genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  224  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22830250--22830963	343	2.1	343	86	2	986	19	27	29	22	1.98
22830632--22831134	158	3.2	158	76	5	397	19	28	29	22	1.98
22831815--22831893	26	3.0	26	92	3	124	29	25	18	26	1.98
22831924--22832364	159	2.8	158	79	4	390	17	28	30	23	1.97
22832512--22832564	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
22831841--22834320	673	3.7	672	82	3	2707	20	27	29	22	1.99
22833667--22833716	26	1.9	26	92	8	84	24	22	22	32	1.98
22833960--22834389	159	2.7	159	80	2	468	18	28	29	24	1.98
22835834--22835912	26	3.0	26	96	0	140	25	29	21	24	1.99
22843065--22843134	26	2.7	26	100	0	140	25	24	20	30	1.99
22843471--22843523	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
22843497--22844001	159	3.2	160	77	5	434	19	27	30	23	1.98
22843973--22844025	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22844707--22844756	26	1.9	26	87	0	73	24	26	20	30	1.98
22846398--22846450	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22846766--22846818	26	2.0	26	85	0	70	28	26	20	24	1.99
22846792--22847795	158	6.1	158	71	11	543	20	27	30	22	1.98
22847778--22847830	26	2.0	26	88	0	79	26	26	16	30	1.97
22848500--22848552	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
22848526--22849023	159	3.1	157	76	7	428	19	27	30	23	1.98
22849361--22849413	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22849454--22849860	159	2.6	156	83	3	474	20	28	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22850530--22850582	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
22850611--22851090	159	3.0	158	75	2	460	21	27	28	22	1.99
22851224--22851294	26	2.7	26	91	0	115	28	28	16	26	1.97
22852016--22852305	153	1.9	152	80	6	336	17	26	31	24	1.97
22852814--22852866	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22852840--22853183	158	2.2	159	82	6	405	22	27	27	22	1.99
22853157--22853214	26	2.2	26	96	0	107	27	20	18	32	1.97
22853031--22853397	188	2.0	188	93	2	639	22	25	26	25	2.00
22853725--22853777	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22854226--22854278	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
22854531--22854558	13	2.2	13	100	0	56	7	46	25	21	1.76
22853239--22855149	868	2.2	873	81	4	2219	20	26	29	23	1.99
22854620--22855109	159	3.1	158	78	4	533	20	28	29	21	1.98
22861897--22861949	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22862277--22862329	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22862303--22862804	158	3.2	158	78	6	559	18	27	31	23	1.97
22862778--22862830	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22864131--22864183	26	2.0	26	85	0	70	26	28	20	24	1.99
22864198--22864499	159	1.9	156	84	3	399	18	27	31	22	1.97
22864472--22864524	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22865191--22865243	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22864889--22865275	196	2.0	195	85	4	521	22	27	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22866578--22866630	27	2.0	25	85	7	70	26	24	16	32	1.97
22868144--22868196	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22868711--22868741	11	2.8	11	100	0	62	16	29	35	19	1.93
22869324--22869376	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
22869405--22869882	158	3.0	157	76	2	517	20	28	29	22	1.98
22870016--22870086	26	2.7	26	91	0	115	28	28	16	26	1.97
22870061--22870551	158	3.1	157	73	5	452	18	26	30	24	1.98
22870743--22870795	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22870034--22871381	704	1.9	707	82	3	1667	20	25	29	23	1.99
22871603--22871655	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22871629--22871970	158	2.2	157	84	4	431	22	28	27	21	1.99
22871944--22872001	26	2.2	26	96	0	107	27	20	18	32	1.97
22871786--22872184	188	2.1	188	90	4	630	22	25	27	25	2.00
22872511--22872561	26	2.0	26	92	0	84	27	27	15	29	1.96
22872537--22873026	158	3.1	157	74	5	448	18	26	30	23	1.98
22873011--22873063	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
22879695--22879747	26	2.0	26	88	0	79	32	30	13	24	1.93
22880765--22880823	25	2.4	25	88	8	86	27	27	20	25	1.99
22880791--22881282	159	3.1	157	77	6	503	20	29	28	21	1.98
22881266--22881318	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
22881162--22881685	197	2.7	194	81	5	579	21	26	28	23	1.99
22881463--22881515	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22880364--22882024	709	2.3	704	80	6	1754	21	27	28	23	1.99
22882684--22882736	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22882710--22883209	159	3.2	157	78	7	546	19	28	30	21	1.98
22883184--22883236	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22883027--22883395	184	2.0	183	83	4	458	22	26	26	24	2.00
22883258--22883566	171	1.8	170	87	0	465	18	26	30	24	1.97
22883539--22883591	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
22883723--22883775	26	2.0	26	82	7	63	24	20	20	33	1.97
22883436--22883946	184	2.7	190	83	6	574	19	25	29	25	1.99
22883027--22884103	538	2.0	530	81	7	1226	20	25	28	24	1.99
22884430--22884482	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
22884648--22884956	158	1.9	157	80	5	354	19	27	30	23	1.98
22885560--22886134	159	3.6	156	77	6	497	18	27	30	23	1.97
22885847--22886311	171	2.7	171	81	4	503	19	28	30	21	1.97
22886284--22886337	26	2.1	26	93	6	92	24	25	22	27	2.00
22886786--22886838	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
22888223--22888275	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
22889316--22889707	161	2.5	157	71	7	349	21	27	29	21	1.98
22889790--22889842	26	2.0	26	81	0	61	22	26	20	30	1.98
22890170--22890222	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22890354--22890406	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
22891379--22891431	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22894413--22894458	23	2.0	23	100	0	92	26	26	26	21	2.00
22895221--22895273	26	2.0	26	85	0	70	33	30	11	24	1.90
22896244--22896296	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22895939--22896467	197	2.7	195	82	3	641	21	27	28	22	1.99
22896346--22896779	159	2.7	159	77	5	441	17	27	30	23	1.97
22897469--22897521	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
22898343--22898395	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
22899233--22899285	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22900361--22900782	159	2.7	158	78	2	443	17	28	30	24	1.97
22900361--22900794	158	2.7	159	78	1	460	17	27	30	24	1.97
22900685--22901113	170	2.5	171	80	2	486	17	28	30	23	1.97
22901086--22901139	26	2.1	26	96	0	99	24	27	22	25	2.00
22901112--22901616	158	3.2	155	73	7	460	20	26	27	24	1.99
22901590--22901642	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
22902312--22902364	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
22902346--22902822	159	3.0	157	76	4	375	18	27	31	22	1.97
22902812--22902864	26	2.0	26	81	0	61	22	26	20	30	1.98
22903192--22903244	26	2.0	26	85	0	70	26	32	18	22	1.97
22903376--22903428	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
22904396--22904446	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
22911225--22911823	159	3.8	158	77	5	593	19	28	30	22	1.98
22911163--22911822	317	2.1	317	82	2	790	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22911993--22912043	26	2.0	26	84	7	68	25	23	19	31	1.98
22912191--22912267	26	3.0	26	92	0	118	29	28	15	25	1.96
22912285--22912742	158	2.9	157	75	6	361	19	25	29	24	1.99
22912715--22912767	26	2.0	26	92	0	88	26	24	16	32	1.97
22912641--22912996	197	1.8	197	84	2	491	20	26	28	25	1.99
22913255--22913323	26	2.7	26	100	0	138	28	20	20	30	1.97
22914002--22914054	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
22920244--22920296	26	2.0	26	81	0	61	22	26	20	30	1.98
22920623--22920675	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22920809--22920861	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402