genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  68  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11267721--11267773	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11268805--11268862	26	2.2	27	79	14	68	34	17	20	27	1.95
11269305--11269357	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11270178--11270230	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
11271030--11271081	26	2.0	26	92	7	88	28	15	25	30	1.96
11271531--11271583	26	2.0	26	82	7	63	26	18	28	26	1.98
11271950--11272002	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
11272294--11272346	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
11272204--11272555	184	1.9	184	85	1	481	23	26	26	23	2.00
11272480--11272530	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
11273916--11274269	165	2.2	164	82	6	418	25	31	25	17	1.97
11274634--11274686	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
11274867--11275750	159	5.4	159	73	10	602	24	29	26	19	1.98
11274868--11275962	502	2.2	502	88	1	1577	23	29	27	19	1.98
11276068--11276461	159	2.5	159	74	3	362	24	27	26	21	1.99
11275370--11277158	699	2.6	695	86	2	2442	22	29	27	20	1.99
11277242--11277294	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
11277979--11278031	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
11279350--11279402	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11279692--11279743	26	2.0	26	96	0	95	25	15	25	34	1.95
11280672--11280724	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
11282229--11282281	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11282255--11282754	158	3.2	157	74	6	438	23	30	26	19	1.98
11282728--11282780	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
11287000--11287049	25	2.0	26	92	4	84	32	30	12	26	1.92
11287512--11287564	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11286809--11287881	513	2.1	512	81	3	1248	20	26	29	23	1.99
11294194--11294687	158	3.1	158	78	4	476	20	27	29	22	1.98
11293684--11294551	463	1.9	463	83	3	1138	21	26	29	23	1.99
11294661--11294711	26	2.0	26	88	0	75	29	29	15	25	1.96
11295510--11295562	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
11295536--11296035	158	3.2	156	74	7	472	18	25	31	25	1.98
11296218--11296270	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11296561--11296620	26	2.3	26	94	0	111	26	25	21	26	2.00
11296626--11296662	11	3.4	11	88	0	56	18	32	32	16	1.93
11297241--11297291	26	2.0	26	92	7	86	31	25	15	27	1.96
11297325--11297696	159	2.4	159	84	1	444	18	27	31	22	1.97
11297389--11297766	159	2.4	159	81	2	393	19	26	30	24	1.98
11298278--11298330	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
11298304--11298734	159	2.7	157	74	6	411	20	25	29	23	1.99
11298782--11298833	26	2.0	26	88	7	79	34	19	15	30	1.93
11298989--11299041	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11298243--11300069	711	2.6	710	81	2	2128	20	26	28	23	1.99
11299015--11299516	158	3.2	156	75	7	492	20	27	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11299490--11299542	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
11299700--11299752	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
11300043--11300095	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11300683--11300735	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11300958--11301344	171	2.3	165	81	7	423	22	26	27	24	2.00
11301040--11301516	171	2.8	171	82	2	521	20	25	29	23	1.99
11301491--11301541	26	2.0	26	100	0	102	27	29	19	23	1.98
11301654--11302006	159	2.2	158	79	3	352	18	26	29	25	1.98
11302130--11302533	159	2.5	159	80	5	440	19	27	29	23	1.98
11302503--11302554	25	2.0	26	89	10	81	26	23	21	28	1.99
11303213--11303265	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11303768--11303820	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
11304265--11304317	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
11304645--11304697	26	2.0	26	85	7	72	26	28	20	24	1.99
11304671--11305012	157	2.2	158	80	3	377	21	26	28	23	1.99
11304988--11305038	26	2.0	26	88	7	77	27	23	21	27	1.99
11305365--11305417	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
11305693--11305745	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11306182--11306234	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
11306465--11306835	159	2.3	159	80	2	449	19	28	30	21	1.97
11307177--11307229	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
11307203--11307555	159	2.2	159	79	6	381	22	27	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11307678--11307730	26	2.0	26	85	7	72	33	24	13	28	1.93
11308036--11308085	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
11308427--11308482	27	2.1	27	80	12	62	26	26	21	25	1.99
11310285--11310337	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
11310650--11310705	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
11311908--11311959	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
11312410--11312461	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
11312902--11312954	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11315489--11315538	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
11315881--11315932	25	2.0	26	85	3	70	26	28	19	25	1.98
11317723--11317775	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
11318087--11318143	26	2.1	27	90	3	89	31	26	17	24	1.97
11319347--11319397	25	2.0	26	92	3	86	29	27	17	25	1.98
11319847--11319898	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
11320169--11320221	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11320364--11320416	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
11326996--11327045	26	1.9	26	88	8	75	28	26	18	28	1.98
11327090--11327522	159	2.7	158	81	4	469	18	28	29	22	1.98
11328724--11328776	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11328870--11328894	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
11328933--11328984	25	2.0	26	85	10	72	26	25	19	28	1.98
11329443--11329495	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11329336--11329862	196	2.7	195	80	2	617	21	27	28	23	1.99
11328547--11330203	709	2.3	705	80	5	1705	21	26	27	24	1.99
11329732--11330169	159	2.8	159	77	2	443	18	28	30	22	1.98
11330943--11331403	159	2.9	156	77	7	480	18	28	30	22	1.97
11331376--11331427	26	2.0	26	85	7	70	26	23	19	30	1.98
11331219--11332151	184	5.0	183	72	13	485	21	27	27	24	1.99
11331744--11331796	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11332041--11332501	159	2.9	159	75	8	393	20	27	29	22	1.99
11332627--11332676	26	1.9	26	88	8	75	26	28	18	28	1.98
11334227--11334261	12	2.9	12	86	0	52	34	31	31	2	1.73
11334516--11334571	26	2.2	26	90	0	85	25	26	21	26	1.99
11334357--11334717	184	2.0	185	82	4	453	22	27	28	22	1.99
11334887--11334939	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
11335950--11336002	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
11335542--11336513	483	2.0	483	97	0	1827	30	20	21	27	1.98
11336433--11336485	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11337313--11337363	26	2.0	26	92	0	84	27	25	17	29	1.98
11338518--11338570	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11345603--11345655	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11345431--11346127	381	1.8	381	83	3	938	19	26	30	24	1.98
11346695--11346746	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
11347036--11347088	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11345786--11347407	367	4.6	342	75	9	1116	20	26	29	23	1.99
11347114--11347153	12	3.3	12	92	0	62	37	27	30	5	1.78
11347181--11347587	159	2.6	159	79	4	444	18	27	29	23	1.98
11352251--11352722	170	2.8	169	80	2	496	19	27	30	22	1.98
11352844--11353250	158	2.6	158	75	4	397	21	25	28	24	1.99
11353362--11353411	26	1.9	26	87	0	73	26	28	18	28	1.98
11352469--11353731	671	1.9	667	82	3	1581	19	26	29	24	1.99
11353705--11353757	26	2.0	26	85	0	70	28	24	16	30	1.97
11354540--11354955	159	2.6	158	78	6	410	18	28	29	24	1.98
11354927--11354979	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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