genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  204  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21354104--21354156	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
21353887--21354464	197	2.9	196	85	0	735	20	30	28	20	1.97
21354327--21354824	159	3.1	156	75	6	360	22	30	27	19	1.98
21354916--21354968	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
21355429--21355494	26	2.5	26	87	0	78	30	22	16	30	1.96
21356158--21356209	26	2.0	26	88	7	79	28	19	26	25	1.98
21356182--21356519	158	2.1	158	82	3	394	21	31	30	17	1.96
21356499--21356551	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21357172--21357224	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
21357639--21357691	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21357982--21358035	26	2.1	26	92	0	90	25	20	25	27	1.99
21358138--21358169	12	2.6	13	85	14	50	6	37	28	28	1.81
21358191--21358243	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21358629--21358744	55	2.1	55	93	0	196	11	37	23	28	1.89
21358747--21358799	26	2.0	26	85	7	72	24	18	26	30	1.98
21359152--21359654	159	3.2	158	76	5	496	24	30	26	19	1.98
21360348--21360400	26	2.0	26	89	7	81	35	20	16	26	1.94
21360377--21360841	159	2.9	158	77	5	474	22	32	27	17	1.96
21360852--21360904	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21361581--21361633	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21361607--21362182	159	3.6	157	71	8	421	25	30	25	18	1.98
21361606--21362183	317	1.8	318	80	3	707	25	29	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21362256--21362311	26	2.1	27	87	9	80	26	17	26	28	1.98
21362635--21362687	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21362661--21363100	160	2.8	158	76	5	406	23	30	27	19	1.98
21363150--21363200	26	2.0	26	88	7	77	27	19	25	27	1.99
21363654--21363706	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21364210--21364262	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21364236--21364737	158	3.2	155	71	5	398	24	29	25	20	1.99
21365908--21365960	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
21366288--21366340	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21367985--21368037	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
21368705--21368757	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
21368730--21369085	159	2.2	159	78	3	376	24	28	26	21	1.99
21369613--21370266	159	4.1	158	79	4	552	22	30	27	19	1.98
21369707--21370240	159	3.4	159	81	4	560	20	32	28	18	1.96
21370248--21370300	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
21370959--21371009	26	2.0	26	88	0	75	27	13	27	31	1.94
21372180--21372232	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
21372925--21373424	158	3.2	157	77	8	458	21	29	28	19	1.98
21373397--21373449	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21374634--21374686	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21374818--21374870	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21373754--21375747	902	2.2	904	86	2	2772	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21375536--21375588	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
21375561--21376064	159	3.2	157	78	6	464	23	29	27	19	1.98
21376038--21376090	26	2.0	26	88	0	79	22	24	28	24	2.00
21375879--21376338	184	2.5	184	83	2	541	23	27	28	20	1.99
21376222--21376274	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
21376972--21377388	158	2.6	158	77	4	421	24	28	28	18	1.98
21377799--21377850	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
21377828--21378204	159	2.4	158	76	6	375	23	28	27	20	1.99
21378415--21378467	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21378710--21378750	20	2.0	20	100	0	82	4	41	24	29	1.75
21378936--21378988	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21379105--21379647	158	3.4	157	77	4	502	22	29	28	19	1.98
21379621--21379673	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21379973--21380025	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21381029--21381081	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
21381055--21381417	159	2.3	159	77	7	353	24	33	24	17	1.97
21381530--21381582	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21381917--21382443	160	3.3	155	77	7	432	23	30	26	19	1.98
21383081--21383133	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21383584--21383635	26	2.0	26	84	0	68	30	17	25	26	1.97
21384551--21385050	158	3.2	156	76	7	479	23	29	27	20	1.99
21385024--21385076	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21385721--21385773	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21386226--21386278	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21386251--21386875	158	4.0	159	78	4	575	22	31	27	17	1.97
21386883--21386935	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
21387118--21387487	158	2.3	158	78	5	390	24	28	25	21	1.99
21387380--21387714	159	2.1	157	82	4	397	20	30	29	20	1.97
21387751--21387800	26	1.9	26	91	0	82	26	24	28	22	1.99
21387960--21388012	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
21385993--21388164	867	2.5	866	83	2	2696	22	29	27	20	1.99
21388825--21388877	26	2.0	26	96	0	97	32	24	16	26	1.97
21388850--21389288	158	2.8	159	86	2	589	21	31	29	17	1.96
21389314--21389392	26	3.0	26	84	0	104	25	16	27	30	1.97
21390395--21390447	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
21391743--21391795	26	2.0	26	85	0	70	28	18	28	24	1.98
21392640--21392692	26	2.0	26	88	0	79	24	22	24	28	2.00
21393370--21393422	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21393421--21393745	165	2.0	164	85	4	440	21	31	28	17	1.97
21393696--21394061	196	1.9	196	84	2	493	22	28	29	20	1.98
21393940--21394343	159	2.6	158	79	5	465	22	30	28	18	1.97
21394370--21394422	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
21394809--21394861	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21395154--21395204	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21396226--21396755	158	3.4	158	74	8	481	22	29	27	20	1.98
21397965--21398017	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21397736--21398120	197	2.0	196	84	3	506	21	26	27	23	1.99
21397991--21398491	158	3.2	158	73	9	369	22	28	27	21	1.99
21399371--21399423	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
21399185--21399682	185	2.6	191	83	6	600	26	27	24	21	1.99
21399568--21399620	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21399593--21399880	157	1.8	157	83	5	386	25	32	26	16	1.96
21399909--21399961	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
21400118--21400170	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21400620--21400672	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21400790--21401329	158	3.4	158	78	4	552	21	30	28	19	1.97
21400831--21401255	159	2.7	156	81	4	492	22	30	29	17	1.97
21401303--21401355	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
21401939--21401991	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
21402478--21402530	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21401964--21402730	355	2.2	354	85	3	1035	23	30	26	19	1.98
21408514--21408566	26	2.0	26	82	7	63	26	18	26	28	1.98
21408846--21409292	158	2.8	159	83	2	542	22	30	28	17	1.97
21408805--21409299	159	3.1	158	82	2	546	21	31	28	18	1.97
21409704--21409756	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21409729--21410230	159	3.2	157	81	4	566	22	31	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21410204--21410256	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21416871--21417332	159	2.9	158	77	4	439	22	30	27	19	1.98
21418586--21418897	170	1.8	170	79	4	360	22	29	27	19	1.98
21418906--21418955	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
21419408--21419460	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
21420120--21420172	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21420145--21420645	158	3.2	157	79	5	510	21	29	28	20	1.98
21421351--21421401	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
21421853--21421903	26	2.0	26	88	0	75	27	7	29	35	1.85
21422206--21422257	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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