Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  14  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3144333--3145128
397
2.0
397
94
0
1405
28
21
15
33
1.94
3146039--3146118
41
2.0
41
85
9
110
33
36
11
18
1.87
3147250--3147282
2
16.5
2
93
0
57
54
0
45
0
0.99
3148282--3148328
3
16.0
3
87
12
71
29
2
0
68
1.02
3150551--3150590
20
2.0
21
90
5
64
77
0
7
15
0.98
3161547--3161672
48
2.6
48
86
6
182
30
11
20
36
1.89
3162877--3162923
24
2.0
24
83
4
60
31
2
0
65
1.04
3164615--3164646
3
10.7
3
100
0
64
31
0
0
68
0.90
3170416--3170462
15
2.9
16
78
15
53
21
2
6
70
1.20
3175631--3175674
22
2.0
23
86
8
65
25
0
11
63
1.27
3175646--3175709
31
2.0
32
88
8
96
31
0
6
62
1.20
3177861--3178003
52
2.8
52
84
9
181
26
23
8
41
1.82
3178028--3178069
11
3.8
11
84
12
59
52
28
0
19
1.46
3178321--3178429
25
4.4
25
75
10
91
20
34
7
37
1.80
3178316--3178429
49
2.3
50
80
4
133
21
35
7
35
1.81
3178423--3178597
31
5.6
31
93
0
278
26
24
19
29
1.98
3179097--3179239
52
2.8
51
85
7
177
26
22
8
42
1.82
3180477--3180506
15
2.0
15
93
0
51
30
0
0
70
0.88
3181381--3181421
12
3.3
12
87
12
57
39
7
0
53
1.29
3181380--3181422
13
3.4
12
84
9
50
39
9
0
51
1.34
3185795--3185822
10
2.8
10
100
0
56
42
0
0
57
0.99
3188450--3188498
2
24.0
2
95
4
89
48
0
2
48
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3189021--3189054
15
2.2
16
94
5
61
32
0
5
61
1.20
3191058--3191138
41
1.9
41
80
14
94
44
3
2
49
1.33
3191869--3191902
17
2.0
17
88
11
52
29
0
0
70
0.87
3199756--3199792
13
2.8
14
80
12
51
56
0
0
43
0.99
3201180--3201245
29
2.2
31
81
13
75
43
1
12
42
1.51
3201494--3201598
55
1.9
55
90
3
167
21
25
13
39
1.90
3202331--3202355
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
3204154--3204207
26
2.1
26
100
0
108
14
20
16
48
1.81
3205262--3205289
3
9.3
3
100
0
56
67
0
0
32
0.91
3210054--3210135
31
2.7
31
80
10
98
42
3
2
51
1.32
3215658--3215685
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
3229716--3229759
20
2.2
20
84
4
54
56
2
0
40
1.11
3240145--3240223
41
1.9
41
100
0
158
49
25
3
21
1.66
3240701--3240784
13
6.2
13
71
13
53
38
2
4
54
1.34
3240692--3240768
40
1.9
40
91
0
127
37
2
6
53
1.41
3242416--3242459
23
1.9
23
81
9
54
54
0
0
45
0.99
3242449--3242495
14
3.5
14
77
11
53
70
0
0
29
0.88
3242445--3242503
26
2.3
26
85
2
75
67
0
0
32
0.91
3243902--3243976
25
3.1
25
78
18
86
36
1
2
60
1.20
3243891--3243974
24
3.4
25
78
18
95
38
1
2
58
1.19
3244984--3245161
91
2.0
91
94
2
313
25
12
13
48
1.77
3245119--3245203
42
2.0
42
95
0
152
22
15
10
51
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3245195--3245245
24
2.1
24
96
0
93
21
23
5
49
1.71
3250301--3250384
42
2.0
42
81
4
98
25
16
14
44
1.85
3252554--3253310
392
1.9
397
85
4
1037
31
13
21
34
1.91
3257300--3257328
4
7.2
4
100
0
58
51
24
0
24
1.48
3261164--3261197
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
3261357--3261420
34
2.0
33
85
14
91
57
1
0
40
1.08
3266053--3266099
2
23.5
2
91
8
78
51
0
2
46
1.13
3266169--3266220
26
2.1
26
86
13
74
44
11
3
40
1.59
3268041--3268093
27
2.0
27
100
0
106
32
15
11
41
1.82
3268378--3268417
16
2.4
17
79
8
55
32
2
0
65
1.06
3269200--3269263
21
2.9
22
81
6
76
57
0
3
39
1.14
3269226--3269295
26
2.6
26
78
14
63
51
1
2
44
1.25
3270379--3270417
20
1.9
21
89
5
62
48
2
0
48
1.15
3271075--3271111
14
2.8
13
84
8
56
40
0
2
56
1.13
3272639--3272670
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
3276066--3276098
