genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  67  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11189022--11189074	26	2.0	26	89	7	81	28	18	22	30	1.98
11194748--11194800	26	2.0	26	81	0	61	26	18	26	28	1.98
11194926--11195777	318	2.7	312	80	6	890	23	30	26	20	1.98
11194917--11195640	159	4.5	156	75	8	546	23	30	26	19	1.98
11194917--11195726	159	5.1	155	73	10	467	22	30	26	20	1.98
11195753--11195803	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
11196549--11196601	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
11196758--11197122	185	2.0	185	84	3	484	26	29	24	20	1.99
11196944--11198251	159	8.2	159	75	7	997	23	29	26	20	1.99
11196944--11197884	488	1.9	487	84	3	1266	23	29	26	20	1.99
11197433--11198251	317	2.6	316	83	1	987	23	29	26	20	1.99
11197409--11198251	158	5.3	158	75	6	668	23	29	26	20	1.99
11198225--11198277	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
11198335--11198387	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
11198835--11198886	26	2.0	26	89	10	81	25	17	26	30	1.97
11199218--11199877	158	4.2	158	75	5	429	24	29	26	20	1.99
11199859--11199911	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
11200882--11200936	26	2.1	26	89	0	83	29	18	25	27	1.98
11201763--11201815	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
11202479--11202531	26	2.0	26	81	0	61	26	28	16	28	1.97
11203779--11204086	171	1.8	170	80	2	375	18	26	31	23	1.98
11204093--11204588	158	3.1	155	76	8	480	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11205437--11205515	26	3.0	25	83	7	95	30	24	17	27	1.97
11206168--11206220	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
11206200--11206602	159	2.5	157	72	6	344	19	24	32	23	1.98
11206194--11206695	158	3.2	157	70	9	417	19	24	31	25	1.98
11206983--11207007	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
11207310--11207362	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
11207690--11207742	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
11208638--11209085	158	2.8	158	79	3	461	18	26	30	23	1.98
11207044--11209108	867	2.4	865	81	4	2394	20	26	29	23	1.99
11209057--11209108	26	2.0	26	88	7	79	26	23	21	28	1.99
11215838--11216201	159	2.3	159	81	6	416	20	25	28	24	1.99
11216539--11216591	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
11217398--11217450	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11217607--11217659	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
11217812--11218749	159	6.0	158	73	8	707	19	27	29	23	1.98
11218718--11218770	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
11219940--11219992	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11220320--11220372	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
11221387--11221439	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11222264--11222316	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
11222607--11222659	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11223295--11223659	158	2.3	159	82	5	443	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11223633--11223685	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11229958--11230010	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
11229984--11230482	158	3.2	157	77	5	506	19	27	30	22	1.98
11231537--11232040	158	3.2	159	79	5	493	20	26	29	23	1.99
11232009--11232064	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
11232393--11232445	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
11232747--11232799	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
11232215--11233690	354	4.2	354	77	8	969	20	25	29	24	1.99
11233116--11233167	26	2.0	26	96	0	95	34	21	15	28	1.94
11233458--11233510	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11233091--11233816	344	2.1	345	81	4	851	19	26	29	24	1.99
11233959--11234011	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
11234194--11234694	158	3.2	159	74	8	448	19	26	30	22	1.98
11233465--11234743	710	1.8	710	83	3	1730	20	26	29	23	1.99
11234866--11234918	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
11235601--11235653	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11235627--11236124	154	3.2	157	75	7	483	19	29	30	21	1.97
11236796--11236848	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
11235737--11237521	699	2.6	696	88	2	2530	20	27	29	22	1.98
11237140--11238022	159	5.4	160	71	12	592	19	27	29	23	1.98
11236931--11238023	501	2.2	502	90	0	1688	18	27	29	23	1.98
11237996--11238048	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11238388--11238440	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11238620--11238922	165	1.8	165	80	4	360	18	26	30	24	1.98
11239673--11239723	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
11239697--11240198	158	3.2	156	74	8	485	20	26	29	24	1.99
11240172--11240224	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11240552--11240604	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
11240520--11240866	184	1.9	184	85	0	487	22	26	27	23	1.99
11240736--11240788	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
11240539--11240947	184	2.2	184	81	3	464	21	25	27	24	1.99
11241079--11241131	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11242000--11242052	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
11242196--11242248	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
11242643--11242695	26	2.0	26	85	0	70	22	22	22	32	1.98
11242853--11242905	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00
11242879--11243373	159	3.2	158	77	7	390	20	28	28	23	1.99
11243345--11243397	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11244067--11244119	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
11244939--11244991	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
11244965--11245466	158	3.2	156	73	5	443	20	26	29	23	1.99
11245440--11245492	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
11245964--11246016	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
11245990--11246491	158	3.2	158	77	7	534	19	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11246465--11246517	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11246794--11246843	26	1.9	26	87	0	73	28	30	18	24	1.97
11246817--11247213	158	2.5	157	74	6	370	21	25	30	21	1.99
11247291--11247342	26	2.0	26	88	0	77	34	21	13	30	1.92
11247488--11247538	26	2.0	26	88	7	77	31	31	13	23	1.93
11247855--11247907	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
11247881--11248277	159	2.5	156	75	10	372	22	27	29	20	1.99
11248356--11248408	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11248338--11248750	184	2.3	183	84	2	533	20	26	28	24	1.99
11248534--11249059	277	1.9	277	85	1	721	21	25	28	24	1.99
11250029--11250081	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
11250090--11250551	159	2.9	158	79	4	491	19	27	29	22	1.98
11250094--11250576	158	3.1	158	78	4	540	19	27	30	22	1.98
11251963--11252041	26	3.0	26	92	3	133	26	21	20	31	1.98
11252561--11252617	28	2.1	27	90	3	87	26	24	22	26	2.00
11255764--11255816	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11255583--11256254	356	1.9	354	83	4	879	23	28	28	19	1.98
11261154--11261206	26	2.0	26	86	13	74	28	18	26	26	1.98
11261729--11261807	26	3.0	26	90	3	124	30	18	22	27	1.98
11261939--11261991	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
11262663--11262713	25	2.0	25	92	7	86	29	17	23	29	1.97
11263004--11263055	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11263214--11263716	159	3.2	156	78	5	519	23	28	27	20	1.99
11263690--11263742	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
11264413--11264465	26	2.0	26	82	7	63	30	18	24	26	1.98
11264895--11264947	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11265330--11265382	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11265831--11265883	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
11266420--11266920	158	3.2	157	74	8	410	23	28	25	21	1.99
11266894--11266946	26	2.0	26	82	7	63	26	18	26	28	1.98
11267220--11267271	26	2.0	26	88	7	79	26	19	26	26	1.99
11267245--11267625	158	2.4	158	78	5	392	23	28	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402