genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.331.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  331  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30617376--30617679	158	1.9	160	79	5	339	22	28	26	22	1.99
30619917--30619968	26	2.0	26	84	0	68	28	25	17	28	1.97
30618921--30620362	513	2.8	504	77	8	1311	22	26	28	22	1.99
30620623--30620676	27	2.0	26	89	3	81	27	22	20	29	1.98
30620650--30621048	159	2.5	158	75	6	358	21	26	30	21	1.98
30620650--30621151	158	3.2	156	75	5	472	20	26	29	23	1.99
30621125--30621177	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
30621505--30621557	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
30621531--30621866	159	2.1	159	82	1	395	23	25	26	23	2.00
30621849--30621901	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30622229--30622281	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
30622251--30622756	159	3.2	157	73	7	445	21	26	28	23	1.99
30622730--30622782	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
30622578--30622940	185	2.0	185	83	2	469	20	25	28	25	1.99
30622689--30623384	356	2.0	357	82	3	866	20	27	29	23	1.99
30623113--30623606	159	3.1	157	75	5	451	20	28	28	23	1.99
30621616--30623643	859	2.3	868	79	4	2173	21	26	27	24	1.99
30626664--30626713	26	1.9	26	83	0	64	34	26	12	28	1.92
30627538--30627590	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30628410--30628462	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
30628829--30628881	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
30628989--30629357	159	2.3	158	80	4	411	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30628988--30629357	158	2.3	158	80	5	406	20	25	29	24	1.99
30629333--30629383	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
30629173--30629764	196	3.2	183	78	10	534	22	25	27	24	2.00
30629173--30629887	183	3.8	182	77	10	638	22	25	27	23	1.99
30629710--30629762	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
30630212--30630264	26	2.0	26	82	7	63	30	20	20	28	1.98
30628807--30630657	881	2.1	886	81	4	2180	21	25	28	24	1.99
30630418--30630473	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
30630607--30630656	26	1.9	26	84	8	66	22	26	24	28	1.99
30631322--30631373	25	2.0	26	92	3	88	32	26	15	25	1.95
30631347--30631803	159	2.9	157	73	6	420	21	27	29	21	1.99
30632031--30632108	26	3.0	26	96	0	138	28	29	17	24	1.98
30632399--30632450	26	2.0	25	92	3	86	28	23	17	30	1.97
30633122--30633174	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
30634676--30635170	158	3.1	158	77	8	468	17	27	30	23	1.97
30635965--30636368	159	2.5	159	78	4	420	18	26	30	24	1.97
30636341--30636392	25	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
30636719--30636771	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
30637092--30637149	26	2.2	26	93	0	98	20	17	44	17	1.86
30637246--30637298	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
30638167--30638219	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
30638839--30638891	26	2.0	26	92	0	88	28	30	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30639893--30639971	26	3.0	26	92	0	131	29	22	20	27	1.98
30640421--30640473	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30640985--30641036	25	2.0	26	85	3	70	30	25	17	26	1.97
30641487--30641542	26	2.2	26	90	6	87	30	19	19	30	1.97
30641702--30641753	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
30642765--30642817	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30642791--30643292	158	3.2	158	74	8	473	20	27	29	23	1.98
30643266--30643318	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
30643462--30643514	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30644525--30644577	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
30644816--30644926	58	1.9	58	83	0	141	10	31	27	29	1.91
30644926--30644977	26	2.0	26	85	7	70	28	25	15	30	1.96
30645647--30645699	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
30645673--30646072	159	2.5	158	81	4	457	20	26	31	21	1.98
30645673--30646174	157	3.2	157	79	5	487	19	26	29	23	1.98
30646146--30646198	26	2.0	26	82	7	63	26	22	18	32	1.97
30647050--30647102	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
30646793--30647248	184	2.5	184	81	3	517	20	28	28	23	1.99
30647076--30647605	158	3.3	157	78	6	512	19	27	30	22	1.98
30647721--30648015	158	1.9	158	83	1	385	18	29	29	22	1.97
30648143--30648195	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
30648326--30648404	26	3.0	26	90	7	117	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30649076--30649126	26	2.0	26	88	0	75	31	25	15	27	1.96
30649259--30649310	26	2.0	25	92	3	86	28	19	19	32	1.96
30649625--30649677	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30649396--30650227	368	2.3	359	83	4	1014	20	27	28	23	1.99
30650026--30650510	159	3.1	156	75	5	472	19	26	30	24	1.98
30651218--30651296	26	3.0	26	96	0	140	27	25	18	27	1.98
30651725--30651803	26	3.0	26	92	3	124	27	22	18	30	1.98
30652547--30652999	156	2.9	156	78	9	490	19	28	30	22	1.98
30652498--30652988	159	3.1	157	77	11	518	20	27	29	22	1.98
30652971--30653023	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
30653789--30654218	156	2.7	157	78	4	411	18	26	31	23	1.97
30654913--30654965	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
30655002--30655443	159	2.8	158	78	8	448	19	28	29	23	1.98
30655415--30655467	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
30655663--30655690	12	2.3	12	100	0	56	28	17	39	14	1.89
30655782--30655834	26	2.0	26	92	0	88	26	28	22	22	1.99
30655304--30656372	354	3.0	355	82	4	1087	20	25	29	24	1.99
30656136--30656188	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
30656632--30656683	26	2.0	25	92	3	86	28	23	17	30	1.97
30656111--30657201	496	2.2	497	83	4	1378	21	26	28	24	1.99
30657129--30657181	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
30657337--30657389	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30657556--30657608	26	2.0	26	92	0	88	26	18	22	32	1.97
30658277--30658328	25	2.0	26	85	10	72	30	25	17	26	1.97
30658777--30658829	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30658804--30659170	170	2.2	170	79	7	388	21	27	28	22	1.99
30659805--30659857	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
30659831--30660174	159	2.2	158	84	3	442	18	28	30	21	1.97
30660147--30660199	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
30660320--30660372	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
30659787--30660759	515	1.9	515	85	1	1340	21	26	29	22	1.99
30660628--30661015	209	1.9	209	85	4	550	22	27	27	22	1.99
30661238--30661290	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30661770--30661820	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
30662493--30662544	26	2.0	26	88	0	77	30	28	13	26	1.94
30662519--30663011	158	3.1	156	72	8	429	18	27	30	23	1.98
30662995--30663046	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
30667579--30667631	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
30667959--30668011	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30668093--30668489	159	2.5	160	84	5	527	16	28	31	23	1.96
30669193--30669245	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
30669254--30669870	159	3.8	157	74	9	526	18	26	31	23	1.97
30669866--30669918	26	2.0	26	82	7	63	30	26	18	24	1.98
30670211--30670261	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30669536--30670264	343	2.1	348	81	6	841	20	25	29	24	1.99
30670359--30670409	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
30670137--30670428	148	2.0	149	97	0	559	19	30	24	25	1.98
30671092--30671144	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30671436--30671488	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
30671462--30671893	159	2.7	159	75	6	419	19	27	31	21	1.97
30671938--30671988	26	2.0	25	85	11	68	29	23	19	27	1.98
30672131--30672183	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
30671831--30672192	194	1.9	195	85	3	505	23	25	26	24	2.00
30673190--30673242	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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