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
3279461--3279494
3
11.3
3
100
0
68
32
67
0
0
0.91
3280834--3280923
41
2.2
41
84
4
110
50
11
4
34
1.58
3280935--3281006
11
7.3
10
71
17
53
51
15
4
29
1.62
3280834--3281122
21
13.8
20
70
16
122
49
12
5
32
1.64
3281165--3281327
21
7.7
22
69
13
92
55
7
4
33
1.47
3281996--3282033
13
2.9
14
80
15
53
60
0
0
39
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3281995--3282041
14
3.5
13
77
13
51
59
0
0
40
0.97
3282031--3282062
12
2.6
13
90
9
50
62
0
0
37
0.95
3288766--3288941
88
2.0
88
98
0
343
32
13
16
37
1.87
3292891--3292925
2
18.0
2
94
5
63
48
0
0
51
1.00
3302426--3302455
7
4.3
7
100
0
60
30
13
26
30
1.94
3305078--3305138
32
2.0
30
87
6
86
34
13
14
37
1.85
3306977--3307008
5
6.2
5
96
3
55
18
0
3
78
0.89
3308003--3308038
18
1.9
19
88
5
56
41
0
2
55
1.14
3308005--3308045
14
2.9
14
85
7
57
39
0
4
56
1.21
3308392--3308421
15
2.0
15
93
0
51
50
6
0
43
1.28
3309403--3309461
10
6.1
9
76
11
55
37
5
1
55
1.32
3309889--3309927
16
2.5
15
80
12
51
71
2
23
2
1.10
3319050--3319108
24
2.5
24
78
13
68
32
3
42
22
1.70
3319170--3319207
15
2.5
15
91
0
58
31
2
31
34
1.72
3333660--3333696
19
1.9
19
89
10
58
29
5
0
64
1.15
3334789--3334821
10
3.4
10
83
8
50
87
0
12
0
0.53
3335223--3335594
45
8.0
48
81
8
376
38
20
11
29
1.88
3335223--3335594
93
4.0
93
84
2
435
38
20
11
29
1.88
3341339--3341379
21
2.0
21
85
9
57
9
19
0
70
1.14
3347424--3347793
202
1.8
202
80
4
451
35
11
8
44
1.71
3347785--3347821
19
1.9
19
89
10
58
29
5
0
64
1.15
3358928--3358961
4
8.5
4
86
0
50
29
2
23
44
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3358931--3358964
16
2.1
16
94
0
59
29
2
26
41
1.70
3373290--3373329
20
2.0
20
100
0
80
50
25
5
20
1.68
3383074--3383104
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
3390224--3390322
42
2.3
43
78
10
105
56
1
1
41
1.13
3390232--3390304
13
5.3
14
76
14
55
54
0
0
45
0.99
3390354--3390409
29
1.9
29
82
7
69
28
1
1
67
1.10
3390928--3391000
38
1.9
38
83
5
94
49
1
0
49
1.09
3391611--3391640
13
2.4
12
94
5
51
46
0
0
53
1.00
3391614--3391677
31
2.1
31
82
5
76
42
1
1
54
1.19
3392416--3392467
18
2.8
19
82
5
63
57
1
0
40
1.10
3392629--3392664
16
2.2
16
90
9
56
72
0
0
27
0.85
3397887--3397917
14
2.2
14
100
0
62
6
22
0
70
1.09
3398667--3398725
31
1.9
31
86
6
84
37
23
15
23
1.93
3404751--3404775
3
8.3
3
100
0
50
36
0
0
64
0.94
3406881--3406958
36
2.2
36
95
0
138
26
6
25
41
1.79
3408886--3409048
42
3.9
42
77
4
177
28
33
13
24
1.93
3421989--3422028
3
13.3
3
100
0
80
65
0
0
35
0.93
3427902--3428142
124
1.9
123
80
7
272
47
5
6
40
1.52
3430663--3430687
4
6.2
4
100
0
50
24
0
0
76
0.80
3453825--3453850
13
2.0
13
100
0
52
76
7
0
15
0.99
3453890--3454129
60
4.0
61
87
6
321
32
11
6
48
1.66
3454147--3454233
29
2.8
30
77
6
86
75
1
6
16
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3454147--3454218
5
14.4
5
75
18
53
79
1
5
13
0.98
3454245--3454287
22
2.0
22
86
4
61
79
4
2
13
1.00
3455154--3455191
17
2.2
17
90
0
58
65
5
5
23
1.34
3455242--3455289
3
15.7
3
87
12
71
66
0
0
33
0.92
3455241--3455289
16
2.9
16
93
6
80
67
0
0
32
0.91
3455242--3455309
22
3.0
22
83
16
70
61
2
0
35
1.11
3455340--3455370
11
2.9
11
95
4
55
83
0
16
0
0.64
3457728--3457764
4
9.2
4
87
0
56
51
21
0
27
1.48
3464694--3464758
26
2.6
25
79
11
73
70
7
3
18
1.24
3465424--3465476
27
2.0
27
85
7
72
41
0
7
50
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402