96	4	91	26	22	20	32	1.98
30040671--30040729	26	2.3	26	83	11	70	28	25	18	27	1.98
30041445--30042670	159	7.6	156	72	10	603	19	27	29	24	1.98
30042313--30042669	158	2.3	158	80	3	385	20	25	29	24	1.99
30042643--30042695	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30043409--30043461	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
30043592--30043644	26	2.0	26	96	0	97	26	20	22	30	1.98
30044314--30044366	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
30044435--30044828	159	2.5	160	81	4	442	18	27	30	23	1.98
30045153--30045514	158	2.3	158	79	7	342	19	26	28	25	1.99
30045866--30045921	26	2.2	26	83	6	69	30	21	17	30	1.96
30045895--30046334	159	2.8	156	76	8	431	20	25	30	23	1.98
30045895--30046395	158	3.2	158	74	6	451	20	25	29	24	1.99
30046371--30046421	26	2.0	26	88	0	75	31	31	11	25	1.92
30044729--30046613	882	2.1	880	79	4	1986	20	27	28	23	1.99
30047967--30048019	26	2.0	26	88	0	79	32	28	13	26	1.93
30048137--30048525	158	2.4	158	76	6	401	21	26	29	23	1.99
30048651--30048703	26	2.0	26	81	0	61	26	26	22	24	2.00
30048626--30049737	368	3.1	344	75	14	1047	21	26	28	23	1.99
30048409--30049624	368	3.3	359	76	12	1178	21	26	28	23	1.99
30049409--30050063	159	4.1	160	77	7	426	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30049409--30050063	317	2.1	316	80	5	707	19	26	30	23	1.98
30050731--30050783	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
30056838--30056890	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30057032--30057085	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
30057105--30057557	158	2.9	158	78	8	492	17	27	31	23	1.97
30057531--30057583	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
30058233--30058540	159	1.9	159	79	5	336	20	29	29	20	1.98
30058899--30058949	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
30059445--30059496	20	2.6	20	100	0	104	5	19	21	53	1.65
30060830--30060882	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30061310--30061360	26	2.0	26	96	0	93	29	15	27	27	1.96
30061515--30062079	158	3.6	158	77	2	578	22	29	29	19	1.98
30062679--30062731	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
30062704--30063157	158	2.9	158	79	4	540	24	31	27	16	1.97
30063178--30063231	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
30063316--30063368	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
30070118--30070779	158	4.2	157	75	6	521	23	29	26	21	1.99
30070753--30070805	26	2.0	26	85	0	70	32	18	20	28	1.97
30070505--30071863	368	3.8	354	77	12	1250	23	29	26	20	1.99
30071687--30072178	158	3.1	156	76	8	465	23	28	27	19	1.98
30072162--30072214	26	2.0	26	85	7	72	26	16	28	28	1.97
30073762--30073812	26	2.0	26	88	0	75	25	11	31	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30073237--30074352	501	2.2	501	81	3	1248	24	29	26	20	1.99
30075142--30075194	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
30073662--30075537	881	2.1	873	78	5	2024	22	29	27	20	1.99
30075332--30075753	159	2.7	160	79	4	480	24	30	27	17	1.97
30075814--30075866	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
30076536--30076588	26	2.0	26	86	13	74	30	20	20	28	1.98
30077529--30077959	159	2.7	158	76	7	415	23	27	28	19	1.99
30078153--30078753	159	3.8	155	80	7	633	23	30	27	18	1.98
30079467--30079526	26	2.4	26	83	5	79	28	18	26	26	1.98
30081030--30081082	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
30082775--30082825	26	2.0	26	88	0	75	25	11	29	33	1.91
30082982--30083034	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30083008--30083507	158	3.2	156	79	7	537	22	29	28	20	1.98
30083483--30083533	26	2.0	26	88	0	75	25	11	29	33	1.91
30083691--30083743	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30082477--30084256	709	2.5	707	87	3	2454	23	29	26	20	1.99
30084191--30084243	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30085463--30085816	159	2.2	160	78	5	376	22	32	26	18	1.97
30087583--30087635	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30087652--30088167	158	3.3	159	73	9	453	23	30	27	18	1.97
30088319--30088698	159	2.4	159	72	6	358	23	30	26	20	1.98
30089057--30089503	159	2.8	158	77	4	452	24	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30089544--30089868	175	1.9	175	82	2	420	26	24	27	22	2.00
30090011--30090063	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
30090180--30090232	26	2.0	26	88	0	79	28	18	22	30	1.98
30091401--30091453	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
30091776--30091828	26	2.0	26	96	0	97	30	18	26	24	1.98
30090879--30092472	876	1.8	875	83	2	2108	23	28	27	20	1.99
30091801--30092303	158	3.2	157	77	4	454	22	30	27	19	1.98
30092277--30092328	26	2.0	26	88	3	79	26	21	25	26	1.99
30092989--30093041	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
30093712--30093764	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30094262--30094317	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
30094572--30094876	158	1.9	159	83	3	400	21	30	29	17	1.97
30094923--30094973	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
30093737--30096067	867	2.7	858	81	4	2591	23	28	26	21	1.99
30095154--30095678	159	3.3	159	78	5	506	24	28	25	21	1.99
30095790--30095842	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
30095998--30096049	26	2.0	26	92	7	88	30	15	23	30	1.95
30096900--30096952	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30097585--30097637	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
30096898--30097708	342	2.4	340	81	3	941	24	27	26	21	1.99
30097781--30097851	26	2.7	26	88	0	97	26	18	28	26	1.98
30098555--30099000	158	2.8	157	83	2	518	21	30	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30098555--30099056	158	3.2	158	80	6	428	22	29	28	19	1.98
30099793--30100281	159	3.1	157	78	6	499	23	29	27	19	1.98
30100255--30100310	26	2.2	26	96	0	103	28	19	23	28	1.98
30100636--30101070	159	2.7	159	81	4	500	23	27	28	20	1.99
30101541--30102042	158	3.2	157	75	3	416	23	30	26	19	1.98
30102411--30102461	26	2.0	26	88	7	77	27	17	29	25	1.98
30103473--30103524	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
30103815--30103865	26	2.0	26	88	0	75	25	11	31	31	1.92
30104169--30104219	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
30104364--30104416	26	2.0	26	85	7	72	30	18	26	24	1.98
30103998--30104520	195	2.7	196	82	4	590	23	29	26	20	1.99
30104866--30104918	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30105234--30105284	26	2.0	26	92	0	84	29	13	25	31	1.94
30105274--30105562	159	1.8	159	81	3	366	24	30	25	19	1.98
30105735--30105787	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
30106420--30106472	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
30106616--30106668	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30107670--30107722	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
30107834--30107863	11	2.7	11	89	0	51	16	33	33	16	1.92
30108106--30108158	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30108315--30108817	159	3.2	157	72	5	415	24	29	25	20	1.99
30108791--30108843	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30108097--30109533	673	2.1	672	83	4	1758	23	28	26	20	1.99
30108961--30109389	158	2.7	157	73	10	377	23	30	27	18	1.98
30109465--30109514	26	1.9	26	91	0	82	26	20	26	28	1.99
30110198--30110250	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30110383--30110435	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
30110561--30111009	158	2.8	157	74	6	469	23	29	28	18	1.98
30117350--30117402	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30117375--30118159	158	5.0	158	78	3	718	23	31	27	18	1.97
30118353--30118684	159	2.1	158	86	1	450	21	31	28	18	1.97
30117811--30118782	526	1.8	527	84	0	1318	23	30	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402