genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  232  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23423728--23423780	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
23423411--23424205	355	2.2	348	82	8	885	22	29	27	20	1.99
23424095--23424147	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23424491--23424543	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23424054--23424835	399	2.0	396	88	1	1161	21	31	26	20	1.98
23424517--23425297	158	4.9	157	73	8	572	22	30	26	19	1.98
23424516--23425299	317	2.4	324	83	5	964	22	30	27	19	1.98
23425333--23425385	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23425801--23425853	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23426522--23426573	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
23426865--23426915	26	2.0	26	88	0	75	25	19	27	27	1.99
23428947--23428999	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
23429663--23429718	26	2.2	26	87	6	78	30	23	16	30	1.96
23430166--23430218	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
23430545--23430597	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23430645--23430933	158	1.8	158	81	5	361	20	26	28	24	1.99
23431419--23431474	26	2.2	26	90	0	85	30	26	16	26	1.96
23431484--23431789	159	1.9	157	80	3	353	19	28	29	22	1.98
23429655--23431793	877	2.4	879	83	3	2748	22	26	27	23	1.99
23432405--23432454	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
23434306--23434358	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23434332--23434664	158	2.1	158	81	5	370	19	24	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23435028--23435080	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23435261--23435555	159	1.9	159	81	4	362	20	25	29	24	1.99
23435530--23435590	26	2.4	25	86	10	81	27	22	21	27	1.99
23435826--23436283	159	2.9	158	75	6	433	19	27	29	23	1.98
23435753--23436246	158	3.1	157	74	6	460	20	26	29	23	1.99
23436399--23436451	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
23437360--23437412	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23437557--23437609	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23437991--23438043	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
23438188--23438238	26	2.0	26	92	7	86	27	27	15	29	1.96
23437948--23438408	196	2.4	196	84	2	597	20	24	29	24	1.99
23438567--23438619	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23438593--23438986	159	2.5	157	76	7	368	23	25	28	21	1.99
23439075--23439146	26	2.8	26	93	4	119	27	20	18	33	1.96
23439182--23439882	184	3.7	185	78	7	662	20	26	28	23	1.99
23439368--23439869	197	2.6	196	79	6	485	19	26	29	23	1.98
23439101--23439882	381	2.1	380	84	2	1005	20	26	28	24	1.99
23440668--23440720	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
23440694--23441026	158	2.1	157	84	1	416	20	24	29	25	1.99
23441009--23441104	26	3.7	26	95	0	165	27	25	18	29	1.98
23441523--23441929	158	2.6	159	77	1	406	17	27	30	24	1.98
23441902--23441954	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23442143--23442802	159	4.1	159	80	6	615	18	25	32	23	1.97
23442775--23442827	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
23442613--23443183	197	3.0	185	77	9	533	20	26	29	23	1.99
23441491--23443341	861	2.1	861	84	4	2374	19	27	30	23	1.98
23443827--23443880	26	2.1	26	89	6	83	25	25	20	27	1.99
23443540--23444442	367	2.5	368	81	2	992	20	27	29	23	1.98
23444698--23444750	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23444906--23444957	26	2.0	26	88	0	77	30	26	17	25	1.97
23445249--23445299	26	2.0	26	92	0	84	31	21	17	29	1.96
23445369--23445395	11	2.5	11	100	0	54	18	29	33	18	1.95
23445980--23446032	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
23446336--23446387	26	2.0	26	88	0	77	26	26	17	28	1.97
23446361--23446734	157	2.4	158	81	5	425	18	25	33	22	1.96
23447413--23448051	326	2.0	326	90	0	1010	32	23	15	28	1.95
23448234--23448286	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23448257--23448605	159	2.2	157	80	5	380	20	27	28	23	1.99
23448581--23448630	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
23449307--23449356	26	1.9	26	91	0	82	24	32	18	26	1.97
23449333--23449833	158	3.2	155	77	8	501	20	27	28	22	1.99
23449807--23449859	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23450650--23450702	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
23449256--23451659	843	2.8	837	79	9	2538	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23451113--23451533	159	2.7	159	80	5	478	17	27	31	23	1.97
23451715--23451767	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23451900--23451951	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
23452250--23452302	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
23452967--23453466	158	3.2	157	77	5	524	19	26	30	23	1.98
23453440--23453492	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23453675--23453978	164	1.8	166	82	5	391	18	26	31	23	1.97
23452913--23454220	523	2.5	511	81	6	1495	19	26	30	23	1.98
23454342--23454394	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23454507--23454871	159	2.3	159	81	5	414	17	27	31	23	1.97
23454843--23454895	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
23454690--23455041	184	1.9	185	85	2	494	18	27	30	23	1.97
23455186--23455238	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
23456384--23456441	26	2.2	26	84	3	71	27	17	22	32	1.96
23456597--23456649	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23457839--23457880	21	2.0	21	90	0	66	14	23	45	16	1.84
23457899--23458980	159	6.8	158	74	6	628	18	27	29	23	1.98
23458146--23458989	159	5.3	159	75	8	649	19	26	29	24	1.98
23458988--23460795	158	11.2	157	72	9	832	19	26	29	23	1.98
23458988--23460801	317	5.6	313	77	7	1644	19	26	29	23	1.98
23460031--23460798	159	4.8	160	76	6	666	19	26	30	23	1.98
23461048--23461469	159	2.7	159	77	2	382	18	28	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23462172--23462224	26	2.0	26	92	0	88	32	28	16	22	1.96
23462198--23462564	157	2.3	156	77	7	382	21	26	29	22	1.99
23463941--23463994	26	2.1	26	93	6	92	25	25	20	27	1.99
23464650--23464702	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
23464731--23465334	158	3.8	156	81	4	624	19	27	30	23	1.98
23464731--23465334	316	1.9	315	81	3	741	19	27	30	23	1.98
23465307--23465359	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23465687--23465738	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
23466653--23466704	26	2.0	26	84	0	68	26	23	19	30	1.98
23467374--23467425	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
23467452--23467900	158	2.8	158	77	7	446	18	27	30	23	1.98
23467874--23467926	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
23468593--23468648	26	2.2	26	90	6	87	30	17	17	33	1.94
23469313--23469364	26	2.0	26	88	7	79	26	25	19	28	1.98
23469813--23469865	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
23469996--23470047	26	2.0	26	85	7	70	30	23	15	30	1.95
23469655--23470206	184	3.0	183	75	8	546	21	25	28	25	1.99
23470496--23470548	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23471219--23471269	26	2.0	26	84	0	66	27	25	17	29	1.98
23471718--23471770	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
23471689--23472109	183	2.3	182	80	7	453	19	25	28	25	1.99
23471932--23472425	159	3.1	155	75	6	458	18	25	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23472296--23473014	196	3.7	195	86	2	843	21	26	28	24	1.99
23472792--23472842	26	2.0	26	88	0	75	25	25	15	33	1.95
23473114--23473166	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
23473226--23473642	158	2.6	159	76	7	382	18	27	28	25	1.98
23473615--23473666	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
23473820--23473869	26	2.0	24	88	7	73	30	24	12	34	1.91
23474155--23474202	25	1.9	25	91	8	80	27	25	16	31	1.97
23478933--23479043	51	2.2	51	96	0	204	18	29	18	32	1.96
23480348--23480400	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
23480822--23480874	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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