genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  127  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15704952--15705002	26	2.0	26	88	0	75	27	23	19	29	1.98
15705930--15705982	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15706128--15706180	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15706290--15706655	157	2.3	157	80	5	407	20	25	28	25	1.99
15706154--15706654	159	3.2	157	76	7	483	21	26	28	23	1.99
15706628--15706680	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15706825--15706877	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15707116--15707168	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15708031--15708326	159	1.9	159	79	5	339	19	27	30	22	1.98
15709168--15709220	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
15709561--15709936	196	1.9	196	81	2	459	23	26	26	24	2.00
15711215--15711267	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15712463--15712515	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
15712413--15712976	197	2.9	195	81	2	610	20	25	29	25	1.99
15712857--15712909	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
15713023--15713313	155	1.9	154	80	6	338	19	27	30	22	1.98
15712883--15713382	158	3.2	155	71	11	408	20	27	29	23	1.98
15714051--15714103	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15714547--15714599	26	2.0	26	86	13	74	30	24	15	30	1.95
15716154--15716204	26	2.0	26	92	0	84	29	29	13	27	1.94
15716704--15716756	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
15717048--15717100	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15717777--15717855	26	3.0	26	94	0	140	27	29	18	24	1.98
15718498--15719281	159	5.0	156	72	10	516	20	26	28	23	1.99
15718459--15719281	316	2.6	310	82	6	879	21	26	28	23	1.99
15719255--15719306	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
15719340--15719794	157	2.9	158	75	3	459	19	28	29	23	1.98
15719766--15719817	26	2.0	25	88	3	77	26	23	19	30	1.98
15719610--15720331	183	4.0	183	72	12	509	20	26	28	23	1.99
15720120--15720172	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15719714--15720489	355	2.2	354	80	5	846	19	27	28	23	1.99
15720146--15720647	158	3.2	156	76	10	466	19	26	29	24	1.98
15720621--15720673	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
15721344--15721396	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15727354--15727406	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15727550--15727602	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
15727737--15727789	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15727537--15727876	187	1.8	186	81	6	418	23	25	26	24	2.00
15728799--15728848	26	1.9	26	91	0	82	30	28	16	26	1.96
15728967--15729321	158	2.3	158	81	6	432	17	25	32	24	1.97
15729295--15729347	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15729439--15729492	21	2.6	21	96	0	99	25	27	25	20	1.99
15729858--15729910	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15729918--15730250	171	2.0	169	80	4	375	21	27	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15731101--15731521	158	2.7	157	79	3	414	19	26	31	22	1.98
15731550--15731602	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
15732091--15732143	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15732790--15732842	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15733806--15733858	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15733833--15734218	159	2.4	158	74	8	361	21	25	29	22	1.99
15734307--15734359	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15735512--15735566	26	2.1	26	90	6	85	32	23	16	27	1.96
15735563--15736038	158	3.0	156	74	7	383	19	28	29	22	1.98
15736650--15736697	25	1.9	25	91	8	80	25	25	18	31	1.98
15737138--15737190	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
15738576--15738628	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15739051--15739478	157	2.7	158	78	2	457	17	26	30	25	1.97
15741028--15741080	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15742029--15742080	26	2.0	25	88	3	77	28	19	21	30	1.97
15741651--15742622	354	2.7	342	77	10	878	20	27	28	22	1.99
15747664--15748151	162	3.1	160	74	7	416	21	28	29	20	1.98
15748123--15748175	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
15747964--15748529	195	3.0	191	81	6	613	20	27	30	21	1.98
15748318--15748370	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15750024--15750076	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
15750112--15750562	159	2.9	159	76	6	414	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15750536--15750588	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15749600--15750641	512	2.0	514	85	2	1414	21	27	29	22	1.99
15750927--15750979	26	2.0	26	85	0	70	28	22	20	28	1.99
15751001--15751757	157	4.8	156	73	7	499	19	26	30	23	1.98
15751001--15751758	316	2.4	315	84	2	984	18	27	30	23	1.98
15751001--15751757	159	4.8	159	73	5	532	19	26	30	23	1.98
15751731--15751783	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
15752283--15752334	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
15753004--15753056	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15753187--15753239	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15753910--15753960	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
15752233--15754120	905	2.1	904	89	1	2899	24	24	24	26	2.00
15753936--15754436	158	3.2	157	79	4	533	19	28	29	22	1.98
15754727--15754753	13	2.1	13	100	0	54	0	44	33	22	1.53
15754740--15755294	159	3.5	158	79	3	517	19	27	29	23	1.98
15756489--15756540	26	2.0	26	88	0	77	28	26	19	25	1.98
15756953--15757005	26	2.0	26	82	7	63	30	24	20	24	1.99
15756979--15757347	171	2.2	169	79	3	418	23	28	28	19	1.98
15757319--15757371	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
15756881--15757564	355	1.9	355	82	5	852	20	29	29	21	1.98
15757344--15757844	158	3.2	154	76	5	482	20	27	30	22	1.98
15757821--15757886	26	2.5	26	100	0	132	25	19	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15758567--15758619	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15759607--15759657	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
15761367--15761419	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
15760791--15761984	512	2.3	512	81	5	1307	20	26	29	23	1.99
15761957--15762008	12	4.3	12	80	9	61	36	25	32	5	1.80
15763067--15763119	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
15763619--15763671	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15765245--15765295	26	2.0	26	88	7	77	29	25	15	29	1.96
15763534--15765456	904	2.1	903	88	2	2876	24	24	24	26	2.00
15765271--15765781	157	3.2	158	77	7	512	18	26	30	24	1.98
15766082--15766625	159	3.4	157	74	5	479	19	25	29	25	1.99
15766820--15766870	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
15767963--15768323	159	2.3	159	80	7	426	20	27	29	22	1.98
15768660--15768712	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
15768028--15769017	355	2.8	343	79	8	931	20	28	29	21	1.98
15769882--15769934	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15771176--15771237	29	2.1	29	90	0	97	20	37	37	4	1.75
15771471--15771523	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15771205--15771947	355	2.1	349	78	8	752	20	27	29	21	1.98
15771915--15771976	29	2.1	29	93	0	106	19	37	38	4	1.73
15772159--15772211	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
15778762--15778813	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15778788--15779279	158	3.1	158	79	5	571	18	29	30	21	1.97
15779262--15779314	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
15779511--15779563	26	2.0	26	92	0	88	33	26	13	26	1.93
15779854--15779906	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15780575--15780627	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
15780676--15781105	159	2.7	159	80	5	485	19	30	29	20	1.97
15781077--15781129	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15781440--15781492	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15780991--15781669	351	1.9	353	84	5	898	18	28	31	22	1.97
15781466--15781967	158	3.2	158	73	3	463	18	26	30	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402