genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.328.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  328  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30414275--30414327	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
30414956--30415007	26	2.0	26	85	7	70	34	21	15	28	1.94
30414617--30415038	185	2.3	184	85	3	580	21	25	28	23	1.99
30415881--30415932	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
30415994--30416409	159	2.6	159	79	6	416	18	26	29	25	1.98
30416382--30416434	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
30417186--30417241	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
30417381--30417433	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
30417882--30417934	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30417958--30418213	130	2.0	130	90	0	404	17	30	33	18	1.94
30419119--30419646	158	3.3	157	75	7	485	21	28	28	21	1.98
30419180--30419658	158	3.0	158	77	6	518	20	30	29	20	1.97
30421066--30421118	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30421167--30421625	159	2.9	156	76	5	490	19	27	29	23	1.98
30421751--30421815	25	2.5	26	87	2	96	32	26	16	24	1.96
30422197--30422305	26	4.0	26	82	9	137	24	30	21	23	1.99
30422200--30422305	56	1.9	56	92	0	176	24	30	20	24	1.99
30422596--30422648	26	2.0	26	81	0	61	30	22	16	30	1.96
30423246--30423823	159	3.6	159	77	3	608	19	28	28	22	1.98
30424602--30425542	159	5.9	160	74	6	493	19	26	30	23	1.98
30424529--30425340	318	2.6	317	80	3	887	20	25	29	24	1.99
30425728--30426225	159	3.1	157	79	7	526	18	25	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30425283--30426878	685	2.3	686	87	1	2290	20	26	28	24	1.99
30426851--30426903	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30427587--30428089	159	3.2	156	73	8	446	20	26	29	23	1.99
30428207--30429262	159	6.5	159	71	11	588	19	27	29	23	1.98
30428149--30429261	317	3.4	317	76	8	863	19	27	30	23	1.98
30428735--30428787	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
30428613--30428946	184	1.8	185	82	3	431	19	27	30	21	1.98
30428418--30429104	343	2.0	343	83	2	880	19	27	30	22	1.98
30429236--30429288	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
30429916--30429968	26	2.0	26	85	7	72	30	28	15	26	1.96
30430097--30430152	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
30430467--30430519	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30430545--30431312	159	4.8	158	74	6	527	19	27	29	23	1.98
30430493--30431311	158	5.2	156	72	7	449	19	27	29	23	1.98
30430493--30431312	317	2.6	315	82	3	921	19	27	29	23	1.98
30431554--30431997	158	2.8	158	77	5	466	18	27	30	23	1.98
30431661--30432338	341	2.0	343	84	4	906	19	27	30	22	1.98
30433125--30433177	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30433305--30433359	26	2.2	25	96	3	101	29	21	20	29	1.98
30433687--30433739	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30433713--30434529	159	5.2	159	75	7	637	19	27	30	23	1.98
30433713--30434529	315	2.6	314	82	4	962	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30434502--30434553	26	2.0	25	88	3	77	30	23	17	28	1.97
30434590--30435368	159	4.8	167	73	12	566	20	28	29	22	1.98
30435711--30435763	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30435885--30436240	159	2.2	159	78	3	383	21	25	28	24	1.99
30436213--30436263	26	2.0	26	92	7	86	25	23	19	31	1.98
30441292--30441344	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30441318--30441816	155	3.2	157	76	9	401	20	27	28	23	1.99
30441789--30441841	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30442764--30442816	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30442790--30443152	159	2.3	155	76	7	365	20	26	30	22	1.98
30443263--30443314	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
30443629--30443681	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30444594--30444646	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
