genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  276  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26596996--26597227	125	1.9	125	84	3	315	38	16	14	31	1.88
26597602--26597833	125	1.9	125	83	3	306	38	16	14	31	1.88
26598208--26598439	125	1.9	125	84	3	315	37	16	14	31	1.89
26599418--26599649	125	1.9	125	83	1	304	40	16	12	31	1.86
26600015--26600248	125	1.9	125	84	1	317	39	15	14	31	1.87
26601831--26602062	125	1.9	125	83	5	308	37	16	14	31	1.88
26603594--26603926	159	2.1	158	81	3	384	18	28	31	20	1.97
26604582--26604632	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
26604962--26605014	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
26605317--26605367	26	2.0	26	92	0	84	29	29	13	27	1.94
26604556--26605551	367	2.7	360	81	7	1082	21	26	28	23	1.99
26605939--26605991	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
26606357--26606848	157	3.1	158	74	4	481	19	28	29	22	1.98
26607548--26607598	26	2.0	26	88	0	75	29	29	19	21	1.98
26607699--26608125	184	2.3	184	81	6	499	18	27	30	23	1.97
26608098--26608150	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26609334--26609412	26	3.0	26	92	0	131	27	25	21	25	1.99
26609726--26609778	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26610081--26610133	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26609360--26610694	355	3.7	354	82	5	1382	21	27	28	22	1.99
26610449--26610501	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26610475--26611133	159	4.2	157	75	6	447	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26611817--26611872	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
26611769--26612801	368	2.8	367	83	2	1286	20	27	29	22	1.98
26612556--26612608	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
26614121--26614174	26	2.1	26	89	6	83	29	20	20	29	1.98
26613708--26614491	341	2.3	341	82	4	923	19	27	28	23	1.99
26614189--26614651	159	2.9	159	77	4	396	20	27	29	22	1.98
26615347--26615399	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
26615715--26615767	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
26615310--26616011	368	1.9	368	82	3	876	20	27	30	20	1.98
26616477--26616520	22	2.0	22	90	0	70	20	29	34	15	1.94
26616477--26616513	11	3.4	11	100	0	74	18	29	32	18	1.96
26616955--26617632	158	4.3	157	76	5	596	19	26	29	24	1.98
26616955--26617633	316	2.1	317	85	0	883	19	26	29	24	1.98
26618323--26618380	26	2.2	27	90	3	91	27	27	20	24	1.99
26618695--26618747	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
26619196--26619248	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
26621515--26621567	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
26621733--26621782	21	2.4	21	86	0	73	18	14	44	24	1.86
26621834--26621859	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
26622072--26622425	158	2.2	158	80	4	383	20	26	28	24	1.99
26622399--26622452	26	2.1	26	86	6	74	25	24	22	27	2.00
26622571--26622620	26	1.9	26	88	8	75	28	30	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26623664--26623716	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26624085--26624172	44	2.0	44	100	0	176	45	25	13	15	1.83
26624811--26624863	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
26624837--26625338	158	3.2	156	78	6	537	18	26	31	23	1.98
26626034--26626086	26	2.0	26	86	13	74	24	26	22	26	2.00
26626402--26626454	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26627087--26627139	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
26626060--26627615	685	2.3	684	82	3	1777	19	26	30	23	1.98
26630160--26630188	12	2.4	12	100	0	58	27	41	13	17	1.87
26631621--26631673	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
26631647--26632139	158	3.1	157	76	6	528	18	26	32	22	1.97
26633208--26633260	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26633340--26633736	159	2.5	158	80	4	433	18	27	29	23	1.98
26633234--26633735	158	3.2	157	78	4	535	19	27	30	22	1.98
26633709--26633761	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
26634431--26634535	26	4.0	26	92	0	174	27	29	18	24	1.98
26634850--26634902	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26634940--26635415	158	3.0	154	75	7	431	18	27	30	23	1.98
26634876--26635367	158	3.1	155	76	6	488	19	26	30	23	1.98
26635533--26635585	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
26636016--26636067	26	2.0	26	88	7	79	26	26	19	26	1.99
26636138--26636163	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26637104--26637156	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26636677--26637342	355	1.9	355	81	4	806	21	27	27	23	1.99
26637606--26637658	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
26638339--26638391	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26638706--26638758	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
26639076--26639126	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
26638299--26639164	367	2.4	366	83	2	1047	21	26	29	23	1.99
26639541--26639593	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
26640101--26640155	26	2.1	26	93	0	92	29	21	20	29	1.98
26640458--26640510	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26639862--26640826	355	2.7	351	80	7	974	19	28	29	23	1.98
26642050--26642102	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26641645--26642519	368	2.4	367	82	2	997	20	26	29	23	1.99
26642418--26642470	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
26642625--26642917	159	1.8	159	83	2	392	18	25	29	25	1.98
26643467--26643519	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
26643802--26644263	158	2.9	157	72	7	428	18	27	30	24	1.98
26644235--26644287	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26644960--26645011	27	2.0	27	92	3	88	28	26	19	25	1.98
26644923--26645919	355	2.8	351	82	4	1130	21	26	28	23	1.99
26645668--26645720	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
26645761--26646197	159	2.8	158	79	5	495	18	28	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26646169--26646221	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26647637--26647689	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
26648857--26648909	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26649212--26649264	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
26648785--26649664	344	2.5	344	82	5	1020	21	26	29	22	1.99
26649556--26649608	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26650950--26651002	26	2.0	26	85	0	70	24	28	22	24	2.00
26653653--26653705	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
26655232--26655284	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
26654851--26655541	355	1.9	355	85	2	942	22	26	27	23	1.99
26656254--26656303	26	1.9	26	87	0	73	24	24	20	32	1.98
26657836--26657888	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26657929--26658364	158	2.8	157	77	6	459	19	28	29	22	1.98
26659534--26659951	159	2.6	157	74	7	385	18	27	27	25	1.98
26660654--26660706	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
26661020--26661070	26	2.0	26	92	7	86	31	27	15	25	1.96
26660601--26661612	366	2.8	359	80	6	1057	21	26	27	24	1.99
26661373--26661425	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26660618--26661612	365	2.8	360	80	5	1041	21	26	27	24	1.99
26660620--26661743	366	3.2	347	78	8	832	20	26	28	24	1.99
26661539--26661904	159	2.3	159	81	4	423	17	27	30	24	1.97
26661876--26661928	26	2.0	26	89	7	81	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26662023--26662048	5	5.2	5	100	0	52	23	19	38	19	1.93
26662161--26662212	26	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
26662981--26663033	26	2.0	26	85	0	70	28	28	20	22	1.99
26663255--26663307	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
26663281--26663782	158	3.2	156	78	4	542	18	25	31	24	1.97
26663703--26665225	721	2.1	718	91	2	2430	26	23	23	27	2.00
26666612--26666663	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
26666964--26667016	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26666569--26667566	354	2.8	353	80	5	1035	20	25	29	23	1.99
26668543--26668595	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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