genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  186  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20038939--20038990	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
20039822--20039872	26	2.0	26	84	7	68	29	21	17	31	1.96
20041622--20041674	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
20041756--20042309	159	3.5	158	76	5	434	19	28	28	23	1.98
20042659--20042711	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20042902--20043189	158	1.8	158	82	6	377	19	25	30	24	1.98
20042592--20044426	684	2.6	683	81	4	2000	20	27	28	24	1.99
20045095--20045145	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
20046313--20046363	26	2.0	26	96	0	93	27	21	19	31	1.97
20046339--20046744	159	2.6	158	78	6	444	19	25	32	22	1.98
20046343--20046838	158	3.1	158	75	6	484	19	26	30	23	1.98
20046812--20046863	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
20047071--20047999	465	2.0	465	87	1	1326	20	26	28	25	1.99
20048157--20048209	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20048412--20048464	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
20048618--20048925	159	1.9	159	81	2	368	19	25	30	24	1.98
20049594--20049646	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20050099--20050151	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
20051104--20051522	158	2.6	158	76	3	412	16	26	30	25	1.97
20051495--20051547	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20052219--20052271	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
20052459--20053812	368	3.8	349	77	8	921	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20053071--20053126	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
20052693--20053661	368	2.7	362	82	3	1105	19	25	29	24	1.99
20053468--20053962	159	3.1	159	77	8	522	21	25	29	24	1.99
20054515--20054567	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20055192--20055244	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20057030--20057082	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20057372--20057423	26	2.0	25	88	3	77	30	28	15	25	1.96
20056975--20057740	342	2.2	342	84	2	968	19	27	28	23	1.98
20057535--20057898	156	2.3	159	79	5	400	18	25	29	26	1.98
20057966--20058002	11	3.4	11	100	0	74	18	37	32	10	1.86
20057966--20058010	22	2.0	22	83	8	56	24	33	33	8	1.86
20058587--20058639	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20058613--20059589	159	6.2	159	75	7	788	18	28	30	22	1.97
20059089--20059141	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
20058845--20059431	316	1.9	316	79	4	673	17	29	29	23	1.97
20059459--20059843	196	2.0	196	83	3	497	23	28	27	21	1.99
20059785--20060286	158	3.2	158	77	4	546	19	27	29	23	1.98
20060260--20060312	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20060102--20060651	196	2.9	184	80	8	620	19	26	30	23	1.98
20059156--20061011	697	2.7	694	86	2	2463	19	27	29	22	1.98
20060514--20060984	159	3.0	158	79	2	487	18	28	30	22	1.97
20060482--20060983	158	3.2	157	78	3	569	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20060960--20061009	26	1.9	26	88	8	75	24	24	20	32	1.98
20061662--20061714	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
20062163--20062215	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
20062531--20062582	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
20063032--20063083	26	2.0	25	88	3	77	25	25	19	30	1.98
20063762--20063814	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20069915--20069967	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20070293--20070345	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
20070405--20070821	158	2.6	159	79	5	441	19	28	28	23	1.98
20070793--20070845	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20071537--20071589	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
20071653--20072094	159	2.8	158	77	7	482	19	27	28	25	1.98
20072210--20072262	26	2.0	26	85	7	72	30	28	18	22	1.98
20072553--20072605	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
20071880--20072626	343	2.1	348	79	6	794	21	26	28	23	1.99
20071880--20072783	355	2.6	348	77	7	774	21	26	28	23	1.99
20073283--20073335	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
20074154--20074205	26	2.0	26	85	7	70	30	25	17	26	1.97
20074047--20074404	196	1.8	196	82	3	461	24	28	25	21	1.99
20075412--20075464	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20075445--20075934	159	3.1	158	75	8	465	19	26	30	23	1.98
20075763--20076119	187	1.9	185	82	5	452	19	26	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20076271--20076323	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20075811--20076504	354	2.0	355	83	4	898	19	27	30	22	1.98
20076297--20076788	151	3.2	154	77	9	464	19	29	29	20	1.98
20077430--20077482	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20077453--20078123	326	2.1	314	79	8	712	19	26	29	23	1.98
20078097--20078175	26	3.0	26	88	0	122	27	26	18	26	1.98
20078830--20078882	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
20078131--20079433	709	1.8	708	82	1	1644	20	25	28	25	1.99
20079331--20079383	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20079699--20079751	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20080035--20080085	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
20080399--20080451	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
20080565--20080917	158	2.2	158	81	3	379	17	26	30	25	1.97
20080895--20080952	26	2.2	26	81	9	73	27	20	20	31	1.98
20081371--20081632	139	1.9	139	81	1	319	17	29	26	26	1.98
20088341--20088393	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20088525--20088577	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
20088277--20088680	184	2.2	184	85	3	528	18	27	30	23	1.98
20088841--20088893	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
20088867--20089210	159	2.2	158	84	1	429	20	26	29	23	1.99
20089184--20089236	26	2.0	26	82	7	63	33	24	15	26	1.95
20089552--20089603	26	2.0	26	88	0	77	34	25	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20089893--20089945	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
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20090636--20091128	159	3.1	157	73	9	345	20	26	30	23	1.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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