genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  299  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28259154--28259653	158	3.2	155	73	8	438	22	29	26	21	1.99
28262405--28263224	158	5.2	157	73	7	611	24	29	25	20	1.99
28262407--28263224	316	2.6	315	83	3	1025	24	29	25	20	1.99
28263198--28263250	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
28264788--28265288	158	3.2	158	75	4	418	24	29	25	20	1.99
28265758--28265810	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28264800--28265920	496	2.3	499	85	3	1557	24	28	25	20	1.99
28266150--28266597	159	2.8	158	75	6	386	23	30	26	19	1.98
28266627--28266679	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28267445--28267486	18	2.3	18	100	0	84	33	28	9	28	1.88
28267760--28267809	26	2.0	26	88	4	75	28	22	26	24	1.99
28268169--28268653	159	3.1	159	75	5	392	24	29	25	20	1.99
28269013--28269065	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28270246--28270298	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28270077--28270544	195	2.4	193	83	3	564	23	26	27	21	1.99
28270789--28271540	159	4.7	157	75	6	570	23	29	26	20	1.98
28270648--28271556	477	1.9	482	78	6	998	23	29	27	19	1.98
28271652--28272068	159	2.6	157	78	4	453	23	29	28	18	1.98
28271652--28272154	158	3.2	156	75	6	438	22	29	27	20	1.98
28272131--28272179	25	1.9	26	91	4	82	26	20	26	26	1.99
28272861--28272912	26	2.0	26	88	7	79	30	17	25	26	1.97
28273390--28273445	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28274761--28274811	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
28275103--28275155	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28275128--28275495	171	2.2	171	79	7	390	22	29	26	20	1.99
28275653--28275997	159	2.2	159	80	3	383	23	28	26	21	1.99
28276911--28276977	26	2.6	26	87	0	98	11	35	26	25	1.91
28277483--28277535	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28278204--28278255	26	2.0	25	88	3	77	26	19	23	30	1.98
28278546--28278598	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
28278741--28278793	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
28279989--28280041	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
28281630--28281682	26	2.0	26	100	0	106	33	20	18	26	1.96
28282458--28282543	12	7.2	12	84	5	120	11	34	20	32	1.89
28282569--28282621	26	2.0	26	82	7	63	32	22	20	24	1.98
28282754--28282806	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28283869--28283921	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
28283895--28284394	158	3.2	155	75	8	456	22	27	27	22	1.99
28284982--28285323	159	2.2	156	79	8	354	22	30	29	18	1.97
28285388--28285443	27	2.0	28	86	3	78	25	12	28	33	1.92
28290380--28290432	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28290405--28290772	171	2.2	171	81	4	429	20	28	28	22	1.99
28290774--28291297	158	3.3	156	73	6	428	24	29	26	19	1.99
28291770--28292136	184	2.0	184	86	3	515	23	27	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28292170--28292602	159	2.7	157	77	4	413	26	30	25	18	1.98
28292158--28292617	158	2.9	158	75	4	462	25	29	26	18	1.98
28292677--28292729	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
28292828--28293155	158	2.1	158	84	2	426	22	30	27	19	1.98
28293129--28293181	26	2.0	26	92	0	88	22	18	28	30	1.98
28293167--28293610	171	2.6	171	79	3	464	23	31	27	18	1.97
28293923--28293975	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28296171--28296225	26	2.1	26	93	0	92	25	20	29	25	1.99
28297263--28297315	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
28297286--28297653	159	2.3	160	76	6	381	25	28	25	21	1.99
28297745--28297797	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28298588--28298637	26	1.9	26	91	0	82	26	18	28	28	1.98
28299391--28299439	25	1.9	26	91	4	82	26	16	28	28	1.97
28299625--28300126	158	3.2	159	74	9	463	22	28	27	21	1.99
28300100--28300152	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
28300829--28301423	159	3.8	159	79	6	600	21	29	29	19	1.98
28300818--28301480	159	4.2	159	78	5	556	21	29	28	20	1.98
28301454--28301506	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28301813--28301863	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
28301654--28302023	184	2.0	184	82	2	456	24	27	25	22	2.00
28301848--28302332	159	3.1	156	78	5	508	22	30	27	18	1.98
28302313--28302365	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28307944--28307996	26	2.0	27	92	3	90	26	18	28	26	1.98
28308326--28308378	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28308821--28308873	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28310215--28310686	158	3.0	159	75	7	429	23	29	27	19	1.98
28312122--28312171	26	2.0	25	92	4	82	32	16	22	30	1.95
28312463--28312515	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
28312659--28312711	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28312431--28312812	196	1.9	196	83	3	491	22	27	26	23	1.99
28312685--28313838	158	7.2	157	69	11	534	23	29	27	20	1.99
28320095--28320147	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28320133--28320430	158	1.9	158	81	4	352	21	31	28	17	1.96
28321080--28321112	11	3.0	11	95	0	57	12	36	33	18	1.88
28321677--28321728	25	2.0	26	92	3	88	25	15	28	30	1.96
28321829--28321878	26	1.9	26	95	0	91	30	20	24	26	1.98
28322896--28323696	159	5.1	157	75	6	675	22	30	27	19	1.98
28322886--28323696	317	2.6	317	83	2	986	22	29	27	19	1.98
28323677--28323729	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
28324316--28324341	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
28324411--28324463	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
28324753--28324805	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28324857--28326267	159	8.8	157	72	9	629	23	30	26	19	1.98
28324897--28325470	317	1.8	316	81	6	721	23	31	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28325754--28326414	317	2.1	315	80	3	718	24	31	26	18	1.98
28326388--28326440	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
28326047--28326970	501	1.8	502	83	3	1243	24	28	26	20	1.99
28326540--28326894	158	2.2	157	77	7	362	23	31	25	19	1.98
28327628--28327963	158	2.1	159	79	7	362	22	29	28	19	1.98
28327944--28327996	26	2.0	26	86	13	74	28	16	26	28	1.97
28328130--28328654	158	3.3	158	77	6	470	22	30	26	20	1.98
28328628--28328680	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28329351--28329403	26	2.0	26	82	13	65	30	20	22	26	1.98
28329694--28329744	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
28330695--28330747	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
28330936--28330986	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
28331427--28331479	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28331453--28331867	147	2.7	147	78	8	370	24	30	27	17	1.97
28331577--28331942	159	2.3	159	77	6	402	22	30	26	20	1.98
28331916--28331968	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28332137--28332507	170	2.3	158	80	7	404	26	30	24	19	1.98
28332266--28332792	158	3.3	156	76	6	477	22	29	27	21	1.99
28333824--28333873	26	1.9	26	100	0	100	28	20	26	26	1.99
28334510--28334562	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
28334194--28335523	672	2.0	675	81	4	1586	23	28	26	20	1.99
28335182--28335232	26	2.0	26	88	7	77	27	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28335586--28336082	158	3.1	153	75	9	435	24	28	26	20	1.99
28336454--28336506	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
28336649--28336720	26	2.8	26	91	0	108	23	18	27	30	1.97
28336725--28337156	171	2.5	170	81	5	462	22	31	26	18	1.97
28337013--28337299	159	1.8	159	82	0	376	25	28	26	19	1.99
28337013--28337545	159	3.4	159	73	5	360	24	30	24	19	1.98
28339255--28339307	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
28339755--28339806	26	2.0	26	88	0	77	25	17	26	30	1.97
28341710--28342081	185	2.0	185	84	2	478	25	30	25	19	1.98
28341896--28342398	159	3.2	156	79	5	528	23	31	27	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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