genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  205  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21421540--21422360	353	2.4	339	79	7	864	23	28	27	20	1.99
21421879--21422808	512	1.8	500	83	4	1211	24	29	27	19	1.98
21422706--21422758	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21423425--21423477	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21423738--21424413	351	1.9	350	81	4	815	22	30	26	20	1.98
21424276--21424328	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21424119--21424484	182	2.0	182	86	5	517	23	28	26	21	1.99
21424774--21424826	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
21425495--21425547	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21426334--21426386	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21428040--21428315	58	4.8	58	90	4	396	33	13	7	46	1.71
21428040--21428315	117	2.4	116	86	7	400	33	13	7	46	1.71
21428357--21428411	17	3.2	17	87	5	76	81	1	5	10	0.92
21428356--21428415	11	6.1	10	72	16	54	81	1	5	11	0.91
21428358--21428410	27	2.0	27	85	7	72	81	1	5	11	0.94
21428359--21428423	17	3.9	16	78	8	60	80	1	6	12	0.97
21430837--21430889	26	2.0	26	92	0	88	28	30	16	24	1.97
21431179--21431230	26	2.0	26	88	7	79	25	26	19	28	1.98
21431891--21431969	26	3.0	26	92	0	131	29	22	20	27	1.98
21432982--21433034	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
21433481--21433536	26	2.2	26	90	6	87	30	19	19	30	1.97
21433693--21433745	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21434793--21435311	159	3.3	157	79	6	528	20	28	30	21	1.98
21435432--21435484	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
21436496--21436548	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21436781--21436900	58	2.1	58	85	0	159	12	30	26	30	1.93
21436897--21436948	26	2.0	26	85	7	70	30	21	15	32	1.94
21437646--21438147	159	3.2	158	81	5	559	19	28	30	20	1.97
21438317--21438369	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
21438010--21438590	197	3.0	195	85	3	763	22	29	28	20	1.98
21438514--21438566	26	2.0	26	85	0	70	28	32	16	22	1.96
21439161--21439213	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21439315--21439678	158	2.3	158	82	7	452	18	25	30	25	1.98
21439235--21439678	159	2.8	157	80	6	493	18	28	29	23	1.97
21439650--21439702	26	2.0	26	86	13	74	26	24	18	30	1.98
21440374--21440426	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21440400--21440797	159	2.5	158	77	6	392	21	27	30	21	1.98
21441307--21441768	158	2.9	157	75	5	446	17	26	31	24	1.97
21442379--21443040	195	3.5	183	79	8	686	20	28	28	23	1.99
21442830--21442882	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
21442892--21443373	159	3.0	159	76	4	436	19	27	30	22	1.98
21443099--21443631	273	1.9	275	83	3	689	18	27	27	26	1.98
21443604--21443656	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
21444327--21444376	26	1.9	26	87	0	73	24	30	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21444908--21445268	171	2.1	171	85	1	490	20	27	30	22	1.98
21444908--21445323	171	2.4	171	82	4	446	20	27	29	21	1.98
21444908--21445373	171	2.7	171	80	3	413	20	28	29	22	1.98
21445367--21445419	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
21445550--21445602	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
21446306--21446676	159	2.3	158	75	7	374	19	27	30	22	1.98
21446786--21446838	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21446616--21447401	196	4.0	193	80	5	749	21	26	28	23	1.99
21446982--21447034	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21447178--21447230	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
21446616--21447401	392	2.0	392	82	2	968	21	26	28	23	1.99
21448058--21448110	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21453512--21453564	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21454234--21454286	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21454161--21454629	184	2.5	184	77	2	449	20	27	26	25	1.99
21454770--21454825	26	2.2	26	86	0	76	30	23	17	28	1.97
21455275--21455327	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
21455180--21456087	393	2.3	392	86	2	1266	21	25	28	24	1.99
21455942--21456245	158	1.9	158	84	1	403	18	26	31	23	1.97
21456218--21456270	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21456941--21456993	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
21458184--21458528	159	2.2	158	84	1	440	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21458501--21458553	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21459726--21459778	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21459852--21460266	159	2.6	158	80	3	438	19	26	28	25	1.98
21459344--21460634	514	2.5	514	81	4	1398	20	26	29	24	1.99
21460242--21460292	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
21460608--21460660	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
21460205--21460858	355	1.8	359	84	5	890	21	26	29	22	1.99
21460752--21461138	159	2.4	160	78	5	399	19	27	30	22	1.98
21460953--21461321	184	2.0	184	80	5	415	21	25	27	25	1.99
21459905--21461689	869	2.1	858	79	9	1834	20	26	29	24	1.99
21461478--21461530	26	2.0	26	81	0	61	28	22	18	30	1.98
21461662--21461714	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21462377--21462426	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
21463000--21463756	159	4.8	158	75	5	546	19	27	30	23	1.98
21463038--21463635	318	1.9	318	83	2	772	20	26	31	22	1.98
21464259--21464311	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
21464613--21464665	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21465321--21465371	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
21465353--21465848	159	3.1	157	76	7	385	18	26	29	25	1.98
21465819--21465874	26	2.2	26	90	6	87	28	25	19	26	1.99
21470311--21470363	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21470520--21470572	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21470863--21470914	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
21471593--21471644	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
21471618--21471964	159	2.2	156	80	6	398	19	27	29	23	1.98
21471932--21471981	26	1.9	26	91	0	82	26	22	18	34	1.96
21472414--21472466	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21472504--21472943	159	2.8	157	79	6	492	16	27	32	22	1.96
21472916--21472967	25	2.0	26	88	3	79	26	23	19	30	1.98
21472942--21473467	171	3.2	168	75	9	456	20	27	29	23	1.98
21474134--21474186	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21474633--21474685	26	2.0	26	82	7	63	28	24	20	26	1.99
21474986--21475354	158	2.3	157	82	6	433	19	26	28	25	1.99
21476075--21476576	158	3.2	158	75	5	357	18	26	31	23	1.98
21476550--21476601	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
21477273--21477325	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21477350--21477801	159	2.9	157	78	4	485	18	27	29	23	1.98
21477776--21477827	26	2.0	26	88	7	79	30	21	17	30	1.96
21477618--21477982	182	2.0	183	82	5	452	21	25	27	24	1.99
21477810--21478629	329	2.6	316	79	6	914	21	27	29	22	1.99
21478181--21478630	159	2.8	156	77	8	444	20	28	29	21	1.98
21478602--21478654	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
21478983--21479035	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21479009--21479511	158	3.2	158	75	8	430	21	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21486061--21486113	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21486087--21486430	159	2.2	157	79	5	345	18	27	30	23	1.98
21486087--21486586	158	3.2	156	74	11	399	18	27	30	24	1.98
21486807--21486835	12	2.4	12	100	0	58	24	24	44	6	1.77
21487285--21487336	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
21488008--21488060	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
21487935--21488757	184	4.5	183	73	9	564	19	26	29	24	1.98
21488266--21488572	170	1.8	169	81	3	384	18	28	30	22	1.97
21488081--21488781	355	2.0	353	82	6	873	19	26	30	23	1.98
21488660--21489073	158	2.6	158	73	9	371	18	27	28	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402