genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  264  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25677854--25677928	26	2.9	26	95	0	141	21	20	33	25	1.97
25677685--25678760	368	3.0	357	74	12	952	25	27	27	19	1.99
25679382--25679434	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
25679753--25679805	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
25683366--25683418	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
25683991--25684451	159	2.9	158	72	6	383	22	29	28	19	1.98
25683624--25684882	684	1.9	674	82	7	1625	22	28	27	20	1.99
25685577--25685629	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
25686077--25686129	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25686445--25686497	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
25687155--25687207	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25687180--25687682	159	3.2	159	76	8	404	23	30	27	19	1.98
25688001--25688052	26	2.0	26	88	0	77	26	17	23	32	1.96
25688630--25688685	26	2.2	26	90	6	87	26	19	25	28	1.99
25689131--25689183	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25690351--25690401	26	2.0	26	92	0	84	29	15	27	27	1.96
25691607--25691659	26	2.0	26	85	0	70	26	18	30	24	1.98
25691974--25692026	26	2.0	26	85	0	70	26	18	20	33	1.96
25691451--25692503	356	2.9	358	80	5	1185	23	28	27	20	1.99
25693091--25693143	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25693398--25693450	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25693423--25693767	159	2.2	158	79	4	372	23	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25693741--25693819	26	3.0	26	92	0	140	24	18	29	27	1.98
25694515--25695018	159	3.2	158	74	7	428	24	28	26	19	1.99
25694992--25695044	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
25695316--25695371	26	2.2	26	90	6	87	23	17	28	30	1.97
25695988--25696040	26	2.0	26	96	0	97	24	18	26	30	1.98
25696343--25696395	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25695803--25696813	368	2.8	362	82	5	1190	23	29	27	20	1.99
25697341--25697367	11	2.5	11	100	0	54	7	33	33	25	1.84
25698729--25698781	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25699096--25699148	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25699463--25699515	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
25698540--25699905	367	3.7	366	80	4	1479	23	28	26	20	1.99
25699829--25699881	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25700564--25701371	319	2.5	318	78	6	771	24	30	25	19	1.98
25701727--25701779	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25702806--25702858	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25703174--25703226	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25703366--25703812	158	2.8	157	76	6	436	23	30	27	18	1.97
25703331--25703828	158	3.2	153	73	9	428	23	31	26	18	1.97
25704731--25704782	26	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
25705467--25705906	159	2.8	160	75	4	431	25	31	25	16	1.97
25706321--25706373	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25707540--25707618	26	3.0	26	92	3	124	25	18	27	27	1.98
25707934--25707986	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25707566--25708769	355	3.3	355	80	6	1282	24	28	26	20	1.99
25708651--25708703	26	2.0	26	82	7	63	28	20	24	26	1.99
25709398--25709819	159	2.7	157	76	5	436	23	30	28	17	1.97
25709873--25709925	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
25709675--25710671	355	2.8	353	84	2	1243	21	29	28	20	1.98
25711338--25711390	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25711609--25711662	26	2.1	26	85	0	72	27	20	25	25	1.99
25711179--25711666	269	1.8	269	83	5	646	22	28	26	21	1.99
25712915--25713414	159	3.1	158	74	6	470	22	30	27	19	1.98
25712740--25713540	318	2.5	317	80	2	827	23	29	26	21	1.99
25713516--25713568	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
25714458--25714823	155	2.3	155	80	4	387	23	30	27	18	1.97
25714921--25714973	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
25716709--25717453	159	4.7	157	74	6	522	22	28	28	20	1.99
25716539--25717528	317	3.1	316	80	4	934	22	29	27	20	1.99
25716719--25717528	158	5.1	157	73	6	598	22	28	27	21	1.99
25717502--25717554	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25717845--25717897	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25718934--25718984	26	2.0	26	85	14	70	29	15	23	31	1.95
25719459--25719511	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25720155--25720852	353	2.0	354	88	1	1042	28	17	20	33	1.95
25721055--25721087	11	3.0	11	83	16	50	18	36	27	18	1.94
25721183--25721684	158	3.2	156	76	9	496	22	30	28	18	1.97
25721658--25721709	25	2.0	26	89	10	81	25	17	26	30	1.97
25722330--25722379	26	1.9	26	84	8	66	30	14	26	30	1.94
25722663--25722715	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
25722845--25723504	159	4.1	159	74	9	451	22	33	26	17	1.96
25723157--25723489	171	2.0	170	84	3	436	21	34	27	16	1.95
25723519--25723571	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
25724306--25724770	157	2.9	159	74	3	420	23	29	27	20	1.99
25724278--25724780	158	3.2	158	73	5	460	23	28	27	21	1.99
25725289--25725341	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
25726342--25726383	21	2.0	21	90	0	66	14	47	21	16	1.82
25726058--25726366	159	1.9	159	81	2	370	23	31	27	17	1.97
25726348--25726393	21	2.2	21	92	0	74	17	41	21	19	1.90
25726728--25726780	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25726468--25727167	368	1.9	369	86	3	998	22	29	27	20	1.98
25727096--25727148	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
25728004--25728309	170	1.8	170	79	4	366	22	30	28	19	1.98
25728333--25728383	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
25728700--25728752	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25729607--25729659	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25729972--25730021	26	1.9	26	91	0	82	28	20	26	26	1.99
25730327--25730379	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25729448--25730432	365	2.7	355	80	7	1074	23	28	27	20	1.99
25731870--25731922	26	2.0	26	82	7	63	26	16	28	28	1.97
25732627--25733128	158	3.2	158	72	8	439	24	29	26	20	1.99
25733102--25733154	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
25733286--25733338	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25733031--25733375	184	1.9	184	90	1	548	23	30	25	21	1.99
25733899--25734399	158	3.2	157	70	8	408	23	29	28	19	1.98
25734373--25734425	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25734740--25734792	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
25734180--25735183	367	2.7	365	84	2	1233	22	29	27	20	1.98
25735108--25735160	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25735853--25736340	159	3.1	157	77	4	496	24	30	26	19	1.98
25736314--25736366	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
25737294--25737346	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25737662--25737740	26	3.0	26	94	0	140	24	18	29	27	1.98
25737294--25738108	394	2.1	393	83	3	1012	24	27	25	21	1.99
25740247--25740296	26	1.9	26	87	0	73	26	18	26	30	1.98
25740053--25741441	368	3.8	365	78	5	1392	22	28	27	21	1.99
25740349--25741454	355	3.1	351	80	6	1219	22	28	27	21	1.99
25740970--25741022	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25741338--25741390	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25742086--25742138	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25742454--25742506	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25743871--25743923	26	2.0	26	82	7	63	28	16	26	28	1.97
25744422--25744642	110	2.0	110	98	0	424	21	20	25	32	1.97
25744919--25744944	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
25745517--25745569	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25745371--25745727	184	1.9	184	83	1	455	22	27	28	21	1.99
25745543--25746043	158	3.2	158	75	5	499	24	29	26	19	1.98
25745021--25746173	501	2.3	501	82	2	1348	23	28	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402