genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.322.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  322  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29957882--29957931	25	2.0	25	88	7	75	30	10	26	34	1.89
29958366--29958418	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29958535--29959137	159	3.8	156	76	7	551	23	29	28	18	1.98
29959204--29959256	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
29959546--29959598	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29961678--29961730	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
29961704--29962088	159	2.4	158	78	5	393	25	29	23	21	1.99
29962611--29962675	32	2.0	32	85	5	87	9	35	30	24	1.87
29962712--29962764	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
29963446--29963497	26	2.0	26	85	7	70	32	15	25	26	1.95
29964481--29964804	171	1.9	172	82	4	413	20	28	29	21	1.98
29964840--29965189	159	2.2	158	81	5	411	24	28	25	20	1.99
29965317--29965369	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29966037--29966089	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
29966246--29966298	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
29967107--29967159	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29968020--29968068	26	1.9	25	95	4	89	30	16	24	28	1.96
29967064--29968741	704	2.4	700	83	3	2020	23	28	26	21	1.99
29968514--29968565	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
29968880--29968932	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29969202--29969236	12	2.9	12	91	0	61	14	34	17	34	1.90
29970469--29970547	26	3.0	26	90	3	124	31	18	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29970996--29971048	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
29971757--29972240	158	3.1	155	78	6	472	21	29	28	20	1.98
29972946--29973022	26	3.0	25	86	5	100	33	19	20	25	1.96
29972997--29973374	158	2.4	157	78	7	381	25	30	24	19	1.98
29973470--29973522	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
29974192--29974244	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29974336--29974720	159	2.4	157	76	7	380	25	29	24	20	1.99
29975073--29975125	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29977201--29977251	25	2.0	25	92	7	86	29	17	23	29	1.97
29978420--29978472	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29978762--29978813	25	2.0	25	85	3	68	28	19	23	28	1.98
29979010--29979062	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29980056--29980108	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
29980809--29980858	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
29980435--29981116	362	1.9	367	81	4	851	26	26	25	21	1.99
29981158--29981688	158	3.4	156	77	6	521	22	29	26	20	1.98
29982398--29982450	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29982424--29982768	160	2.2	160	82	5	423	22	30	28	19	1.98
29982742--29982793	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
29983816--29983868	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
29984029--29984081	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29990306--29990358	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29990646--29990698	26	2.0	26	92	0	88	20	18	32	28	1.97
29991921--29991971	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
29992593--29992643	26	2.0	26	100	0	102	31	15	25	27	1.96
29993784--29993836	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
29995016--29995068	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29995041--29995461	158	2.6	157	77	7	431	25	28	27	18	1.98
29996914--29996965	26	2.0	26	88	7	79	28	19	25	26	1.98
29997646--29998243	159	3.8	158	75	4	524	23	29	27	19	1.98
29997646--29998243	317	1.9	317	78	6	665	23	29	27	19	1.98
29998281--29998330	26	1.9	26	87	0	73	28	12	28	32	1.92
29998648--29998700	26	2.0	26	89	7	81	30	15	26	28	1.96
29998845--29998897	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29998477--29998992	197	2.6	197	80	2	572	26	28	25	20	1.99
29998870--29999272	159	2.5	159	77	7	413	24	29	27	18	1.98
30002779--30003269	159	3.1	156	76	7	447	24	29	26	19	1.99
30003245--30003295	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
30003271--30003855	317	1.8	317	87	2	861	22	28	28	20	1.99
30003941--30003993	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30004661--30004713	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
30005844--30006225	153	2.5	153	75	9	371	21	29	25	22	1.99
30007639--30007691	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
30008346--30008398	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30008189--30008740	184	3.0	182	82	3	628	24	28	26	21	1.99
30009030--30009082	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
30010606--30010658	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
30012246--30012322	26	3.0	26	96	0	136	24	18	28	28	1.98
30012297--30013054	159	4.8	158	77	5	634	24	30	26	18	1.98
30012298--30012922	317	2.0	317	84	1	833	24	30	26	18	1.98
30013458--30013507	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
30012773--30013768	366	2.8	343	76	9	955	24	29	26	19	1.98
30013482--30013927	159	2.8	157	82	3	538	23	30	28	17	1.97
30013958--30014010	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
30021395--30021447	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
30021775--30021827	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30020691--30022322	862	1.9	873	83	3	2175	23	29	26	20	1.99
30023005--30023446	158	2.8	155	76	9	412	23	30	27	18	1.97
30023476--30023528	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30023837--30023887	26	2.0	26	85	14	72	27	21	21	29	1.99
30024657--30024709	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30024683--30025181	157	3.2	154	74	10	449	23	28	26	21	1.99
30025155--30025207	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30025180--30025549	171	2.2	171	81	2	420	21	29	27	21	1.99
30025523--30025575	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30025794--30026423	341	1.8	342	82	1	807	23	28	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30024654--30026455	855	2.1	853	80	5	1854	23	27	26	21	1.99
30026352--30026404	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
30026561--30026613	26	2.0	26	100	0	106	30	24	22	22	1.99
30027061--30027113	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
30027086--30027454	171	2.2	171	79	7	383	22	29	27	20	1.99
30026455--30028031	867	1.8	866	87	0	2386	23	29	26	20	1.99
30027465--30027953	157	3.1	155	78	5	505	22	29	27	20	1.99
30027927--30027979	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
30028635--30028687	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30029154--30029206	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30029122--30029965	367	2.3	367	80	3	939	23	29	26	21	1.99
30030979--30031045	26	2.6	26	92	0	116	28	16	23	31	1.96
30031201--30031253	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
30031531--30031583	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30031557--30032059	158	3.2	157	73	8	363	24	27	26	21	1.99
30032033--30032084	25	2.0	25	85	3	68	26	19	26	26	1.99
30032125--30032149	13	1.9	13	100	0	50	32	16	44	8	1.76
30033682--30033732	26	2.0	26	84	7	68	27	27	19	25	1.99
30034404--30034456	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30035372--30035848	195	2.5	186	80	8	477	20	28	27	23	1.99
30036005--30036057	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30036505--30036557	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30036715--30036764	26	2.0	25	88	4	73	32	32	10	26	1.89
30035935--30037792	709	2.6	709	86	2	2554	19	26	28	24	1.99
30036863--30037242	158	2.4	159	77	6	367	19	26	29	24	1.98
30037214--30037266	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30037425--30037475	26	2.0	26	84	0	66	33	27	11	27	1.92
30037767--30037818	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
30037888--30037917	11	2.7	11	89	0	51	26	36	23	13	1.92
30038501--30038552	26	2.0	26	84	0	68	28	26	15	28	1.96
30039167--30039219	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30039193--30039694	158	3.2	157	77	4	526	18	26	31	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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