genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  175  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19194051--19194103	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19194552--19194603	26	2.0	26	88	3	79	25	19	26	28	1.98
19194931--19194983	26	2.0	26	92	0	88	32	18	24	24	1.97
19195059--19195157	46	2.2	46	88	0	144	10	44	22	23	1.83
19195100--19195500	157	2.6	156	76	6	432	20	30	28	20	1.97
19195474--19195526	26	2.0	26	85	0	70	26	15	30	28	1.96
19196877--19196929	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
19196883--19196936	26	2.0	26	85	3	72	24	22	25	27	2.00
19197600--19198288	346	2.0	341	78	6	712	23	29	27	19	1.98
19197941--19198464	157	3.3	162	79	7	490	25	31	25	18	1.98
19198577--19198627	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
19199677--19200179	158	3.2	158	75	1	450	25	30	25	18	1.98
19200153--19200205	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
19200748--19200800	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
19200747--19201036	153	1.9	154	84	6	392	25	24	28	22	1.99
19201418--19202069	159	4.1	159	73	7	495	22	29	27	20	1.98
19201337--19202069	317	2.3	317	82	3	877	22	30	27	20	1.98
19202565--19202872	171	1.8	171	82	4	406	22	31	27	18	1.97
19202921--19202971	26	2.0	26	88	7	77	31	11	25	31	1.92
19202763--19203126	184	2.0	184	83	3	455	23	27	26	22	1.99
19203421--19203473	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19204316--19204368	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19204131--19204723	184	3.2	183	77	10	611	24	27	25	23	2.00
19205009--19205061	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
19205892--19205944	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19206988--19207886	159	5.5	158	68	13	374	23	29	26	19	1.98
19207692--19208673	158	6.1	159	70	12	497	22	30	27	19	1.98
19206917--19208576	656	2.5	654	81	4	1915	23	29	27	19	1.98
19208854--19208906	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
19209037--19209089	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
19209925--19209977	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
19210906--19210956	25	2.0	25	84	3	66	25	17	29	27	1.98
19210835--19211583	196	3.8	196	82	3	855	24	27	26	21	1.99
19211298--19211350	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
19210835--19211583	393	1.9	393	83	2	966	24	27	26	21	1.99
19211495--19211547	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
19212949--19213379	159	2.7	157	79	4	463	25	29	26	18	1.98
19213461--19213861	158	2.5	158	78	6	411	24	27	27	20	1.99
19214990--19215042	26	2.0	26	89	7	81	33	16	22	26	1.96
19215512--19215564	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
19215537--19216004	157	3.0	158	75	7	457	23	29	27	19	1.98
19216317--19216685	159	2.3	159	81	5	415	25	28	25	20	1.99
19217700--19217752	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
19218081--19218133	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19218107--19218608	158	3.2	157	75	6	494	22	28	26	22	1.99
19218582--19218634	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19219569--19219621	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
19225452--19225502	26	2.0	26	92	0	84	33	19	21	25	1.97
19226317--19226369	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
19226121--19227086	499	1.9	507	79	6	1084	23	28	27	20	1.99
19228039--19228091	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
19228330--19228382	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
19228527--19228579	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
19229026--19229078	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19229248--19229585	154	2.2	154	80	7	362	23	28	28	19	1.98
19229560--19229612	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19229220--19229940	354	2.1	338	82	6	838	24	28	26	20	1.99
19230229--19230281	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19230608--19230660	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19232506--19232801	159	1.9	159	82	4	373	26	29	25	18	1.98
19232862--19233289	159	2.7	157	74	7	414	23	30	27	18	1.97
19234072--19234125	26	2.1	25	93	3	90	35	18	16	29	1.93
19235347--19235399	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
19236206--19236540	158	2.1	159	81	4	383	21	28	29	19	1.98
19236517--19236566	26	1.9	26	87	0	73	28	16	30	26	1.96
19237248--19237324	26	3.0	26	94	1	138	31	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19238106--19238164	26	2.3	26	80	5	68	23	15	30	30	1.95
19238846--19238922	26	3.0	26	94	1	138	31	18	22	28	1.97
19238880--19239567	355	1.9	354	78	4	726	24	30	25	20	1.98
19240034--19240092	26	2.3	26	80	5	68	23	15	30	30	1.95
19240766--19240818	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
19241108--19241157	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
19241305--19241356	25	2.0	26	85	10	72	30	21	21	26	1.98
19241806--19241859	26	2.1	26	92	0	90	27	22	25	24	2.00
19242183--19242235	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19242367--19242419	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
19243091--19243143	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19243433--19243485	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
19244169--19244221	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19245253--19245320	26	2.6	26	90	0	100	33	17	19	29	1.95
19245611--19245663	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
19246347--19246398	26	2.0	25	92	3	86	26	21	25	26	1.99
19246522--19246572	26	2.0	26	92	7	86	31	15	25	27	1.96
19246204--19246669	175	2.7	169	81	4	531	25	28	26	19	1.99
19246813--19246865	26	2.0	26	85	7	72	24	16	26	32	1.97
19246987--19247442	158	2.9	158	78	8	434	21	29	28	19	1.98
19247677--19247729	26	2.0	26	85	7	72	32	15	24	28	1.95
19247712--19248001	157	1.8	157	80	4	343	24	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19248175--19248227	26	2.0	26	81	0	61	26	20	24	28	1.99
19247019--19248403	708	2.0	691	79	7	1470	23	28	27	20	1.99
19248582--19248943	158	2.3	155	77	9	358	25	29	25	19	1.99
19248582--19248984	159	2.5	156	75	7	377	24	28	28	18	1.98
19249253--19249305	26	2.0	26	89	7	81	33	18	18	28	1.95
19250280--19250332	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
19250623--19250675	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
19251329--19251381	26	2.0	26	82	13	65	28	18	22	30	1.98
19250665--19251773	512	2.2	512	84	2	1390	22	29	27	20	1.99
19251825--19251880	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
19252230--19252578	159	2.2	159	80	5	400	22	30	25	20	1.98
19252889--19252941	26	2.0	26	85	7	72	32	15	24	28	1.95
19253771--19253823	26	2.0	26	86	13	74	30	15	24	30	1.95
19253797--19254298	158	3.2	157	75	11	450	23	28	27	20	1.99
19254272--19254324	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
19254469--19254521	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
19253769--19255050	698	1.8	702	81	5	1626	24	27	26	21	1.99
19256030--19256082	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
19257248--19257299	25	2.0	26	89	10	81	28	21	23	26	1.99
19257950--19258002	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19257976--19258316	157	2.2	157	82	5	395	22	30	27	19	1.98
19258290--19258342	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19258500--19258552	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
19257949--19259331	547	2.5	548	80	5	1556	23	28	27	20	1.99
19259072--19259535	159	2.9	158	82	5	519	20	31	29	19	1.97
19259549--19259601	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19260087--19260532	159	2.8	157	78	5	468	23	30	27	17	1.97
19260562--19260614	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19261626--19261676	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
19261292--19262045	342	2.2	343	81	7	853	22	28	27	21	1.99
19261980--19262032	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
19261882--19262265	207	1.8	208	85	2	547	22	27	26	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402