genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.348.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31927881--31927959	26	3.0	26	81	3	97	30	26	17	25	1.97
31927933--31928430	158	3.2	156	78	6	524	18	27	30	22	1.98
31928404--31928456	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
31929123--31929175	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
31936919--31937580	158	4.2	156	73	12	499	19	28	29	22	1.98
31937553--31937605	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31937994--31938025	11	2.6	13	85	14	50	53	9	0	37	1.34
31938264--31938316	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31938290--31938721	159	2.7	158	77	3	384	19	27	31	21	1.98
31938290--31938791	158	3.2	157	76	3	506	19	26	30	23	1.98
31938766--31938844	26	3.0	26	87	7	124	25	24	21	29	1.99
31938604--31939001	211	1.9	210	82	5	500	19	25	29	25	1.99
31938445--31939160	368	1.9	369	84	3	940	19	26	29	24	1.99
31938827--31939198	157	2.4	157	76	7	369	19	26	29	23	1.98
31939318--31939369	26	2.0	26	84	0	68	34	25	17	23	1.96
31939272--31940350	502	2.1	502	79	3	1172	20	25	28	24	1.99
31940320--31940372	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
31940492--31940901	159	2.6	157	75	4	392	21	24	29	24	1.99
31940661--31941384	341	2.1	340	82	4	843	21	26	29	22	1.99
31941478--31941550	26	2.8	26	87	0	110	10	35	17	35	1.85
31941529--31942093	159	3.6	158	74	9	497	19	28	28	23	1.99
31942423--31942475	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31942265--31942634	184	2.0	184	84	3	476	20	26	28	24	1.99
31942727--31942754	13	2.2	13	100	0	56	7	46	25	21	1.76
31942791--31942843	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
31943308--31943360	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
31943848--31943900	26	2.0	26	92	0	88	24	20	22	32	1.98
31943934--31943979	11	4.2	11	91	0	65	26	30	30	13	1.93
31945437--31945489	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31945621--31945673	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
31943957--31946546	880	2.9	884	85	6	3300	26	23	22	26	2.00
31946344--31946396	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
31949264--31949316	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
31949761--31949813	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
31950141--31950193	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
31950899--31951202	159	1.9	158	82	2	376	18	27	30	23	1.97
31951066--31951474	171	2.4	170	73	6	378	22	28	27	21	1.99
31951532--31951584	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
31949933--31951926	703	2.9	696	81	4	2051	20	26	28	23	1.99
31951636--31952382	159	4.7	159	73	7	491	20	27	29	22	1.98
31951650--31952380	316	2.3	316	81	2	795	20	27	28	23	1.99
31952355--31952407	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
31952457--31952891	158	2.6	165	81	6	474	19	28	31	20	1.97
31952883--31952932	26	1.9	26	83	0	64	26	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31953378--31953433	26	2.2	26	90	6	87	28	21	17	32	1.96
31951943--31953624	514	3.3	507	76	9	1650	20	27	29	22	1.99
31953698--31953725	13	2.2	13	100	0	56	7	46	25	21	1.76
31953861--31954322	158	2.9	158	74	7	425	19	26	30	23	1.98
31953521--31954974	684	2.1	684	86	2	2004	20	26	28	24	1.99
31955155--31955207	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
31955461--31955516	26	2.2	26	83	6	69	32	19	16	32	1.94
31955998--31956361	158	2.3	159	76	7	371	20	25	29	24	1.99
31956710--31956763	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
31955285--31957312	880	2.3	867	81	4	2227	20	26	29	23	1.99
31957214--31957266	26	2.0	26	88	0	79	24	20	22	32	1.98
31957409--31957461	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31957400--31957957	286	2.0	284	80	2	625	22	25	29	22	1.99
31958046--31958508	159	2.9	157	78	5	484	20	27	29	22	1.99
31958814--31958866	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
