genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  96  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13381266--13381318	26	2.0	26	85	7	72	24	20	20	33	1.97
13381998--13382050	26	2.1	24	86	13	72	32	22	18	26	1.97
13382017--13382357	157	2.2	157	84	2	434	19	28	29	22	1.98
13383583--13383635	26	2.0	26	89	7	81	26	18	20	33	1.96
13383891--13384295	159	2.6	159	75	6	408	18	27	29	24	1.98
13384267--13384319	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
13384633--13384685	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
13385057--13385531	197	2.4	196	83	1	576	21	26	27	23	1.99
13385980--13386032	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13385663--13386377	343	2.1	343	84	3	931	18	26	30	23	1.98
13386043--13386350	159	1.9	158	86	0	427	16	27	33	23	1.96
13386323--13386375	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13387804--13388211	159	2.6	158	77	6	403	17	28	28	24	1.98
13388274--13389048	159	4.9	162	72	9	490	19	26	29	24	1.98
13389361--13389410	26	1.9	26	91	0	82	26	22	22	30	1.99
13389563--13389614	26	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
13389344--13389783	194	2.3	196	86	3	611	21	26	28	23	1.99
13389588--13390215	171	3.8	171	74	9	535	20	27	30	21	1.98
13389654--13391093	330	4.2	329	70	17	982	20	27	29	22	1.98
13390271--13390323	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
13390615--13390665	26	2.0	26	88	0	75	25	25	17	31	1.97
13391112--13391216	26	4.0	26	80	2	113	28	25	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13391190--13391692	159	3.2	159	78	4	525	19	26	30	23	1.98
13392387--13392439	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
13392413--13392911	157	3.2	153	74	9	475	18	27	30	23	1.97
13393369--13393780	159	2.6	159	76	6	395	20	27	28	24	1.99
13393753--13393805	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13394513--13394897	159	2.4	158	77	5	409	22	26	29	22	1.99
13395210--13395688	158	3.0	157	78	6	475	20	28	29	22	1.98
13396393--13396445	26	2.0	26	85	0	70	24	28	24	22	2.00
13396743--13396834	26	3.5	26	89	2	132	27	26	15	31	1.95
13398782--13398838	27	2.1	27	100	0	114	35	17	33	14	1.90
13403483--13403790	158	1.9	158	84	1	402	17	26	32	24	1.97
13403763--13403814	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
13404824--13404873	26	1.9	26	95	0	91	26	24	18	32	1.97
13405765--13405817	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13406145--13406197	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
13406171--13406670	158	3.2	156	77	7	490	20	27	29	23	1.98
13407183--13407234	26	2.0	26	88	7	79	32	25	17	25	1.97
13407903--13407955	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
13408403--13408454	25	2.0	26	85	10	72	32	25	13	28	1.93
13410518--13410570	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
13410084--13410887	368	2.3	343	82	5	899	19	26	29	24	1.99
13410544--13411048	159	3.2	160	77	5	477	18	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13411020--13411069	26	1.9	26	91	0	82	22	26	22	30	1.99
13411741--13411793	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
13412275--13412625	157	2.2	156	78	5	355	20	27	28	23	1.99
13412135--13412625	159	3.1	158	75	4	488	20	27	29	22	1.98
13413695--13413750	26	2.2	26	90	0	85	32	26	16	25	1.96
13413724--13414133	159	2.6	159	75	6	382	21	27	29	21	1.99
13415272--13415324	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
13415298--13415799	158	3.2	158	75	8	507	19	26	30	23	1.98
13415773--13415825	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13416138--13416191	26	2.1	26	86	6	74	29	27	16	25	1.97
13416484--13416536	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13417205--13417257	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
13417292--13417931	185	3.5	183	71	10	553	18	27	30	23	1.98
13417292--13417956	356	1.9	355	84	2	895	18	27	30	23	1.98
13418598--13418650	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
13418548--13419247	344	2.0	343	85	3	935	20	27	29	23	1.99
13419253--13419305	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13419450--13419502	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
13419642--13419694	26	2.0	26	96	0	97	32	24	16	26	1.97
13419249--13419923	197	3.5	195	83	4	711	24	25	27	23	2.00
13420333--13420382	26	1.9	26	88	8	75	24	24	22	30	1.99
13421052--13421104	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13421555--13421607	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13421527--13421961	192	2.2	195	88	2	644	20	25	29	24	1.99
13421747--13421799	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
13422409--13422461	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
13423270--13423624	158	2.2	159	81	3	392	18	26	31	23	1.98
13423756--13423807	26	2.0	25	85	10	70	30	23	15	30	1.95
13424135--13424184	26	1.9	26	91	0	82	22	30	20	28	1.98
13424319--13424371	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13424095--13424531	184	2.4	184	82	2	538	19	28	27	24	1.99
13424345--13424730	159	2.4	158	73	10	356	20	27	29	22	1.98
13425538--13425940	159	2.5	158	75	8	386	20	26	31	20	1.98
13426012--13426064	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13426843--13426895	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
13427223--13427327	26	4.0	26	90	4	167	27	26	19	26	1.99
13427459--13427511	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
13428684--13428736	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
13430258--13430336	26	3.0	26	98	0	149	26	24	20	29	1.99
13430757--13430809	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13431086--13431138	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13431270--13431339	26	2.7	26	95	4	124	25	24	20	30	1.99
13432019--13432071	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
13432938--13432990	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13432209--13433168	368	2.6	354	81	6	1003	20	27	28	22	1.99
13434161--13434213	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13434248--13434690	159	2.8	158	76	6	401	17	27	31	23	1.97
13434662--13434740	26	3.0	26	90	3	124	25	21	20	32	1.97
13435528--13435936	156	2.6	156	80	4	403	18	27	30	23	1.98
13443167--13443219	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13443193--13443695	159	3.2	157	76	4	389	19	28	29	22	1.98
13443669--13443721	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
13444389--13444441	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13444455--13444957	159	3.2	158	77	5	498	19	26	30	23	1.98
13445075--13445127	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
13445418--13445470	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13445444--13445842	171	2.3	171	75	5	385	22	27	29	20	1.98
13446153--13446205	26	2.0	26	85	7	72	30	28	15	26	1.96
13449106--13449158	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
13448569--13449475	355	2.6	342	79	8	901	19	26	30	23	1.98
13449132--13449635	158	3.2	154	75	10	489	19	27	30	23	1.98
13450281--13450333	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
13451340--13451393	25	2.1	27	89	6	85	20	29	20	29	1.98
13451502--13451902	158	2.5	158	80	6	463	19	24	31	24	1.98
13451366--13452041	159	4.2	157	76	8	499	21	26	29	23	1.99
13452022--13452093	26	2.8	26	97	0	135	26	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13452541--13452610	26	2.7	26	97	0	131	30	24	17	28	1.97
13451912--13453119	526	2.3	523	81	4	1336	20	26	28	24	1.99
13453067--13453119	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
13453745--13453797	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
13454125--13454177	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
13454289--13454653	157	2.3	158	78	7	364	19	24	30	25	1.98
13453505--13455562	881	2.3	870	81	5	2259	21	26	28	23	1.99
13455119--13455536	159	2.6	160	79	4	459	20	28	27	23	1.99
13455508--13455560	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13462089--13462144	26	2.2	26	83	6	69	30	25	16	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402