30445094--30445146	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30445475--30445527	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
30447452--30447502	26	2.0	26	88	7	77	33	19	23	23	1.97
30447950--30448002	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
30449194--30449245	26	2.0	26	88	3	79	28	17	23	30	1.97
30449218--30449981	159	4.8	158	72	7	598	23	29	27	19	1.98
30449219--30450037	158	5.2	156	71	8	526	23	29	27	20	1.98
30449218--30450037	317	2.6	316	82	3	952	23	29	27	20	1.98
30450011--30450063	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30450390--30450445	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
30451253--30451747	158	3.1	158	79	5	469	21	30	28	19	1.97
30452403--30452454	26	2.0	26	81	7	61	30	15	25	28	1.96
30452427--30453245	159	5.2	157	73	5	621	22	29	27	20	1.98
30452427--30453245	317	2.6	315	82	3	941	22	29	27	20	1.98
30453219--30453271	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30453771--30453823	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
30454478--30454836	158	2.3	158	78	5	384	24	29	25	20	1.99
30454954--30455006	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30454637--30455318	338	2.0	341	84	2	906	23	30	26	19	1.98
30454979--30455583	158	3.9	155	77	6	587	22	31	28	18	1.97
30456860--30457360	158	3.2	158	74	5	377	24	29	26	19	1.98
30457953--30458410	159	2.9	157	75	3	443	21	30	27	20	1.98
30457953--30458445	158	3.1	156	73	7	429	21	29	28	20	1.98
30459386--30459468	30	3.0	26	78	13	94	24	20	30	25	1.99
30459411--30459467	30	1.9	30	96	0	105	22	19	33	24	1.97
30459930--30459982	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
30460283--30460598	170	1.9	170	86	2	456	22	31	25	20	1.98
30460248--30460638	170	2.3	170	81	5	443	22	30	25	21	1.99
30460956--30461006	26	2.0	26	88	0	75	29	13	27	29	1.94
30461133--30461630	158	3.1	158	75	7	418	21	29	28	21	1.98
30461640--30461692	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30462546--30462598	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30463118--30463573	159	2.9	158	76	11	430	21	30	28	19	1.98
30464874--30465321	159	2.8	160	79	3	485	23	29	28	18	1.98
30466839--30467272	159	2.8	158	72	7	398	25	30	26	17	1.98
30466840--30467339	158	3.2	156	72	7	429	25	30	25	19	1.98
30467313--30467365	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30467711--30467763	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
30468063--30468425	158	2.3	158	79	5	374	27	28	23	20	1.99
30468063--30468481	159	2.6	158	75	5	407	26	27	26	19	1.99
30468538--30468590	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
30469267--30470081	159	5.1	159	73	6	524	24	28	26	20	1.99
30469269--30470078	317	2.6	316	78	4	799	24	28	26	20	1.99
30469745--30470457	343	2.1	342	84	3	878	23	28	27	20	1.99
30470405--30470483	26	3.0	26	94	0	131	26	20	26	26	1.99
30470795--30471284	159	3.1	155	74	6	464	23	31	27	17	1.97
30470888--30471374	159	3.1	156	74	5	447	21	31	28	18	1.97
30470632--30471381	318	2.4	316	82	3	880	22	30	27	19	1.98
30470720--30471284	159	3.6	156	74	6	460	24	30	26	17	1.97
30471355--30471405	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
30471724--30471776	26	2.0	26	82	7	63	32	22	20	24	1.98
30471929--30472275	184	1.9	184	82	3	439	23	29	25	22	1.99
30472407--30472459	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30473127--30473182	26	2.2	24	79	17	67	28	17	21	32	1.96
30473153--30473514	158	2.3	158	78	4	354	24	30	25	19	1.98
30473435--30473655	110	2.0	110	89	0	334	24	33	26	14	1.95
30473737--30473789	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
30474131--30474569	159	2.8	159	77	3	438	23	30	27	18	1.98
30481252--30481304	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
30481277--30481710	158	2.7	157	79	5	412	23	30	28	16	1.96
30481734--30481789	26	2.2	26	87	6	78	26	19	25	28	1.99
30481891--30481918	12	2.3	12	100	0	56	14	39	17	28	1.89
30482113--30482165	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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