genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.390.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  390  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35341397--35341834	158	2.8	156	77	6	436	24	29	24	20	1.99
35340815--35342808	501	4.0	501	79	5	1885	24	30	25	20	1.99
35342401--35343186	159	4.9	160	75	6	587	24	29	25	19	1.99
35345566--35345618	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
35347154--35347206	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35347887--35348329	159	2.8	158	77	3	415	24	30	26	18	1.98
35348365--35348417	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
35347145--35348575	697	2.1	693	78	5	1483	24	28	25	21	1.99
35347682--35348841	513	2.3	511	79	2	1203	23	28	26	21	1.99
35348390--35348817	159	2.7	157	77	4	412	24	28	27	18	1.98
35349929--35349979	26	2.0	26	92	0	84	27	21	23	27	1.99
35350085--35350618	158	3.4	159	73	9	455	24	29	25	20	1.99
35351630--35351682	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
35352269--35352321	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
35354052--35354337	157	1.8	156	81	3	351	23	29	27	19	1.99
35354035--35354520	158	3.1	154	73	8	410	24	27	27	20	1.99
35356289--35356663	158	2.4	158	83	3	441	25	29	27	18	1.98
35356289--35356689	159	2.5	157	80	2	446	25	29	27	17	1.98
35356289--35356782	159	3.1	156	77	5	438	23	29	27	19	1.98
35357144--35357196	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35357646--35357698	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
35357877--35358313	158	2.8	158	76	6	388	24	30	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35358349--35358401	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
35359914--35359964	26	2.0	26	92	0	84	27	21	23	27	1.99
35359569--35360291	354	2.1	341	78	7	726	24	28	26	20	1.99
35361612--35361664	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
35362241--35362293	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
35362266--35362683	159	2.6	158	76	6	407	24	28	28	18	1.98
35362742--35362794	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
35363065--35363096	12	2.7	12	100	0	64	9	34	21	34	1.86
35364001--35364053	26	2.0	26	81	0	61	32	20	22	24	1.98
35364527--35365139	171	3.6	171	77	5	416	23	29	26	20	1.99
35365347--35365399	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
35367793--35367844	26	2.0	26	85	14	72	28	15	25	30	1.96
35366064--35368364	869	2.7	857	81	3	2650	24	28	26	21	1.99
35368293--35368345	26	2.0	26	92	7	90	24	20	30	24	1.99
35368832--35368884	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
35369557--35369609	26	2.0	26	82	7	63	30	18	20	30	1.97
35370040--35370117	26	3.0	26	96	0	138	25	17	28	28	1.98
35371707--35371759	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35374269--35374321	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35375544--35375918	158	2.4	158	77	3	394	24	28	26	20	1.99
35376021--35376072	26	2.0	26	92	0	86	25	9	32	32	1.88
35376551--35376581	12	2.6	12	100	0	62	38	19	29	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35376848--35376900	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35377717--35377769	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35378097--35378149	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
35378261--35378625	159	2.3	157	75	8	344	23	27	26	22	2.00
35378599--35378651	26	2.0	26	88	0	79	28	18	20	32	1.97
35376685--35378703	869	2.3	864	79	7	2138	24	28	26	21	1.99
35379605--35379657	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35380327--35380379	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35380523--35380575	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
35380324--35380679	196	1.8	197	82	1	464	24	28	25	22	2.00
35381744--35381796	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35382245--35382297	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35383535--35383998	158	2.9	158	76	2	455	20	26	29	23	1.99
35383971--35384023	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35384167--35384219	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35384510--35384559	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
35386422--35386473	26	2.0	26	85	7	70	34	21	17	26	1.95
35387131--35387183	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
35387853--35387905	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
35388357--35388407	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
35390004--35390132	63	2.0	63	100	0	258	34	13	23	28	1.93
35391302--35391354	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35390648--35391779	355	3.2	340	81	6	1109	23	28	27	20	1.99
35391669--35391721	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35391859--35392238	157	2.4	158	79	2	433	23	30	25	20	1.99
35392211--35392264	26	2.1	26	89	0	81	27	16	25	29	1.97
35392839--35392900	26	2.4	26	88	0	106	29	19	20	30	1.97
35393031--35393082	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
35393406--35393465	26	2.4	26	84	15	74	26	18	23	31	1.97
35393608--35393660	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35393792--35393844	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
35393964--35394016	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
35393990--35394489	158	3.2	155	73	8	420	25	28	25	21	1.99
35394465--35394543	26	3.0	26	83	0	104	29	17	25	27	1.98
35395526--35395577	26	2.0	25	85	10	70	28	23	21	26	1.99
35395551--35395917	158	2.4	152	79	9	382	25	28	26	19	1.99
35396022--35396074	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
35396230--35396266	16	2.3	16	100	0	74	48	13	24	13	1.78
35396257--35396614	182	2.0	184	82	5	440	24	28	26	20	1.99
35396440--35396923	158	3.1	156	75	8	446	23	31	26	18	1.97
35397442--35397494	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
35398671--35399040	171	2.2	171	82	4	442	20	30	27	21	1.98
35399039--35399472	157	2.8	157	78	7	452	21	28	30	18	1.97
35399506--35399558	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35406138--35406187	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
35406164--35406507	159	2.2	159	78	6	347	25	28	25	20	1.99
35408678--35408730	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
35409585--35409637	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
35410097--35410149	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
35412351--35412401	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
35412323--35412705	196	2.0	196	82	3	466	22	28	26	21	1.99
35412572--35413074	158	3.2	156	72	5	438	23	28	26	21	1.99
35413048--35413100	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
35413903--35413955	26	2.0	26	82	7	63	30	20	16	32	1.95
35414380--35414799	159	2.6	158	78	3	423	19	29	27	23	1.98
35414772--35414824	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
35415276--35415328	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
35415475--35415524	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
35416194--35416246	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
35417201--35417253	26	2.0	26	88	0	79	32	20	18	28	1.97
35418076--35418128	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35420216--35420267	26	2.0	26	92	3	88	28	17	23	30	1.97
35420933--35421752	158	5.2	158	74	8	551	23	30	26	19	1.98
35420945--35421752	316	2.6	317	82	3	898	23	30	26	19	1.98
35421726--35421778	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
35423504--35424028	278	1.9	277	81	5	639	25	29	26	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35423757--35424120	158	2.3	157	76	9	353	24	31	25	19	1.98
35424094--35424146	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35423935--35424611	184	3.6	183	82	5	696	24	29	27	19	1.98
35424474--35424526	26	2.0	26	88	0	79	30	22	24	22	1.99
35424246--35424611	196	1.9	196	83	2	484	24	28	26	20	1.99
35426852--35427265	159	2.6	158	73	10	401	23	28	27	20	1.99
35426716--35427313	318	1.8	324	80	6	728	23	28	28	20	1.99
35428084--35428136	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
35429152--35429560	158	2.6	157	78	6	432	26	27	25	20	1.99
35429663--35430018	159	2.2	159	79	5	373	24	32	26	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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