genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  143  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16861778--16861828	26	2.0	26	88	7	77	29	19	19	31	1.97
16862155--16862207	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
16862181--16863354	159	7.2	157	69	13	541	18	27	30	23	1.98
16862830--16862884	24	2.3	25	87	6	78	30	23	20	25	1.98
16861865--16863355	671	2.2	676	83	5	1830	19	27	29	23	1.98
16863328--16863380	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16864057--16864108	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
16864165--16864584	159	2.6	158	75	5	398	19	28	28	22	1.98
16864923--16864975	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16864447--16865167	365	2.0	355	81	5	851	21	27	29	22	1.99
16865425--16865476	26	2.0	25	85	10	70	28	25	17	28	1.97
16866210--16866602	159	2.5	158	80	4	371	18	27	31	22	1.97
16867247--16867317	26	2.7	26	93	4	117	26	22	18	32	1.97
16868806--16868858	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16869676--16869728	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16867933--16870232	870	2.7	851	81	5	2537	20	26	28	23	1.99
16869710--16870204	159	3.1	157	75	8	419	19	26	30	23	1.98
16870178--16870230	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
16870804--16871195	159	2.5	157	75	11	393	21	25	30	23	1.99
16871805--16871857	26	2.0	26	85	7	72	33	26	13	26	1.93
16871831--16872216	159	2.4	158	78	4	427	20	27	30	21	1.98
16872857--16873349	158	3.1	157	75	7	478	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16873332--16873384	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16873678--16873730	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
16873863--16873922	29	2.1	29	96	0	111	25	30	20	25	1.99
16874207--16874259	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16874411--16874502	26	3.5	26	90	0	157	28	26	18	27	1.98
16874793--16874845	26	2.0	26	92	0	88	26	22	18	32	1.97
16874915--16874945	11	2.8	11	90	0	53	22	38	29	9	1.86
16876336--16876388	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16877017--16877069	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
16877385--16877434	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
16876311--16877627	707	1.9	681	80	5	1521	19	27	29	23	1.98
16877411--16877901	158	3.1	156	74	7	479	18	26	30	23	1.98
16878155--16878593	159	2.8	160	77	4	435	20	27	29	23	1.98
16878567--16878619	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16878465--16878819	196	1.8	196	85	4	502	21	28	27	22	1.99
16879110--16879162	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16879823--16879873	26	2.0	26	88	0	75	29	27	15	27	1.96
16879847--16880347	159	3.2	156	76	7	400	17	25	30	25	1.97
16880641--16880693	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
16887601--16887653	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
16888371--16888423	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16888580--16888632	26	2.0	26	82	7	63	32	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16889476--16889503	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
16889980--16890032	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
16890726--16891760	159	6.5	157	76	5	891	24	29	27	18	1.98
16890727--16891854	158	7.1	157	75	5	874	24	30	26	18	1.98
16890726--16891862	317	3.6	317	82	2	1320	24	29	26	18	1.98
16892252--16892726	158	3.0	157	82	3	578	21	31	29	18	1.97
16892700--16892776	26	3.0	26	94	0	127	25	16	27	29	1.97
16893531--16893957	158	2.7	158	74	7	416	21	30	28	20	1.98
16893931--16893983	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
16895106--16895158	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
16896156--16896208	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16897022--16897074	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
16896287--16897920	821	2.0	821	83	2	2084	23	29	25	20	1.99
16897843--16897895	26	2.0	26	92	0	88	26	15	28	30	1.96
16898555--16898607	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16899758--16899810	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
16899560--16900152	309	1.9	309	80	6	683	23	30	24	21	1.99
16900260--16900564	159	1.9	158	81	3	362	24	32	25	17	1.96
16899030--16900654	819	2.0	812	81	4	1930	23	30	25	20	1.99
16900577--16900629	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
16901886--16902238	195	1.8	195	82	1	456	23	27	28	20	1.99
16901202--16902711	681	2.2	689	82	4	1818	23	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16902109--16902608	158	3.2	158	73	8	446	23	30	27	18	1.98
16902582--16902634	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16902607--16903193	171	3.5	169	75	9	449	24	31	26	18	1.97
16903108--16903471	184	2.0	184	80	3	419	24	28	26	20	1.99
16903296--16903593	158	1.9	158	85	1	409	23	30	27	17	1.97
16902950--16903767	342	2.4	343	85	3	1083	22	29	27	19	1.98
16903296--16903635	158	2.2	158	82	2	396	23	29	27	19	1.98
16903609--16903661	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
16902236--16903769	685	2.2	680	79	5	1576	22	30	26	19	1.98
16903568--16904315	196	3.8	195	85	2	962	22	28	27	21	1.99
16904002--16904053	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
16903577--16904315	393	1.9	393	88	2	1119	22	28	27	21	1.99
16904198--16904250	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
16904224--16904588	159	2.3	159	79	3	360	26	30	23	18	1.98
16905079--16905131	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16905105--16905497	158	2.5	158	88	0	590	23	31	27	17	1.97
16905776--16905828	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16905604--16906111	197	2.6	196	82	1	631	23	29	26	19	1.98
16905998--16906463	159	2.9	159	80	3	553	20	31	28	18	1.96
16906474--16906526	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16906315--16906782	184	2.6	183	88	1	661	22	28	30	18	1.97
16906658--16906709	25	2.0	26	92	3	88	25	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16907246--16907298	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16908051--16908104	26	2.1	26	93	6	92	25	20	27	25	1.99
16908784--16908836	26	2.0	26	92	0	88	32	18	22	26	1.97
16909127--16909218	26	3.5	26	92	0	157	26	17	27	29	1.97
16909706--16909765	29	2.1	29	96	0	111	26	18	28	26	1.98
16909899--16909951	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
16909737--16910378	346	1.8	353	80	6	768	24	28	26	20	1.99
16910280--16910772	159	3.1	156	77	5	447	23	29	26	20	1.99
16910746--16910797	26	2.0	25	85	3	68	26	17	26	28	1.97
16911456--16911766	159	2.0	158	82	3	383	21	31	29	18	1.97
16911773--16911825	26	2.0	26	89	7	81	24	13	28	33	1.93
16912801--16912853	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
16913523--16913575	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
16913549--16914051	159	3.2	157	76	7	444	21	29	28	20	1.98
16914026--16914077	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
16914419--16914805	158	2.4	158	74	6	361	24	29	26	18	1.98
16914895--16914947	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16914920--16915288	171	2.2	171	78	6	381	22	29	27	20	1.98
16915421--16915675	140	1.8	140	80	1	305	25	29	27	17	1.97
16916351--16916380	11	2.7	11	100	0	60	20	26	30	23	1.98
16916450--16916520	26	2.7	26	95	4	126	30	18	23	26	1.97
16916853--16916878	12	2.2	12	100	0	52	19	42	15	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16917071--16917123	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
16917097--16917599	159	3.2	159	76	7	421	24	30	25	19	1.98
16918329--16918627	159	1.9	158	78	7	329	24	31	25	18	1.98
16918795--16918847	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
16919160--16919212	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
16919662--16919713	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
16920289--16920318	11	2.7	11	94	0	51	16	43	26	13	1.85
16920391--16920443	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
16920426--16920848	159	2.7	159	78	6	376	24	30	28	16	1.97
16920895--16920941	24	1.9	25	91	4	78	27	17	25	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402