genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  244  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24273023--24273075	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24272318--24273549	683	1.8	684	83	3	1636	19	26	29	24	1.99
24273049--24273548	159	3.2	159	77	5	390	19	27	29	23	1.98
24274255--24274306	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
24274434--24274490	26	2.2	26	90	0	87	29	26	15	28	1.96
24274181--24274593	184	2.2	185	84	4	523	19	27	28	25	1.99
24274755--24275123	184	2.0	184	82	4	440	23	26	26	23	2.00
24275245--24275297	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24275271--24275773	159	3.2	157	75	4	483	19	26	30	23	1.98
24275747--24275799	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
24276303--24276355	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
24275578--24276715	556	2.0	556	85	2	1561	20	26	27	25	1.99
24277055--24277102	25	1.9	25	84	16	64	31	29	18	20	1.97
24276477--24277705	354	3.4	353	81	5	1337	21	26	27	23	1.99
24277574--24277936	158	2.3	158	77	6	376	18	25	31	25	1.98
24277909--24277961	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
24278962--24279014	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24279330--24279382	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
24279357--24279858	159	3.2	157	75	5	402	19	27	28	24	1.99
24279832--24279883	26	2.0	26	85	7	70	28	25	17	28	1.97
24280921--24280973	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
24282126--24282178	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24282485--24282534	26	1.9	26	83	0	64	26	26	20	28	1.99
24282092--24283135	356	2.9	352	79	7	1094	19	26	30	23	1.98
24282838--24282890	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24282864--24283365	158	3.2	157	76	6	528	19	26	30	24	1.98
24283339--24283390	26	2.0	26	85	7	70	28	28	17	25	1.97
24284390--24284442	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24284758--24284810	26	2.0	26	88	0	79	22	28	24	24	2.00
24284852--24285299	158	2.8	159	76	8	403	19	26	29	23	1.98
24286136--24286188	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
24286096--24287171	368	2.9	370	81	3	1127	21	26	28	22	1.99
24287500--24287552	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24287670--24287709	16	2.5	16	95	0	71	10	10	50	30	1.69
24288368--24288418	26	2.0	26	92	0	84	29	29	13	27	1.94
24288210--24288560	184	1.9	184	83	4	458	21	26	28	23	1.99
24288583--24288629	21	2.2	21	96	0	85	21	21	44	12	1.85
24288753--24288805	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
24289122--24289172	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
24295309--24295361	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
24295866--24295918	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24295976--24296183	107	1.9	107	83	0	263	16	31	25	26	1.97
24296156--24296208	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
24296182--24296686	159	3.2	158	77	6	504	18	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24297389--24298992	801	2.0	800	91	1	2581	28	22	23	25	2.00
24299428--24299480	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
24300653--24300705	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
24299771--24301772	910	2.2	909	87	2	2930	25	24	24	25	2.00
24301915--24301967	26	2.0	26	85	7	72	33	24	16	24	1.96
24302260--24302312	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24303020--24303070	26	2.0	26	92	0	84	23	29	19	27	1.98
24303606--24303678	33	2.2	33	92	0	119	26	15	41	17	1.89
24304897--24305396	158	3.2	155	76	5	486	19	26	30	23	1.98
24306103--24306155	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
24307332--24307383	25	2.0	26	89	10	81	26	25	21	26	1.99
24307699--24307751	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24307725--24308224	158	3.2	157	71	11	428	19	27	30	23	1.98
24308198--24308249	26	2.0	26	88	7	79	26	26	19	26	1.99
24308887--24309007	59	2.0	60	92	6	203	21	28	24	25	1.99
24309127--24309669	159	3.4	159	78	6	589	19	26	30	23	1.98
24309640--24309692	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
24313293--24313344	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
24313658--24313710	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24313684--24314184	159	3.2	156	75	7	474	19	26	30	23	1.98
24314158--24314210	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00
24314881--24314933	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24315245--24315298	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
24315722--24315774	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
24316426--24316478	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
24316795--24316847	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
24316891--24317364	158	3.0	157	75	6	465	20	28	28	22	1.99
24316891--24317410	159	3.3	157	75	7	442	20	28	28	23	1.99
24317468--24317520	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24316452--24317993	673	2.3	675	81	3	1785	21	27	28	23	1.99
24317494--24317986	158	3.1	158	72	2	468	19	26	30	23	1.98
24320477--24320529	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
24321120--24321172	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
24323367--24323419	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24324603--24324655	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24325555--24325607	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24326307--24326809	159	3.2	153	70	11	379	21	25	28	24	1.99
24327456--24327508	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24327531--24328009	171	2.8	170	77	4	507	19	26	31	23	1.98
24327982--24328031	26	1.9	26	87	0	73	28	28	18	26	1.98
24327406--24328512	526	2.1	518	78	6	1133	20	26	29	23	1.99
24329214--24329266	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24329317--24329745	171	2.5	170	81	2	522	17	28	31	22	1.97
24329739--24329792	26	2.1	26	89	0	81	29	29	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24330107--24330159	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24329511--24330300	368	2.2	355	84	4	983	19	27	30	22	1.98
24330133--24330635	159	3.2	157	77	4	499	19	28	30	22	1.98
24331686--24331738	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
24331583--24332063	183	2.6	184	84	1	633	19	27	29	23	1.98
24331902--24332389	159	3.1	160	76	8	413	19	27	29	23	1.98
24332372--24332423	26	2.0	26	85	7	70	28	25	17	28	1.97
24333093--24333145	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
24333463--24333513	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
24334685--24334737	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
24335051--24335103	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24334610--24335971	710	1.9	705	79	6	1543	21	26	28	24	1.99
24336028--24336587	151	3.6	152	75	8	486	19	28	27	24	1.99
24337601--24337653	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24337161--24338130	366	2.7	354	81	7	1098	20	27	28	23	1.99
24337955--24338007	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
24338137--24338188	26	2.0	26	85	7	70	26	25	21	26	1.99
24337892--24338238	181	1.9	182	85	1	482	22	27	27	21	1.99
24338500--24338551	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
24338685--24338734	26	1.9	26	95	0	91	30	26	16	28	1.96
24338454--24338892	184	2.4	182	85	3	569	20	27	28	24	1.99
24337551--24339237	547	3.1	541	80	7	1735	21	27	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24339050--24339102	26	2.0	26	85	7	72	28	30	16	24	1.97
24339848--24340253	171	2.4	170	82	3	467	21	25	30	23	1.99
24339917--24340325	171	2.4	171	80	3	484	20	24	29	24	1.99
24340639--24340691	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
24341021--24341526	159	3.2	160	77	6	429	19	27	29	23	1.98
24341497--24341549	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
24342586--24342638	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24342923--24342979	26	2.2	26	87	0	87	33	24	17	24	1.96
24343177--24343464	158	1.8	159	81	3	366	17	27	30	23	1.97
24343566--24343592	11	2.5	11	100	0	54	18	25	40	14	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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