genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.382.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  382  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34713820--34713872	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34713846--34714348	159	3.2	159	77	4	532	23	29	27	19	1.98
34714537--34714589	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34715275--34715848	159	3.6	158	75	4	526	25	28	26	19	1.99
34715274--34715850	317	1.8	318	84	1	791	25	28	26	19	1.99
34716633--34716685	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34717171--34717475	159	1.9	158	81	3	371	22	33	28	15	1.95
34718179--34718231	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
34718205--34718568	158	2.3	159	80	5	396	25	30	25	18	1.98
34719060--34719112	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34720288--34720651	184	2.0	184	85	2	489	25	28	25	20	1.99
34720925--34720977	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
34721565--34721875	158	2.0	158	80	2	356	22	30	27	18	1.98
34722079--34722131	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34721792--34722353	197	2.9	197	80	7	575	23	27	28	20	1.99
34722023--34722472	184	2.5	183	77	6	453	23	27	26	22	2.00
34722455--34722750	159	1.9	158	80	3	353	23	29	27	19	1.98
34722763--34722815	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
34723142--34723195	26	2.1	26	86	6	74	31	18	22	27	1.97
34723612--34723664	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
34724250--34724302	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34725356--34726171	158	5.2	159	76	5	699	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34725428--34726171	315	2.4	313	85	2	968	22	30	27	19	1.98
34725355--34726171	316	2.6	314	84	2	1021	23	29	27	19	1.98
34726145--34726197	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34726315--34726611	159	1.9	159	79	4	339	23	29	27	19	1.98
34727380--34727432	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
34727564--34728348	341	2.3	343	79	2	842	24	28	27	20	1.99
34728464--34728914	159	2.9	156	77	6	460	23	30	27	18	1.98
34728939--34728990	25	2.0	26	85	10	72	23	17	28	30	1.97
34729281--34729358	26	3.0	26	92	5	124	29	16	24	29	1.97
34729836--34729890	26	2.1	27	86	3	76	30	18	29	21	1.97
34730393--34731173	159	4.9	158	72	8	478	23	29	27	20	1.99
34730393--34731173	317	2.5	316	80	3	874	23	29	27	20	1.99
34731897--34732381	159	3.1	157	77	7	466	23	30	27	18	1.98
34732723--34732774	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
34733444--34733496	26	2.0	26	85	0	70	33	18	22	24	1.97
34733469--34733971	158	3.2	158	76	8	441	23	30	27	19	1.98
34733945--34733997	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
34734034--34734061	13	2.2	13	100	0	56	14	25	53	7	1.66
34734312--34734364	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
34735849--34735901	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34735999--34736301	159	1.9	159	84	2	403	23	30	28	17	1.97
34736348--34736400	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
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34737097--34737540	159	2.8	156	75	8	371	25	30	27	16	1.97
34739692--34739742	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
34739717--34740178	159	2.9	158	76	5	414	24	31	25	18	1.98
34740914--34740966	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
34741097--34741148	25	2.0	26	96	3	97	28	21	23	26	1.99
34742146--34742198	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34744847--34745297	157	2.8	153	75	7	463	20	27	30	21	1.98
34746035--34746085	25	2.0	25	92	0	84	29	25	19	25	1.99
34746382--34746434	26	2.0	26	96	0	97	30	24	15	30	1.95
34748933--34748986	26	2.1	26	86	6	74	31	18	22	27	1.97
34749065--34749429	159	2.3	158	76	7	353	24	28	25	21	1.99
34749403--34749455	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
34750040--34750092	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34751145--34751960	316	2.6	316	85	1	1093	23	30	27	18	1.98
34751146--34751960	158	5.2	157	75	5	676	23	30	27	18	1.98
34751934--34751986	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34753170--34753222	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
34754337--34754639	159	1.9	157	80	7	355	25	31	25	17	1.97
34754675--34754726	25	2.0	26	85	10	72	23	17	28	30	1.97
34755017--34755096	26	3.0	26	85	5	99	28	16	25	30	1.96
34755583--34755632	26	1.9	26	87	0	73	30	18	28	24	1.97
34756144--34756924	159	4.9	156	74	9	560	22	29	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34756158--34756924	317	2.4	317	81	4	890	22	29	28	19	1.98
34757638--34758102	159	2.9	158	77	5	395	23	30	26	18	1.97
34758474--34758526	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
34759195--34759247	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34759220--34759722	158	3.2	158	76	6	419	24	29	26	19	1.98
34759696--34759748	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
34760063--34760115	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
34761598--34761650	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
34761624--34762037	159	2.6	157	78	3	402	25	29	27	17	1.98
34763566--34763615	26	2.0	25	92	4	82	36	20	18	26	1.95
34763899--34763958	26	2.3	26	83	8	79	26	23	25	25	2.00
34764999--34765379	158	2.4	158	78	3	399	25	29	25	19	1.98
34764999--34765460	159	2.9	158	76	5	432	24	30	25	19	1.98
34766327--34766379	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
34767377--34767429	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34768597--34768649	26	2.0	26	85	0	70	28	22	24	24	2.00
34768964--34769016	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
34770050--34770602	158	3.5	158	77	6	584	19	28	29	23	1.98
34772086--34772135	26	1.9	26	88	8	75	30	22	16	32	1.95
34772463--34772515	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
34772360--34772785	183	2.3	183	81	6	493	22	25	27	24	2.00
34772646--34772698	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34772977--34773503	158	3.3	156	73	7	463	21	26	28	23	1.99
34774640--34774690	22	2.4	22	80	9	61	23	25	33	17	1.96
34779672--34779724	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
34780040--34780118	26	3.0	26	92	0	131	27	27	18	25	1.98
34780394--34780922	158	3.4	157	73	8	473	20	26	29	23	1.99
34780357--34780796	159	2.8	157	72	8	386	20	25	30	23	1.99
34780896--34780948	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
34781783--34781835	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
34783009--34783061	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34783359--34783411	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
34783341--34785259	527	3.7	523	78	8	1617	20	26	28	24	1.99
34784899--34784951	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
34785402--34785452	26	2.0	26	84	7	68	33	23	11	31	1.91
34786442--34786494	26	2.0	26	86	13	74	28	22	22	26	1.99
34787179--34787231	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34793075--34793124	26	1.9	26	91	0	82	24	18	22	36	1.95
34793081--34793133	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
34794504--34794556	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34794873--34794925	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34794090--34795230	356	3.3	341	75	10	885	21	28	27	23	1.99
34795786--34795838	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
34795992--34796299	159	1.9	158	88	1	465	21	31	29	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34796312--34796364	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
34797034--34797112	26	3.0	26	88	3	115	30	20	22	26	1.98
34797095--34797395	159	1.9	158	79	5	338	22	30	28	18	1.97
34797562--34797617	26	2.2	26	86	0	76	28	17	23	30	1.97
34798075--34798417	179	1.9	179	87	0	497	22	27	27	22	1.99
34798609--34798661	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34799285--34799337	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
34800529--34801032	159	3.2	158	76	5	435	24	29	26	18	1.98
34801006--34801058	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
34800846--34801400	184	3.0	184	80	5	611	23	29	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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