genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  239  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23931134--23931185	26	2.0	26	92	0	86	25	21	28	25	1.99
23931452--23931858	157	2.6	157	78	5	399	23	30	26	19	1.98
23932141--23932193	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
23933145--23933197	26	2.0	26	89	7	81	24	16	26	32	1.97
23933322--23933612	160	1.8	159	81	0	366	23	30	29	15	1.96
23933672--23933724	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
23934360--23934412	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
23935093--23935144	27	1.9	27	96	0	95	28	17	23	30	1.97
23935782--23936144	158	2.3	157	76	7	351	25	28	24	21	1.99
23937922--23937974	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
23940592--23940644	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
23940948--23940997	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
23940394--23941095	356	2.0	355	81	3	831	22	30	27	19	1.98
23942159--23942211	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23942184--23943627	316	4.6	316	81	2	1603	23	29	27	19	1.98
23942184--23943627	633	2.3	632	85	1	1849	23	29	27	19	1.98
23942184--23943571	158	8.8	158	74	4	1060	23	29	27	19	1.98
23943608--23943660	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
23943585--23944266	362	1.9	364	80	5	806	25	28	25	20	1.99
23944471--23944521	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
23944708--23945112	159	2.5	160	74	5	381	25	30	26	17	1.97
23945185--23945237	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23944868--23945614	343	2.2	343	85	1	980	24	29	26	18	1.98
23945528--23945579	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
23952984--23953399	159	2.6	158	74	8	398	25	27	27	19	1.99
23953457--23953509	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23953984--23954036	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23954707--23954759	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
23955205--23955257	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
23955610--23956061	158	2.9	158	73	7	421	24	30	27	18	1.98
23957436--23957487	25	2.0	26	85	3	70	28	17	26	26	1.97
23957794--23958005	112	1.9	112	79	5	241	30	24	27	16	1.97
23959216--23959268	26	2.0	26	82	7	63	26	16	24	32	1.97
23959589--23959667	26	3.0	26	94	3	133	31	20	21	26	1.98
23959424--23959823	218	1.9	212	82	5	511	25	28	26	20	1.99
23959640--23960064	158	2.7	157	79	5	455	24	30	27	18	1.98
23960114--23960165	26	2.0	26	92	0	86	25	21	28	25	1.99
23961112--23961164	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
23961091--23962195	501	2.2	500	81	4	1284	23	28	27	21	1.99
23961296--23961946	343	1.9	342	79	4	729	23	28	26	21	1.99
23962113--23962165	26	2.0	26	89	7	81	24	16	26	32	1.97
23962641--23962693	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
23963305--23963357	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
23964048--23964099	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23964760--23965047	159	1.8	158	81	5	357	26	28	25	19	1.98
23965435--23965857	158	2.7	158	76	4	343	22	28	28	20	1.99
23965615--23966140	158	3.3	154	75	5	374	23	29	27	20	1.99
23965741--23966174	158	2.8	157	75	5	410	23	29	27	19	1.98
23966286--23966782	159	3.1	159	76	5	437	22	30	26	20	1.98
23966763--23966815	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23967393--23967417	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
23967411--23967435	11	2.3	11	100	0	50	28	32	20	20	1.97
23967533--23967835	159	1.9	159	81	5	362	24	30	26	18	1.98
23968008--23968060	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23968007--23968366	197	1.8	197	87	1	542	23	28	27	20	1.99
23968707--23968759	26	2.0	26	85	7	72	28	15	28	28	1.96
23969072--23969122	26	2.0	26	84	7	68	31	17	19	31	1.95
23968033--23969638	866	1.9	866	82	4	2054	23	29	26	21	1.99
23969098--23969460	158	2.3	158	79	5	392	24	30	25	19	1.98
23969573--23969625	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
