genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  122  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15331720--15331772	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15332183--15332690	159	3.2	158	72	11	428	24	31	24	19	1.98
15332700--15332752	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
15333411--15333463	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15332383--15333835	355	4.1	341	75	10	1141	24	29	26	20	1.99
15332520--15333822	711	1.8	711	85	2	1817	24	29	26	20	1.99
15333893--15334420	159	3.3	160	73	9	413	23	31	26	19	1.98
15334394--15334446	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15334079--15335347	355	3.6	350	75	10	1054	24	29	25	20	1.99
15334761--15334813	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
15335101--15335153	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
15335766--15336075	159	2.0	158	80	3	354	23	31	27	18	1.97
15335766--15336903	355	3.2	341	76	7	1026	24	30	26	19	1.98
15337608--15337659	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
15338944--15338996	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
15338970--15339630	159	4.2	157	78	4	619	24	30	26	19	1.98
15338970--15339557	317	1.9	318	82	2	752	24	30	26	18	1.98
15339606--15339656	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
15343932--15344503	159	3.6	158	77	1	493	19	27	29	24	1.98
15344476--15344528	26	2.0	26	85	7	72	26	18	22	32	1.97
15344856--15344908	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
15345029--15345392	160	2.3	158	80	3	374	17	28	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15346164--15346216	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
15346648--15346700	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
15347175--15347773	301	2.0	302	83	3	769	20	26	30	22	1.98
15347817--15347869	26	2.0	26	82	7	63	35	24	13	26	1.92
15348167--15348217	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
15348193--15348853	159	4.2	158	77	5	629	18	29	30	21	1.97
15348193--15349353	316	3.6	317	80	7	1083	19	28	30	22	1.98
15348826--15348878	26	2.0	26	92	0	88	30	26	20	22	1.98
15348523--15349194	342	2.0	342	87	1	972	19	28	30	22	1.98
15348903--15349354	159	2.8	159	75	6	396	19	27	30	22	1.98
15348852--15349352	158	3.2	154	74	7	445	19	27	30	22	1.98
15349326--15349378	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15349697--15349746	26	1.9	26	88	8	75	24	26	20	30	1.98
15350328--15350380	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
15351621--15352050	159	2.7	159	79	4	456	19	27	28	23	1.98
15352024--15352076	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
15352219--15352274	26	2.2	26	86	0	76	30	26	17	25	1.97
15352969--15353021	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15353692--15353739	25	1.9	25	83	8	62	27	27	18	27	1.98
15354714--15355397	159	4.3	159	74	5	558	19	26	28	25	1.99
15354713--15355397	318	2.2	317	83	3	865	19	26	28	24	1.99
15355370--15355421	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15356076--15357003	343	2.7	341	82	3	1053	20	27	28	23	1.99
15356976--15357028	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
15357857--15357909	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15359081--15359133	26	2.0	26	88	0	79	32	22	18	26	1.97
15359291--15359343	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
15360452--15360503	26	2.0	26	84	0	68	30	23	19	26	1.98
15360636--15360688	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
15361369--15361421	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
15361905--15361957	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15362407--15362458	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
15362605--15362657	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15363096--15363148	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
15363792--15363844	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
15363892--15364182	160	1.8	160	80	7	358	20	27	28	22	1.99
15364683--15364733	26	2.0	26	92	0	84	23	31	17	27	1.97
15364742--15365052	159	2.0	157	83	5	394	18	27	31	22	1.97
15368113--15368155	16	2.6	17	77	7	52	44	0	9	46	1.35
15368087--15368355	60	4.5	60	90	5	422	36	13	6	43	1.70
15368087--15368363	117	2.3	116	90	6	423	35	13	6	44	1.69
15368381--15368435	5	10.6	5	76	18	51	78	1	3	16	0.98
15368498--15368540	21	2.0	21	95	0	77	74	2	0	23	0.93
15369435--15369562	49	2.7	47	75	20	122	65	2	3	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15369589--15369627	8	4.9	8	84	12	53	82	2	0	15	0.79
15369589--15369628	16	2.5	17	88	12	66	80	2	0	17	0.83
15369580--15369627	23	2.0	24	84	4	62	79	2	2	16	0.93
15370057--15370109	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
15370496--15370548	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15370872--15370923	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
15371004--15371399	159	2.5	160	76	8	403	19	28	29	23	1.98
15371375--15371424	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
15371768--15371820	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
15377644--15378052	157	2.6	158	84	1	516	19	26	29	24	1.99
15377680--15378052	159	2.4	157	86	1	478	20	26	29	24	1.99
15378210--15378260	26	2.0	26	88	7	77	27	27	17	27	1.98
15378236--15378896	159	4.2	158	77	4	607	19	26	29	24	1.99
15378870--15378922	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
15379593--15379645	26	2.0	26	85	0	70	30	26	15	28	1.96
15380207--15380258	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
15381270--15381322	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15381296--15381838	159	3.4	158	73	10	410	20	25	30	23	1.99
15382253--15382305	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15382596--15382648	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
15382964--15383016	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15381880--15383331	355	4.1	350	74	10	1058	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15383090--15383532	158	2.8	160	75	9	424	18	26	30	24	1.98
15381880--15383331	711	2.0	711	80	4	1599	20	25	29	24	1.99
15383943--15383995	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15384287--15384339	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
15384655--15384707	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
15384839--15384891	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15384596--15385050	184	2.5	183	89	1	660	20	26	28	25	1.99
15384965--15385408	159	2.8	159	74	9	404	19	26	30	23	1.98
15385821--15385873	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15385949--15386385	159	2.7	159	73	10	408	18	26	31	23	1.98
15384820--15386936	982	2.2	982	94	0	3754	20	25	30	23	1.99
15386803--15386855	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
15390134--15390697	159	3.6	156	76	4	522	18	27	29	23	1.98
15391050--15391102	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
15391716--15391768	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
15392437--15392489	26	2.0	26	81	0	61	26	24	18	30	1.98
15392921--15392973	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
15392988--15393302	170	1.9	170	82	2	400	20	26	31	21	1.98
15393449--15394045	301	2.0	302	81	3	711	20	25	30	23	1.98
15394091--15394143	26	2.0	26	82	7	63	32	24	16	26	1.97
15394446--15394496	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
15394528--15395115	316	1.9	316	82	1	739	19	28	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15395110--15395162	26	2.0	26	85	0	70	32	24	18	24	1.97
15394180--15395638	659	2.2	661	81	4	1697	20	27	29	22	1.98
15394807--15395479	343	2.0	342	85	3	926	20	27	28	22	1.99
15395136--15395637	158	3.2	157	77	3	522	20	27	30	21	1.98
15395979--15396031	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
15396224--15396532	171	1.8	171	81	2	388	20	23	31	24	1.98
15396552--15396576	13	1.9	13	100	0	50	12	48	24	16	1.79
15396639--15397140	159	3.2	156	78	5	508	19	27	28	24	1.99
15398322--15398374	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
15398517--15398572	26	2.2	26	90	0	85	30	28	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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