31958786--31959695	353	2.7	341	78	11	894	19	27	29	23	1.98
31959246--31959694	159	2.8	158	75	5	451	18	26	29	24	1.98
31959668--31959720	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31960038--31960088	26	2.0	26	92	0	84	27	25	19	27	1.99
31960062--31960561	159	3.2	157	77	5	497	18	24	31	26	1.98
31966958--31967010	26	2.0	26	86	13	74	32	24	16	26	1.97
31967841--31967893	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31967968--31968356	159	2.4	158	81	3	442	19	27	29	23	1.98
31970577--31970629	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31971458--31971509	26	2.0	26	92	7	88	30	15	23	30	1.95
31971483--31971911	159	2.7	158	77	5	441	25	29	27	18	1.98
31972678--31972730	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31972703--31973118	159	2.6	158	77	5	401	24	28	28	18	1.98
31972703--31973198	158	3.1	157	74	8	457	23	29	27	19	1.98
31974782--31974834	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
31974965--31975017	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
31975003--31975436	158	2.7	158	83	4	518	24	30	26	18	1.98
31975063--31975492	158	2.7	158	81	4	395	23	31	25	19	1.98
31975833--31975883	26	2.0	26	88	7	77	29	13	27	29	1.94
31976334--31976386	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
31983000--31983501	159	3.2	159	77	4	451	25	30	24	19	1.98
31983475--31983525	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
31983684--31984053	184	2.0	184	83	4	460	22	27	27	22	1.99
31984385--31984688	158	1.9	158	85	1	421	21	32	27	18	1.97
31984385--31984725	158	2.2	158	82	3	409	21	31	27	19	1.97
31984699--31984751	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
31985150--31985519	158	2.3	159	76	4	370	24	28	26	20	1.99
31986313--31986365	26	2.0	26	85	0	70	32	20	22	24	1.98
31987218--31987575	158	2.3	158	78	5	373	22	30	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31988372--31988422	26	2.0	26	84	0	66	31	15	23	29	1.95
31988605--31990067	684	2.1	682	86	2	2020	23	28	27	20	1.99
31990148--31990200	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
31990173--31990535	158	2.3	158	79	6	385	25	30	25	18	1.98
31990649--31990701	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
31989289--31990936	884	1.9	861	81	6	1950	23	28	27	20	1.99
31990819--31991124	158	1.9	158	85	1	416	21	31	28	18	1.97
31989939--31991636	513	3.3	510	77	7	1737	21	29	27	20	1.98
31991200--31991978	159	4.9	159	74	5	599	22	30	27	19	1.98
31991199--31992023	316	2.6	315	83	3	992	22	29	27	20	1.98
31992001--31992048	25	1.9	25	83	8	62	25	18	27	29	1.98
31992377--31992679	159	1.9	158	82	2	383	23	32	27	16	1.96
31993091--31993152	29	2.1	29	96	0	115	35	27	19	17	1.94
31993794--31993846	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31992460--31994129	723	2.3	722	80	5	1840	23	29	26	20	1.99
31993819--31994285	159	2.9	158	75	6	455	22	29	27	19	1.98
31994300--31994352	26	2.0	26	85	7	72	24	20	28	26	1.99
31994372--31994687	170	1.9	170	81	6	390	23	31	26	19	1.98
31994670--31994719	26	1.9	26	87	0	73	32	16	28	24	1.96
31993120--31995249	873	2.4	870	82	3	2449	23	28	27	20	1.99
31996782--31997198	159	2.6	158	77	9	429	24	29	27	18	1.98
31997257--31997309	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31998163--31998215	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31998894--31998946	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31999078--31999130	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31997257--31999731	913	2.7	910	90	2	3778	26	23	23	26	2.00
31999714--31999792	11	7.2	11	92	0	104	13	22	32	30	1.93
31999714--31999786	22	3.3	22	94	0	119	12	23	32	31	1.91
31999849--31999901	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
32000356--32000408	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
32000872--32000924	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
32001550--32001600	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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