23970815--23970867	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23970814--23971173	197	1.8	197	86	1	524	23	26	26	22	2.00
23971038--23971540	159	3.2	155	74	10	367	23	29	27	20	1.99
23971514--23971566	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
23970844--23972488	870	1.9	870	85	3	2252	23	29	27	20	1.99
23971908--23972403	159	3.1	158	81	5	581	22	29	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23972384--23972436	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
23973572--23973624	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
23974672--23975102	159	2.7	157	77	5	431	22	30	29	17	1.97
23978856--23978908	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23979354--23979678	159	2.1	158	80	4	359	25	29	23	20	1.99
23979700--23979752	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
23980079--23980131	26	2.0	26	85	7	72	33	20	18	26	1.96
23980275--23980330	26	2.2	26	90	6	87	28	19	21	30	1.98
23979909--23980356	196	2.3	195	86	1	592	25	28	24	22	1.99
23979909--23980421	196	2.6	195	83	1	591	24	28	26	21	1.99
23980773--23980825	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23982547--23982600	26	2.0	27	89	3	83	37	25	31	5	1.79
23983121--23983175	26	2.1	26	86	6	76	27	18	27	27	1.98
23983161--23983481	171	1.9	171	81	2	394	22	30	26	19	1.98
23983994--23984047	26	2.1	26	89	6	83	33	16	18	31	1.93
23983835--23984204	184	2.0	184	83	3	467	25	29	26	19	1.99
23983149--23984609	501	2.9	500	79	6	1352	24	29	26	19	1.98
23984493--23984543	26	2.0	26	92	0	84	25	17	25	31	1.97
23985319--23985377	26	2.3	26	90	0	91	13	40	20	25	1.89
23985381--23985433	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
23985882--23985935	26	2.1	26	89	6	83	33	16	18	31	1.93
23985723--23986085	184	2.0	184	83	2	469	25	29	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23985346--23986402	501	2.1	501	82	2	1264	24	29	25	20	1.99
23985941--23986482	158	3.4	156	73	9	461	24	29	26	19	1.98
23985907--23986483	317	1.8	317	83	4	779	25	28	25	19	1.99
23987755--23987807	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
23987939--23988432	183	2.8	176	80	8	488	21	30	27	20	1.98
23988463--23988515	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23988965--23989017	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
23988431--23989491	501	2.1	501	80	3	1188	22	29	27	20	1.99
23989282--23989587	157	1.9	158	83	2	391	23	30	28	18	1.97
23989623--23989675	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
23997025--23997060	11	3.3	11	84	0	54	13	36	27	22	1.92
23997025--23997068	22	2.0	22	90	0	70	15	29	29	25	1.96
23997025--23997068	11	4.0	11	81	0	52	15	29	29	25	1.96
23997140--23997190	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
23998376--23998428	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23999129--23999181	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
24000561--24001058	159	3.2	158	74	8	372	24	28	27	19	1.99
24002146--24002592	159	2.8	158	76	5	427	23	29	27	19	1.98
24002623--24002674	26	2.0	26	92	0	86	25	19	26	28	1.98
24002305--24003281	342	2.9	343	83	1	1208	23	29	27	19	1.98
24002961--24003603	355	1.8	355	80	2	781	23	27	27	21	1.99
24003439--24004016	302	1.9	302	84	2	777	24	31	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24004122--24004174	26	2.0	26	85	0	70	24	20	30	24	1.99
24004162--24004475	171	1.8	170	83	4	416	22	30	25	20	1.98
24004148--24004516	171	2.2	170	80	6	397	23	29	26	20	1.99
24004525--24005021	159	3.1	156	72	5	422	24	28	26	20	1.99
24004995--24005047	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24005728--24005780	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
24005754--24006255	159	3.2	159	75	5	397	22	29	27	20	1.98
24006232--24006280	25	1.9	26	91	4	82	28	18	28	24	1.98
24006254--24006622	171	2.2	170	78	6	379	23	29	26	20	1.99
24006596--24006648	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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