genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  305  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28758345--28758397	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
28758370--28758821	159	2.9	158	77	5	473	25	30	26	17	1.98
28760569--28760621	26	2.0	26	86	13	74	28	20	24	26	1.99
28760594--28760810	119	1.8	119	81	2	274	29	27	29	13	1.94
28760872--28760924	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
28761140--28761198	26	2.3	26	100	0	118	28	20	23	27	1.99
28761171--28761578	159	2.6	157	76	5	408	24	30	27	17	1.98
28761647--28761699	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28762180--28763231	158	6.6	157	70	11	500	24	29	26	19	1.98
28762314--28763204	487	1.8	483	80	6	1057	24	30	26	19	1.98
28762791--28763287	158	3.1	158	71	10	406	23	30	25	19	1.98
28763298--28763348	26	2.0	26	88	0	75	25	11	31	31	1.92
28763128--28764067	353	2.7	354	77	7	762	25	28	25	21	1.99
28765471--28765917	159	2.8	157	78	4	461	23	31	27	17	1.97
28765946--28765998	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
28772388--28772456	26	2.7	26	88	4	95	30	15	23	30	1.96
28772397--28772462	26	2.5	26	92	0	105	28	16	22	31	1.96
28772439--28772867	159	2.7	158	74	7	384	25	28	26	19	1.98
28772915--28772967	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
28773195--28773240	22	2.1	22	100	0	92	30	13	43	13	1.81
28773634--28773686	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28773214--28774260	514	2.1	499	82	5	1224	24	29	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28774860--28774912	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
28774886--28775706	159	5.2	155	74	7	528	23	29	27	19	1.98
28774885--28775706	318	2.6	315	84	3	1015	23	29	27	19	1.98
28776389--28776441	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
28777374--28777426	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28777874--28777925	25	2.0	25	85	3	68	28	19	26	25	1.98
28778951--28779003	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28778976--28779416	159	2.8	157	79	6	451	24	29	28	17	1.97
28779451--28779503	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
28780292--28780344	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28785606--28786003	159	2.5	158	78	4	408	23	29	28	18	1.98
28785606--28786105	158	3.2	158	76	6	440	22	29	28	19	1.98
28786079--28786131	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28786605--28786949	159	2.2	160	78	4	401	22	30	26	20	1.98
28786931--28786983	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
28787654--28787705	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
28788153--28788224	26	2.8	26	93	0	126	26	16	27	29	1.97
28788912--28788964	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
28789661--28790162	158	3.2	157	75	8	442	23	29	26	19	1.98
28790136--28790188	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
28790858--28790910	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28790884--28791384	158	3.2	155	72	8	431	24	28	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28791358--28791410	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28791752--28791801	26	1.9	26	84	8	66	28	20	26	26	1.99
28792133--28792635	158	3.2	157	77	5	467	23	31	26	19	1.98
28792637--28793001	170	2.1	170	78	8	377	21	29	28	20	1.98
28793500--28793552	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28792635--28794205	525	3.0	521	80	5	1532	23	29	27	20	1.99
28794002--28794054	26	2.0	26	85	7	72	24	16	28	30	1.97
28794554--28794606	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
28794395--28794959	196	3.0	182	76	10	571	23	26	26	23	2.00
28794777--28795273	159	3.2	155	76	10	438	23	28	27	20	1.99
28795247--28795299	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
28795607--28795659	26	2.0	26	96	0	97	32	20	20	26	1.98
28795632--28796241	159	3.9	158	81	3	661	21	29	28	20	1.98
28796716--28796756	12	3.4	13	83	12	52	4	29	29	36	1.78
28796781--28796833	26	2.0	26	82	13	65	30	20	24	24	1.99
28796807--28797308	158	3.2	155	75	5	452	23	30	27	19	1.98
28797282--28797334	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
28797519--28798016	159	3.2	159	77	3	495	23	29	26	20	1.98
28797990--28798042	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28796778--28798065	709	1.8	709	84	3	1732	23	29	26	20	1.99
28798168--28798502	170	2.0	170	82	5	410	22	31	27	19	1.98
28798833--28798885	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28799004--28799346	158	2.2	159	80	5	399	21	32	27	17	1.96
28799359--28799411	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
28800967--28801019	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
28801152--28801204	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28802121--28802198	26	3.0	26	88	3	113	32	17	23	26	1.97
28802172--28802920	159	4.7	159	77	4	661	23	29	27	19	1.98
28802172--28802919	317	2.4	316	87	1	1032	23	29	27	19	1.98
28803148--28803200	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28803406--28803707	170	1.8	165	82	9	393	25	30	25	18	1.98
28803459--28803772	170	1.8	170	85	2	443	25	30	27	17	1.97
28803831--28803886	26	2.2	26	87	6	78	26	21	23	28	1.99
28802489--28804284	683	2.6	680	81	3	1895	24	29	26	20	1.99
28804027--28804325	159	1.9	158	80	6	345	22	30	28	18	1.97
28805044--28805094	26	2.0	26	88	7	77	31	17	23	27	1.97
28805077--28805563	159	3.1	159	76	7	395	22	30	27	19	1.98
28805562--28806071	158	3.2	155	73	7	405	21	29	28	20	1.98
28806045--28806097	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
28805044--28806184	508	2.3	495	78	6	1236	23	29	27	19	1.98
28806242--28806291	26	1.9	26	88	8	75	30	20	26	24	1.98
28806013--28806396	197	2.0	195	82	5	470	25	28	25	21	1.99
28807093--28807145	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28806070--28808561	868	2.9	852	81	5	2672	23	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28807961--28808011	26	2.0	26	88	7	77	31	15	21	31	1.95
28807408--28808273	355	2.4	353	79	8	845	23	29	26	20	1.99
28808459--28808511	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
28809832--28809881	26	1.9	26	88	8	75	30	18	24	28	1.97
28809836--28809892	26	2.2	26	81	3	71	28	17	24	29	1.97
28810368--28810420	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28810747--28810799	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28811346--28811398	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
28811712--28811762	26	2.0	26	88	7	77	31	13	23	31	1.93
28811738--28812039	158	1.9	158	80	6	353	23	30	27	19	1.98
28811738--28812078	158	2.2	158	79	6	352	23	29	26	20	1.99
28812053--28812105	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28812749--28812801	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
28813130--28813180	26	2.0	26	88	7	77	31	15	25	27	1.96
28813733--28813787	26	2.1	27	86	3	76	30	18	27	23	1.97
28814453--28814505	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28814479--28815053	158	3.6	157	73	6	489	24	28	26	19	1.99
28814478--28815074	317	1.9	316	82	3	761	24	29	26	19	1.99
28815102--28815152	26	2.0	26	84	7	68	29	17	25	27	1.98
28815480--28815532	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28815840--28815881	21	2.0	21	95	0	75	35	19	21	23	1.96
28822411--28822464	26	2.0	27	85	3	74	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28822817--28823318	158	3.2	158	76	6	462	23	28	27	21	1.99
28824516--28824568	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28825413--28825465	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
28825438--28825877	157	2.8	157	79	8	462	24	29	27	18	1.98
28825438--28825940	159	3.2	157	76	9	459	24	30	26	19	1.98
28825731--28826405	367	1.9	356	83	5	881	23	29	27	19	1.98
28826998--28827050	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
28827340--28827392	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28827549--28827602	26	2.1	26	89	6	83	29	18	22	29	1.97
28827574--28828076	158	3.2	159	77	6	457	24	29	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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